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Amate Yuzuriha, una estudiante de preparatoria que vive en la colonia de Izuma, conoce a una mensajera llamada Nyaan.

Char, un piloto estrella de las fuerzas del Principado de Zeon, captura en Side 7 el último Mobile Suit de la Federación Terrestre, el Gundam, un elemento clave para su "Operación V". A partir de ese momento, el rumbo de la guerra cambia drásticamente, lo que finalmente conduce a la victoria del Principado de Zeon en la Guerra de un Año. Sin embargo, justo antes del final de la guerra, el Gundam y Char...

Amate conoce a un chico llamado Shuji, quien pilota el Red Gundam. No puede olvidar la sensación del universo resplandeciente que vivieron juntos y sugiere formar un MAV para participar en la Clan-Bat. Amate decide usar el nombre de participación "MACHU".

Una super unicum conocida como la «Bruja», quien derribó a más de 100 enemigos durante la Guerra de un Año, se une a la Clan-Bat para saldar una vieja cuenta pendiente con el Red Gundam. Al ver a esta Bruja, quien se aferra al combate con Mobile Suits, incluso a costa de abandonar a su esposo e hijo, Machu es testigo de lo profundo que puede llegar a ser la obsesión humana.

Machu planea ganar dinero en la Clan-Bat y viajar a la Tierra con Shuji y Nyaan. Sin embargo, el día de la Clan-Bat, Xavier atrapa a Machu. A este paso, el viaje a la Tierra seguirá siendo solo un sueño. En ese momento, Nyaan…

Annqi descubre el escondite de Shuji. La información sobre el Gundam Rojo vale más que cualquier premio en efectivo de la Clan-Bat. Machu se entera de que Annqi planea vender esa información durante la Clan-Bat. La agencia de inteligencia de las fuerzas de la Federación Terrestre se entera de la información ultrasecreta de Kycilia y decide…

Al enterarse del plan de Annqi, Machu idea una estrategia junto con Nyaan para aprovechar la Clan-Bat como medio para ayudar a Shuji a escapar. Sin embargo, su oponente en la próxima Clan-Bat resulta ser un Mobile Armor recién construido, operado por terroristas que buscan asesinar a Kycilia.

En las etapas finales de la Guerra de un Año, la Flota Sodon, liderada por Char, partió para detener la operación de las fuerzas de la Federación Terrestre destinada a derribar la Fortaleza de Salomón, con el fin de proteger la ciudad lunar de Granada. Cinco años después, en Granada, Nyaan se encontraba allí con Kycilia.

Guiada por un mensaje misterioso, Machu escapa de Sodon y desciende sola a la Tierra en el GQuuuuuuX. Tras estrellarse en la Tierra, es rescatada por una mujer a quien todos llaman «señora», que se encuentra cautiva en la finca de los Kabas. Machu decide escapar con ella e intenta huir en el Core Fighter.

Para evitar que Yomagn'tho cause destrucción, Machu acepta una misión de Challia Bull para rescatar a la chica de la rosa. Sin embargo, Kycilia se adelanta. El traje móvil de Nyaan, el GFreD, comienza a activar el cañón Zeknova. Su objetivo: toda la humanidad en la Tierra.

El GQuuuuuuX de Machu se enfrenta al GFreD de Nyaan mientras ella intenta rescatar a la chica de la rosa. Finalmente, guiada por Shuji, Machu se adentra sola en el corazón de Yomagn'tho. Allí se encuentra con Char y Kycilia.

Esta es la fase final. Un Mobile Suit blanco aparece desde el otro lado, intentando matar a Lalah. Para sorpresa de Machu, el piloto de este "demonio blanco" no es otro que Shuji. Decidida a proteger a Lalah, Machu se transforma en un MAV junto con Nyaan y decide enfrentarse a Shuji.