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The Cylon Empire tricks the Twelve Colonies into believing they are striving for peace. Then they ambush the unprepared colonies and destroy the military's Battlestar fleet. One surviving Battlestar, the Galactica, under the command of Commander Adama, gathers the remaining humans and leads them in the search for the legendary 13th colony called Earth.

When the fleet stops at the planet Carillon to refuel and pick up supplies, a newly-elected member of the Council seizes power from Commander Adama. Boomer and Starbuck check out a shady casino resort on the planet.

While most of the crew members from Galactica enjoy themselves in the casino, Apollo and Starbuck discover a dark secret in the mines below.

Em patrulha, Apollo e Starbuck se deparar com um grande vazio, enquanto Boomer e Jolly estão infectados com uma praga que logo infecta os pilotos Viper restantes. Logo, Apollo e Starbuck vai ter que treinar um grupo de cadetes do sexo feminino, incluindo a noiva de Apollo, Serina.

Adama ordena a frota para definir um rumo para o vazio aparentemente interminável, onde ele espera encontrar o planeta perdido de Kobol, mãe do mundo das doze tribos de homem. Starbuck está sendo mantido em cativeiro na Nave base de Baltar. Quando Baltar descobre a busca de Kobol, ele segue a frota Colonial para um cara a cara com o confronto Adama.

Apollo é abandonado em uma Fronte como o planeta Ocidental, onde ele encontra uma mulher e seu filho e um Cylonio danificado, conhecido como Red Eye, que se tornou um pistoleiro notório.

Starbuck é designado para testar um novo e ultra rápido, mas desarmado, Viper com um computador falante chamado CORA; mas quando ele conhece um contrabandista, que rouba o Viper, Starbuck encontra-se preso pela Polícia Galáctica de um planeta prisão.

Baltar tenta atrair Galactica ao alcance de um canhão pulsar gigantesco. Adama se torna consciente da armadilha e envia uma equipe de comandos para destruí-la.

Apollo e Starbuck lidera um grupo de condenados em uma possível missão suicida para destruir o canhão, que está localizado em um planeta gelado.

Quando um ataque Cylonio destrói a maioria do abastecimento alimentar da frota, a Galactica deve trocar equipamentos por grãos em um planeta rural atormentado pelos Borays, um grupo de saqueadores como porcos.

Starbuck cai no planeta Trillion onde os Cylonios após terem destruído todos os humanos, exceto por um bando de crianças, que se tornaram guerreiros para salvar seus pais escravizados.

Enquanto em patrulha, Apollo e Starbuck encontram a supostamente destruída Astro nave de combate Pegasus, comandada pela lenda viva, Comandante Cain.

O impetuoso Comandante Cain insiste em que a Galactica junte se a um ataque frontal contra os Cylonios um ataque que Adama acredita que seria uma missão suicida.

Um ataque do kamikaze dos Cylonios deixa a Galactica queimando no espaço, sem nenhuma forma de extinguir o incêndio que aprisiona Boomer, Athena, e Boxey a única chance de salvalos e uma caminhada espacial perigosa de Apollo e Starbuck.

Enquanto a frota é atormentada por luzes brilhantes que constantemente voam por eles muito rápido para ser seguido, Apollo, Starbuck e Sheba encontra os restos de um naufrágio, com uma contagem misteriosa e aparentemente toda poderosa que está sendo chamada Iblis, que os ajuda a capturar Baltar .

Continuação da primeira parte. .

Um velho conhecido como Chameleon encontra Starbuck e convence de que ele pode ser o pai dele, para obter a ajuda de Starbuck e enganar um trio de Borellians sanguinários que estão atrás dele por vingança para um acerto de conta.

Quando um rival de Starbuck num evento esportivo popular é encontrado assassinado, toda a evidência aponta para Starbuck; e Apollo é a única pessoa que acredita na inocência de Starbuck.

When Apollo and Starbuck find a primitive sleeper ship carrying a man, a woman, and four children, speculation spreads in the fleet that the people are from Earth.

When Apollo and Starbuck find a primitive sleeper ship carrying a man, a woman, and four children, the inhabitants reveal that they are from Terra, an Earth-like planet at war with the evil Eastern Alliance.

Quando Baltar planeja sua fuga com a ajuda dos três Borellians e da Aliança Oriental, os membros do Conselho dos Doze são feitos reféns, e Adama deve ceder às exigências dos fugitivos.

Apollo e Starbuck ao serem seguidos por uma nave da  Aliança Oriental escapam de volta à Tera, onde ajudam os teranos superar um holocausto nuclear, com a ajuda das velozes de luzes brancas que anteriormente tinha ajudado a derrotar o Conde Iblis.

Starbuck encontra seu amor há muito perdido, Aurora, que está envolvida com um grupo tentando libertar o Celestra uma nave de passageiros a partir de seu capitão supostamente ditatorial.

Em vez de continuar fugindo de seus inimigos, a tripulação da Galactica começa um ataque total sobre uma nave base Cylonia.