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Las 12 Colonias se ven sorprendidas por un ataque de los cylons. Sus hogares son destruidos, y los últimos supervivientes de la raza escapan a bordo de Galactica.

A Galactica y su flota se les acaban los suministros de comida y combustible. El Capitán Apolo propone una expedición a una peligrosa zona del espacio, infestada de cylons.

Una vez en la colonia minera de Carillon, consiguen más de lo esperado, pero también se arriesgan a un ataque cylon.

Starbuck y Apolo deben decidir entre un camino desconocido o uno lleno de cylons. Boomer y Jolly vuelven a Galactica contagiados de un virus.

La tripulación de Galactica llega al planeta Kobol, el mundo de donde procedían las tribus humanas. Allí Adama espera encontrar pistas hacia la tribu perdida de la Tierra.

Apolo se ve forzado a aterrizar en un mundo poco desarrollado tecnológicamente.

La flota llega a una nueva galaxia. Starbuck sale en una misión, y es atrapado por los cylons.

Galactica descubre un arma cylon potentísima sobre un planeta helado, que podría aniquilar la flota. Adama envía a guerreros y delincuentes para la misión.

Un grupo de clones humanos ayudan al equipo de Galactica a desactivar el arma. Los criminales intentan escapar.

Los cylons destruyen las naves agricultoras de la flota. Adama negocia con una colonia humana el suministro de cosechas.

Starbuck se estrella sobre Attila, un mundo controlado por los cylons, allí se encuentra con unos niños que forman una guerrilla de resistencia.

El Comandante Cain, del Pegaus, se encuentra con la flota colonial, e inicia una nueva campaña contra los cylons. Sin embargo, los modos de Cain no gustan a Adama, pues pone en peligro a la flota.

Cain se une a los guerreros del Galactica, y sigue su campaña contra los cylons, sin pensar en las c o n s e c u e n c i a s . Finalmente el Pegasus desaparece, no sin antes destruir dos bases cylon.

Un ataque cylon deja inhabilitada a Galactica. Varios pasajeros y tripulación quedan atrapados por el fuego.

Llega un hombre carismático y enigmático a la flota, prometiendo darles todo lo que quieren, si le siguen. Y después, varios pilotos desaparecen.

Apolo y Adama están convencidos de que el Conde Iblis es un hombre loco, y averiguarán el terrible secreto de su auténtica identidad.

Starbuck se encuentra con un hombre que él cree es su padre. Sus amigos creen que es un farsante.

Starbuck es acusado del asesinato de un guerrero de la flota, Ortega. Es inocente, y su última salvación es Baltar.

Starbuck y Apolo descrubren una nave alienígena. Dentro hallan 6 personas en criogénesis. Son fugitivos, probablemente de la Tierra. Se eleva la tension entre la flota.

Apolo y Starbuck acaban sabiendo que los humanos son de Terra, un mundo colonial. Viajan a Paradeen (una colonia cercana) escapando de la amenaza de la Alianza del Este. Starbuck, Casiopea y Apolo terminan el viaje junto a los Terranos, esperando encontrar pistas para localizar la Tierra.

La tripulación capturada de la Alianza del Este (Baltar y el Borellian Nomen) escapan de la prisión Colonial y secuestran al Consejo de los 12.

En Terra Apolo es elegido por los Seres de Luz para una misión: salvar la Tierra de la facción terrana, la Alianza del Este.

La nave colonial Celestra llega al mando de un héroe de guerra, el Comandante Kronus. Starbuck se reencuentra con un ex amor, Aurora, que es una espía en el Celestra.

Sheba, Apolo, Cassiopea y Starbuck se repliegan a un antiguo puesto de navegación. Allí interceptan unas misteriosas transmisiones. Lograrán destruir la base cylon y partirán en busca de la Tierra.