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Mentre i Maximal cominciano a svanire dal flusso del tempo, Black Arachnia cambia fazione e salva Commander con una macchina di supporto vitale. La tempesta svanisce ma Commander è ancora in pericolo così Black Jack decidere di prendere e tenere la scintilla del suo antenato nel proprio corpo, per tenerla al riparo fino a quando il corpo di Commander non sarà stato riparato.

Abyssis, un Maximal proveniente dalla Colonia Omicron, arriva sul pianeta Terra in cerca della Protoforma X, deciso a vendicarsi di Granchior per aver ucciso i suoi compagni molto tempo fa. La frustrazione di Abyssis, ossessionato dalla vendetta, lo allontana dagli altri Maximal.

Dopo aver fallito a impostare le difese della nuova base intorno all'Arca, i Maximal provano a recuperare il computer Sentinella dal relitto della Axalon . Rattilus guida un sottomarino nella nave sommersa, dove è attaccato da Granchior. Abyssis arriva ma vuole solo uccidere il suo vecchio nemico. Senza l'aiuto di Abyssis, Fòrmicon e Punginator rubano Sentinella ai Maximal e lo installano nella base dei Predacon.

Megatron invia diversi prototipi di cyber-raptor, cloni di Dinobot non trasformanti come quello che creò anni addietro, per attaccare i primi esseri umani e i Maximal. Ghepard e Rattilus fanno di tutto per soccorrere gli esseri umani ma sono questi a scoprire il modo per annientare queste creature. Nell'episodio Megatron comprende che colui che perfezionerà per primo la nuova tecnologia trametallica, riuscirà a determinare l'esito della guerra.

Megatron sta per creare un clone transmetallico di Dinobot completo e trasformante usando una protoforma Maximal, e, per potenziarne la scintilla, la fonde col frammento della scintilla di Granchior. Ghepard ed Abyssis tentano di interrompere il processo. Nonostante il combattimento, il Maximal nella protoforma nasce come TwoDinobot e la macchina subisce un'esplosione in séguito alla quale Ghepard viene dato per morto. Poco dopo, i Predacon sono sott'attacco di una feroce bestia misteriosa, mentre Black Jack parte in missione per cercare il felino, che inaspettatamente si presenta alla base pesantemente danneggiato.

Dopo esser tornato alla base, Ghepard ha degli incubi e ben presto si trasforma nella bestia dell'episodio precedente. Gli altri Maximal iniziano a dare la caccia alla creatura, senza sapere che si tratta di Ghepard. Megatron rivendica la proprietà del nuovo Ghepard di tipo transmetal 2 e invia TwoDinobot a catturarlo. Nel tentativo di difendersi, il felino sfrutta la sua nuova forma e sconfigge TwoDinobot, ricongiungendosi così agli altri Maximal, con la sua nuova forma.

La lontananza dai Predacon provoca alcuni problemi in senno alla matrice di Black Arachnia. Dopo aver sentito Black Jack e Rhinox discutere della sua riprogrammazione da Predacon a Maximal, Arachnia crede che il capo dei Maximal abbia deciso di rimuovere chirurgicamente il suo nucleo Predacon senza avere considerato il rischio per lei e così abbandona la base. Mentre si trova in fuga, viene inseguita da TwoDinobot. Grifo va all'inseguimento, la salva dal velociraptor e le chiede spiegazioni sul suo abbandono; a questo punto lei gli rivela il motivo per cui è fuggita. Una volta tornata alla base, affronta Black Jack sull'argomento e lui le dice che, nonostante la riprogrammazione possa essere soltanto un vantaggio per lei, è e sarà sempre sua la scelta di sottoporsi o meno all'intervento. Dopo aver compreso che la minaccia per la sua vita è finita, si riunisce ai Maximal.

Megatron rapisce una giovane proto-umana, Una, per terminare un raggio distruttore gigante che colpisce e danneggia tutti i Cybertroniani, Predacon compresi, ma non gli umani. Una segue le indicazioni di Megatron ma Rattilus ed Abyssis arrivano a salvarla mentre questa sta distruggendo la macchina involontariamente. Nonostante questi danni, Megatron compone il cannone ma quest'ultimo esplode dopo che Una si porta via un componente per gioco. Intanto il rapporto tra Rattilus ed Abyssis, nonostante i battibecchi continui, diventa sempre più forte, come un tempo lo era tra Rattilus e Dinobot.

Black Arachnia tenta di diventare un biocombat transmetallico con l'ausilio di un dispositivo alieno rubato. Tuttavia, a causa dell'intervento di Grifo, l'esperimento prende una terribile piega e minaccia la sua vita. Rhinox, per salvarla, viaggia nel suo subconscio per cercare di liberarla di quel dispositivo Predacon che tempo prima riprogrammò la sua protoforma, ma Tarantulas e i Predacon disturbano l'operazione danneggiando la base e riescono indirettamente a distruggere Arachnia. Tuttavia, mentre Grifo si scatena su Tarantulas in cerca di vendetta, il dispositivo alieno re-incanala la scintilla di Black Arachnia in un corpo transmetallico di tipo 2, creando una nuova guerriera, ora totalmente Maximal.

Durante un attacco alla base Maximal, Black Jack viene colpito con un cyberbug perforante che permette a Serpex di prendere il controllo del suo corpo. Tarantulas e Serpex formano un'alleanza per distruggere l'Arca e Megatron. Megatron vuole entrare nella base per utilizzare la scintilla dell'originale Megatron per migliorare il suo corpo, come ha fatto Black Jack con Commander. Una volta che Megatron assorbe la scintilla del suo omonimo, Tarantulas ordina a Serpex di gettare Megatron nella lava per ucciderlo. I due entrano nell'Arca con l'intento di farla auto-esplodere. Dopo aver programmato l'autodistruzione, escono e trovano Megatron che risorge dalla lava, mostrando il suo nuovo corpo, quello di un gigantesco drago rosso sputa-fuoco di tipo transmetal 2. Non solo la scintilla del primo Megatron, ma anche la lava ha mutato il suo corpo, rendendolo più forte che mai. Nel frattempo Black Arachnia riesce a fermare il piano di Tarantulas, utilizzando la sua conoscenza dell'Arca.

Serpex viene processato per il tradimento di Megatron ma il giudizio viene interrotto quando i Vok inviano Tigerhawk, una fusione soprannaturale di Tigertron e Falcon Lady, per fermare l'interferenza di Megatron con il tempo. Tigerhawk non sa, tuttavia, che Megatron ha parte della scintilla del suo predecessore, il Megatron originale, in sé e che quindi, distruggendo il leader dei Predacon, egli causerebbe un'altra tempesta temporale. Al suo arrivo, Tigerhawk distrugge la nave dei Predacon e sconfigge i Predacon. Colpendolo di spalle, Tarantulas cattura Tigerhawk e prova a terminare il suo controllo da parte dei Vok. L'esperimento va fatalmente male causando la morte di Tigerhawk, e l'arrivo di Ghepard fa sì che Tarantulas venga ucciso dal macchinario. A questo punto, terminato il controllo dei Vok, le scintille di Tigertron e Falcon Lady si riuniscono nel corpo di Tigerhawk fondendosi in una sola. Questo nuovo amico, fusione di due vecchi amici, viene accolto tra i Maximal.

While Inferno, Quickstrike and Waspinator go looking for a new ""colony"", Megatron discovers one of Tarantulas' secret projects - the reactivation of the gigantic Decepticon warship that shot down the Ark before it crashed into the sea.

Destruction rains down on the Maximals as Megatron unleashes the weapons of the Nemesis. Optimus orders a desperate attempt at getting the Ark airborne.