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ポスト・ヒューマン発生の謎を解く鍵になりうるロシア人、フィリップ・ククーシキン。公安9課は、ククーシキンの身柄を押さえようとするのだが...。

少佐たちはポスト・ヒューマンのミズカネ・スズカの襲撃を受け、激しい戦闘が勃発。そこにアメリカの特殊作戦軍が参戦し、事態は混迷を極めてゆく。

ククーシキンが握っていた情報から発覚する、衝撃の真実。すべての元凶となったAIプログラムは、アメリカが自国の利益のために作り出したものだった。

プリンにアメリカの工作員だった疑いがかけられ、少佐はタチコマたちを使ってプリンの過去を探る。やがて明らかになったのは、驚くべき事実だった。

トグサが気付くと、そこは自分の記憶の中だった。過去の記憶の中をさまよううちに、トグサは突如として2045年の荒廃した東京で目を覚ます。

トグサからの連絡を受け、東京へ向かうバトーたち。福岡に残った少佐は、ポスト・ヒューマンがアメリカの原子力潜水艦を奪ったことを知らされる。

プリンは全身義体のアンドロイドとなり、ヒッチハイクで東京を目指す。同じ頃、アメリカの特殊部隊がミズカネを襲撃するが、返り討ちにあってしまう。

スタンダードからポスト・ヒューマンに関する情報を提供してもらうバトーたち。少佐がバトーたちに合流を果たす一方で、プリンもまた東京に到着する。

奪われた原潜のコントロールを取り戻すには、ミズカネかシマムラを確保するしかない。公安9課は、ポスト・ヒューマンを捕らえるべく行動を開始する。

眠っていたシマムラは目を覚まし、思いもよらない宣言をする。想定外の事態に、少佐と公安9課の面々は難しい選択を強いられてゆく。

核ミサイル発射の権限を持った"N"の脅威を排除するため、アメリカは非情な作戦を展開。少佐たちは、この暴挙を何としても食い止めようとする。

まるで何事もなかったかのように、公安9課は平穏な日々を過ごしていた。だが、ただ1人、少佐だけはこの状態に違和感を抱き、真相を探り始める。