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Optimus funde su chispa con la de Optimus Prime para protegerlo contra Megatron. Él gana una nueva forma magnífica en el proceso. Viendo que las cosas marchan mal, Megatron procede a dar la orden de arrojar la nave Axalon en las profundidades del río. Debido a ello, los Maximales deciden defender el Arca y establecer allí su nueva base. Araña Negra establece una alianza con los Maximales.

Manta Raya, un mercenario Maximal llega a la Tierra en busca de Rampante quien destruyó a muchos de sus compañeros y cobrar venganza. Optimus le pide que se una al grupo, pero como este tuvo algo que ver con aquel incidente, Manta Raya le guarda rencor y no acepta esa propuesta.

En busca de proteger el arca, Ratatrampa es enviado a recuperar a Centinela junto con Lobo Plateado, pero son atacados por los Predacones. Ambos bandos se disputan el chip, que finalmente cae en manos enemigas debido a un choque con Manta Raya cuando este intentaba ayudarles.

Varios cyber-raptors transmetalicos creados por Megatron amenazan a unos niños protohumanos. Los Maximales se ven obligados a proteger y llevar a las criaturas hacia sus respectivas tribus.

Con ayuda de un artefacto y la mitad de la chispa de Rampante, Megatron logra crear un Dinobot transmetalico. Cheetah interviene y consigue el aparato alienígena, pero recibe los efectos de esta y desaparece. Manta Raya quien se encontraba por ahí, se apodera del artefacto y lo deja en el Arca. Luego es capturado por Megatron, obligándolo a devolver el artefacto. Pero una bestia extraña aparece para atacar a los Predacones.

Cheetah llega muy dañado a la base. En su habitación, empieza a tener pesadillas y cuando despierta cambia su apariencia por la de un leopardo salvaje y enfurecido. Cuando todos despiertan Optimus solicita la presencia de Manta Raya para que este le cuente lo que en realidad paso con Cheetah. Con la información recibida Optimus sale en su búsqueda para protegerlo de los Predacones y controlar su nueva transformación transmetalica.

Pensando que los Maximales quieren reprogramarla como uno de los suyos a la fuerza, Araña Negra escapa de la base y se interna en zona boscosa. Pero Dinobot la descubre y la persigue. Ambos pelean en medio del bosque pero Lobo Plateado llega para ayudarla. Optimus los encuentra a ambos y aclara el malentendido a Araña Negra.

Megatron secuestra a una niña protohumana para usarla como mano de obra para trabajar en un rayo disruptivo, así que Ratatrampa será el encargado de salvarla junto con Manta Raya.

Araña Negra intenta convertirse en transmetalica. Los Maximales deciden ayudarla con ese proceso pero para ello Rhinox deberá enfrentarse a los sistemas de bloqueo de la programación de la Predacon. Además, Tarantula y los demás Predacones intentaran que la operación se estropee consiguiendo el objetivo. Lobo Plateado quiere vengar la "supuesta muerte" de Araña Negra enferntandose a Tarantula, pero esta aparecerá sorpresivamente en modo transmetal.

Durante una misión en la base máximal, Optimus es infectado con un cyberinsecto Predacon que controla su chispa. Tarantula y Cobra forman una alianza para destruir al arca y a Megatron. Una vez que Megatron absorbe la chispa del Megatron Original, el engaño de Tarantula es revelado. Entonces Megatron es lanzado a la lava del volcán por Optimus bajo el control de Cobra, pero de la lava surge Megatron con un nuevo cuerpo y forma bestial de Dragón.

Cobra es enjuiciado por su traición hacia Megatron, pero todo se interrumpe cuando los Vok envían a Tigrehalcon, una fusión de Tigreton y de Águila, para destruir a Megatron y detener la distorsión espacio-tiempo. Anque logra destruir la base Predacon, es detenido por los Maximales, ya que Megatron todavía tiene la chispa del Megatron Original combinada con la suya. Después Tarantula captura a Tigrehalcon y procede a destruir su control de los Vok. El experimento fue fatal y Tarantala fue destruido, junto con los Vok. Las chispas de Tigreton y de Águila se fusionan con el cuerpo de Tigrehalcon, dando así, su regreso con sus compañeros Maximales.

Megatron descubre que Tarantula había estado reparando el Némesis, el buque de guerra más poderoso de los Decepticons, y deciden utilizarlo en un ataque final y mortal contra los Maximales. Mientras tanto, Avispanator se revela y decide abandonar a los Predacones mientras él está en busca de una nueva base con Infierno y Cobra. Al mismo tiempo, en las profundidades cerca del Némesis, Manta Raya y Rampante tienen su batalla final, al destruirse mutuamente.

El Némesis ha demostrado ser de gran alcance y peligroso bajo el mando de Megatron, ahora enloquecido, matando a Tigrehalcón, Infierno y Cobra todo en su cólera. Optimus lucha contra Megatron solo, mientras que los otros Maximales le ayudan, con la ayuda de Dinobot. En el extremo, los Maximales hallan una nave de escape dentro del Arca, la cual usan para destruir el Nemesis y regresar a Cybertron, con Megatron arrestado. Avispaneitor se queda en la tierra siendo adorado por los humanos primitivos.