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Los miembros de la Sección 9 buscan a un hombre llamado Philip Kukushin, un hombre ruso que parece saber mucho sobre la creación de posthumanos.

Las fuerzas de operaciones especiales estadounidenses se unen al equipo de la Sección 9 en su lucha contra una poshumana implacable llamada Suzuka Mizukane.

Mientras intentan sacar información de Kukushkin, los miembros de la Sección 9 descubren algo sorprendente sobre un programa de IA desarrollado por el Gobierno de EE. UU.

Preocupada por la posibilidad de que Purin sea una espía de los estadounidenses, la comandante envía a un equipo de Tachikoma a investigar los secretos de su pasado.

Togusa se da cuenta por fin de que ha estado atrapado en sus propios recuerdos y, de repente, se encuentra en un Tokio asolado en el año 2045.

Tras recibir noticias de Togusa, Batou y los demás se dirigen a Tokio. En Fukuoka, la comandante se entera de que una poshumana ha secuestrado un submarino nuclear.

Tras resucitar en un cuerpo completamente protésico, Purin intenta llegar a Tokio. Las fuerzas especiales estadounidenses se enfrentan a la ira de Mizukane.

Standard les cuenta a Batou y a los demás lo que sabe sobre la situación de los poshumanos. La comandante y Purin se unen al resto del equipo en Tokio.

Para recuperar el control del submarino nuclear secuestrado, los miembros de la Sección 9 van a por Mizukane y Takashi Shimamura.

Shimamura despierta con un plan desesperado que pone a Kusanagi y a su equipo en una situación insostenible.

Kusanagi y los demás hacen todo lo que está a su alcance para evitar que EE. UU. ejecute su cruel plan para poner fin al enfrentamiento nuclear con los N.

Los miembros de la Sección 9 vuelven a su vida normal como si nada hubiera pasado, algo que solo le resulta extraño a Kusanagi.