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L'Impero Cylon inganna le Dodici Colonie facendo credere di volere la pace, poi attacca e distrugge quasi tutta la flotta. La Galactica, comandata da Adama, raccoglie i superstiti e parte alla ricerca della leggendaria tredicesima colonia, la Terra.

La flotta si ferma sul pianeta Carillon per rifornirsi. Un nuovo membro del Consiglio sottrae il comando ad Adama, mentre Boomer e Starbuck indagano su un sospetto casinò del pianeta.

While most of the crew members from Galactica enjoy themselves in the casino, Apollo and Starbuck discover a dark secret in the mines below.

Sul Galactica, fervono i preparativi per il matrimonio di Apollo con Serina. Ma tra i piloti di viper si diffonde un virus che costringe all'emergenza. Adama quindi decide di arruolare anche le donne pilota di cargo civili, tra le quali vi è anche Serina. Intanto il Galactica si avvicina allo spazio sconosciuto ove da molto tempo ormai le navi non si avventurano più. Adama ordina di attraversare il vuoto cosmico, convinto che sia l'unico modo per raggiungere Kobol, uno dei pianeti dei Padri fondatori, sul quale confida di trovare maggiori informazioni sulla posizione della Terra. Durante la traversata all'interno del vuoto, Scorpion (Starbuck nella serie americana) viene catturato dai Cyloni. A bordo Adama celebra il matrimonio di suo figlio Apollo con Serina, ed alla fine della cerimonia appare una luce dallo spazio: è il pianeta Kobol che indica la fine del vuoto cosmico. Sul pianeta Adama, Apollo e Serina trovano delle grandiose piramidi. All'interno di una di esse, quella del Nono Signore di Kobol, cercano tracce della Terra. Adama vi trova invece Baltar, che gli propone una nuova pace coi Cyloni, e per dimostrargli di essere in buona fede libera Scorpion. Adama, Apollo e Serina trovano comunque i segni che indicano la rotta verso la Terra. Nel frattempo Lucifero, l'attendente di Baltar, ordina di attaccare il Galactica e Kobol. Pur essendo delle principianti le pilote sconfiggono i caccia Cyloni. Serina colpita su Kobol da un centurione, morirà sul Galactica.

Adama conduce la flotta verso Kobol nella speranza di trovare indizi sulla Terra. Una malattia colpisce i piloti dei Viper e le donne devono assumere i compiti di pattuglia, mentre Baltar guida i Cylon all'attacco della Galactica.

Abbattuto durante una schermaglia con i Cylons, Apollo precipita su un pianeta che ricorda il Far West. Ospitato da Vella e da suo figlio Puppis, scopre che in città imperversa un boss che terrorizza gli abitanti. Un Cylone danneggiato, al servizio del boss Lacerta, si fa chiamare Occhio rosso ed è lui, anni prima, ad aver ucciso in duello il marito di Vella. Apollo distruggerà in duello Occhio Rosso, mettendo fine anche alle malefatte del boss.

Durante i test di un nuovo tipo di Viper dotato del sistema C.O.R.A., un pilota automatico parlante, Scorpion incontra un contrabbandiere di ambrosia. Sperando di ricavarne un guadagno, è derubato del viper. Scambiato per un criminale, Scorpion è catturato ed internato su Proteus, un pianeta prigione. Nella prigione gli abitanti fabbricano ambrosia, e sono i discendenti dei criminali che scontavano la loro pena. In una cella vi è un graffito rappresentante il sistema solare. Scorpion riesce a fuggire con gli altri internati, ed a recuperare il viper.

Quando il Viper di un cadetto viene colpito da un cannone pulsar, Adama capisce che il Galactica è caduto in una trappola di Baltar. Apollo, Scorpion e Boomer con la missione di distruggere l'arma, si recano sul pianeta glaciale con alcuni ex guerrieri, detenuti per ammutinamento. Qui trovano un aiuto inaspettato da parte degli abitanti del posto, una società composta da cloni creati dal dottor Ravashol, creatore anche del cannone, e che temono i Cyloni.

Apollo e Starbuck guidano un gruppo di detenuti in una missione quasi suicida su un pianeta ghiacciato per distruggere un potente cannone a impulsi.

Un attacco dei Cyloni distrugge la maggior parte degli approvvigionamenti della flotta. Il Galactica allora è costretto a commerciare con un pianeta rurale. Qui Adama ritrova Siress Belloby, una sua vecchia fiamma, con la quale deve barattare i rifornimenti. Ma i problemi non sono finiti, una razza con sembianze di maiali, depredano gli abitanti ed Adama decide di riportare la tranquillità a Serenity.

Scorpion precipita sul pianeta Trillion, un planetoide i cui abitanti sono stati sterminati dai Cyloni. Unici superstiti, sono una famiglia composta da ragazzi determinati liberare il loro padre, prigioniero dei Cyloni. Scorpion li aiuterà con un piano intonato a filastrocca.

Durante una perlustrazione Apollo e Starbuck incontrano la Battlestar Pegasus, comandata dal leggendario comandante Caino. Caino è determinato a sferrare un attacco frontale coi due Battlestar contro una nave base dei Cylon. Adama si oppone.

Il comandante Cain vuole che la Galactica partecipi a un attacco frontale contro i Cylon, ma Adama considera il piano troppo pericoloso e vicino al suicidio.

Dopo un attacco suicida dei Cyloni, nel Galactica divampano le fiamme. Boomer, Athena, e Boxey sono intrappolati in una camera stagna della nave.

La flotta del Galactica è attaccata da strane luci che si muovono velocemente. Apollo, Scorpion e Sheba prestano soccorso ad un naufrago precipitato su un pianeta dove la luce è rossa. Si tratta del Conte Iblis, un personaggio tanto misterioso quanto potente che in cambio della guida al posto di Adama promette la resa di Baltar, promessa che manterrà.

Iblis ha consegnato Baltar alla Galactica. Adama e Apollo cercano tra i resti di un relitto una prova capace di rivelare la vera identità di Iblis.

Affinché lo aiuti a difendersi da tre strani individui che lo vogliono morto, un vecchio, noto col nome di Chameleon, convince Scorpion d'essere suo padre.

Quando l'avversario sportivo di Scorpion viene trovato morto, egli è accusato della sua morte. Solo Apollo crede alla sua innocenza.

Dopo che Apollo e Scorpion hanno portato nel Galactica una navicella con l'equipaggio in ibernazione, a bordo dell'astronave si sparge la voce che provengono dalla Terra. In realtà stanno fuggendo dall'Alleanza Orientale.

Gli occupanti di una nave in ibernazione provengono da Terra, un pianeta molto simile alla Terra e coinvolto in una guerra contro l'Alleanza Orientale.

Quando Baltar progetta la sua fuga con l'aiuto dei tre Normanni ed i soldati dell'Alleanza Orientale, i membri del Consiglio di Dodici sono presi ostaggio, ed Adama deve trattare coi fuggiaschi.

Apollo e Scorpion salvano Gea dall'olocausto nucleare che stava per essere provocato dall'Alleanza Orientale, grazie all'intervento delle luci che li avevano aiutati contro il Conte Iblis.

La nave Celestra guidata da un burbero comandante è dirottata. Tra i ribelli vi è Aurora una vecchia fiamma di Scorpion.

Il Galactica ha la possibilità di liberarsi dell'ultimo avamposto Cylone: una nave base. Apollo scrutando lo spazio da un ricevitore a bordo di una torretta del Galactica, riceve le immagini dello sbarco sulla Luna.