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意识到如果没有巨无霸，她将永远不存在，毒蜘蛛激活了方舟的防御系统，并将威震天赶出了船舱。巨无霸们开始进行初步修复工作，时间风暴稍微减弱了一些，但擎天圣的生命仍然岌岌可危——情况可能随时改变。威震天鼓舞他的部队，确保局势朝着他的有利方向发展。

巨无霸深海先锋在搜索原生体X时飞入了一个时间扰动，被送回到野兽战争时期。他和狂暴之间有一些未了的事情，两者都不在乎是否有任何东西阻挡他们。

无法使用方舟的零件临时修复防御系统，巨无霸们派遣精灵鼠携带一个小型舱子潜入水下，从基地的残骸中取回哨兵。但威震天也想要它，而狂暴和深海先锋在该地区激烈交战，没有人是安全的。

两个年幼的穴居人在威震天新的金属生物体强化的迅猛龙克隆体的袭击中与父母分开了。擎天圣赶走了迅猛龙，命令毒蜘蛛和黄豹护送孩子们回到他们的家中。

威震天利用新发现的空白原型体和他从狂暴身上得到的一部分火种，创造了一个包含增强型金属生物体2技术的恐龙勇士克隆体。黄豹和深海先锋发现了这个实验，试图摧毁设备，但在战斗中设备被激活并爆炸了——黄豹被卷入了爆炸中。

因为害怕自己正在变成什么，并且无法控制它，黄豹试图隐藏自己暂时的金属生物体2转变，导致其他人误以为一个突变兽已经摧毁了他。

毒蜘蛛厌倦了这种不信任的气氛，当她无意间听到擎天圣和擎天圣讨论移除她原始兽程序的事情，并且可能会让她变得无知时，她独自冲了出去……直接进入了等待着她的恐龙勇士的爪子之中。

威震天正在建造一个干扰射线装置来扰乱巨无霸的电路，但他需要一个不会受到影响的有机生物来完成屏蔽装置的安装。他绑架了一个穴居人孩子，而精灵鼠和深海先锋则负责营救她。

毒蜘蛛试图使用金属生物体驱动器对自己进行操作，但它只是打乱了她的原始兽程序，使得它迅速恶化到了将使她变得无知的地步，除非将其移除。

擎天圣被植入了狼蛛勇士的一个微型间谍虫，这个间谍虫可以让快刀勇士远程控制他。在确保了巨无霸基地的安全后，威震天开始追求原始威震天的火种，希望它能给予他与擎天圣同等的力量。

外星人，沃克，派遣虎鹰勇士前往地球阻止威震天对时间的干预。他坠毁在原始兽基地，但原始兽没有打算就此罢手……尤其是狼蛛勇士。

在魔鬼勇士、快刀勇士和黄蜂勇士去寻找一个新的“殖民地”时，威震天发现了狼蛛勇士的一个秘密项目——重新启动巨大的报应号战舰，它曾击落方舟号并坠入海中。

威震天释放了毁灭性的攻击，让巨无霸们备受打击，因为他动用了报应号的武器。擎天圣下令进行一次拼死的尝试，让方舟号重新升空。