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女子高生アマテは、偶然運び屋の少女ニャアンと知り合い、非合法なジャンク屋と関わってしまう。そんな時、軍警のザクが領空侵犯の赤いガンダムとコロニー内で戦闘を始める。巻き込まれたアマテはジークアクスを駆るのだった。

ジオン公国軍のエースパイロットであるシャアは、地球連邦軍の《V作戦》の要である最新鋭モビルスーツ《ガンダム》をサイド７で鹵獲。その時から戦局は大きく動き、一年戦争をジオンの勝利へと導いた。しかし、その終戦直前、ガンダムとシャアは……。

アマテは、赤いガンダムを操縦していた少年、シュウジと出会う。彼と体験した光る宇宙の感覚が忘れられず、マヴを組んで二人でクランバトルに出場することを提案する。そしてアマテは、エントリーネームを《マチュ》とする 。

ジャンク屋を訪ねてきたおっとりした女性シイコ・スガイは、魔女の異名を持つ撃墜王だった。 因縁の敵である赤いガンダムと決着をつけるためクランバトルにエントリーする魔女の恐るべき執念に、マチュは圧倒される。

マチュはクランバトルで賞金を稼ぎ、シュウジ、ニャアンと一緒に地球へ行こうと計画する。だが、クランバトル当日、マチュはエグザベに見つかり身動きができない。このまま出場できなければ地球への旅行は夢に終わってしまう。その時、ニャアンは……。

アンキーがシュウジの隠れ家を見つけた 。赤いガンダムの情報はクランバトルの賞金よりも高い。彼女は次のクランバトル開催中に、その情報を売ろうと画策していることをマチュは知る。 一方、キシリアの極秘情報をキャッチした地球連邦軍情報部は……。

アンキーの計画を知ったマチュはニャアンと共に、シュウジを逃すためクランバトルを利用した一計を案じる。しかし、クランバトルの対戦相手はキシリア暗殺を狙うテロリストの新型モビルアーマーだった。

一年戦争末期、地球連邦軍によるソロモン要塞落下作戦を阻止すべくシャア率いるソドン艦隊が出撃した。月面都市グラナダを守るために。 それから５年後。グラナダにはキシリアと共にニャアンの姿があった。

謎のメッセージに導かれたマチュはソドンを脱走し、ジークアクスで地球に降下する。不時着したマチュを救ってくれたのは、カバスの館に囚われた“お姉さま“と慕われている女性だった。マチュは彼女を連れ出し、コア・ファイターで脱出しようとする。

イオマグヌッソの破壊活動を止めるため、マチュはシャリア・ブルの依頼で薔薇の少女を救い出そうとする。だが、一歩先にキシリアの命を受けたニャアンのジフレドが、ゼクノヴァ砲を動かそうとする。狙いは全地球人類――。

薔薇の少女を救い出そうとするマチュのジークアクスは、ニャアンのジフレドと戦う。やがてシュウジに導かれて、マチュは単身でイオマグヌッソの奥へ向かう。そこにはシャアとキシリアがいた。

終局である。向こう側から現れた白いモビルスーツがララァを殺そうとする。その白い悪魔を操縦しているのは、なんとシュウジだった。マチュはニャアンとマヴを組み、ララァを守るために、シュウジと戦うことを決意する。