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Gli agenti della Sezione 9 devono rintracciare Philip Kukushkin, un uomo di nazionalità russa che sembra ben informato sulla creazione dei posthuman.

Le forze speciali americane affiancano la Sezione 9 nella lotta contro un'inarrestabile posthuman di nome Suzuka Mizukane.

Mentre estrae informazioni da Kukushkin, la Sezione 9 fa una scoperta sconvolgente su un'intelligenza artificiale sviluppata dal governo americano.

Il maggiore sospetta che Purin sia una spia degli americani, così incarica alcuni Tachikoma di indagare sul suo passato.

Finalmente Togusa capisce di essere intrappolato nei suoi ricordi e si ritrova all'improvviso in una Tokyo devastata nell'anno 2045.

Dopo aver rintracciato Togusa, Batou e gli altri partono per Tokyo, mentre il maggiore resta a Fukuoka, dove scopre che un posthuman ha dirottato un sottomarino nucleare.

Tornata in vita con un corpo artificiale da cyborg, Purin cerca un passaggio per Tokyo. Le forze speciali americane scatenano l'ira di Mizukane.

Batou e gli altri ricevono da Standard nuove informazioni sulla situazione dei posthuman, mentre il maggiore e Purin li raggiungono a Tokyo.

Per riprendere il controllo del sottomarino nucleare dirottato, la Sezione 9 va alla caccia di Mizukane e Takashi Shimamura.

Dopo essersi svegliato, Shimamura tenta una mossa disperata che mette in grande difficoltà Kusanagi e la sua squadra.

Kusanagi e la sua squadra fanno di tutto per fermare gli Stati Uniti e il loro drastico piano per porre fine alla minaccia nucleare degli N.

Gli agenti della Sezione 9 si comportano come se nulla fosse accaduto e Kusanagi è l'unica a pensare che qualcosa non quadra.