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Vilgax, después de conquistar 10 planetas, llega a la Tierra para destruir a Ben.

Ben, Gwen y Kevin se apresuran a recuperar las formas perdidas del Omnitrix y llegar a tiempo a la batalla contra Vilgax. Mientras tanto, Kevin descubre que su nueva transformación tiene algunas ventajas.

Ben, Gwen y Kevin descubren que Vulkanus planea perforar el centro de la Tierra y lanzar una bomba en el agujero, destruyendo así el planeta.

Una especie de extraterrestres con aspecto de cabra llega a la Tierra para un festival de palomitas. Ben, Gwen y Kevin tienen un gran problema cuando uno de los extraterrestres come carne y se convierte en un monstruo.

Una extraterrestre llamada Probity busca la ayuda de Ben para detener la guerra en curso en su planeta natal.

El dueño del barco decide que lo quiere de vuelta y contrata a unos embargadores para que lo recuperen. Ben y Kevin acuden a los tribunales para resolver el asunto legalmente, dejando a Gwen y Julie a cargo de los embargadores.

Un cazarrecompensas intenta quitarle el Omnitrix a Ben.

Una serie de terremotos despierta a un oficial de la Raza Alta que ha estado hibernando en las profundidades de la tierra. Cree que la Raza Alta ha perdido la guerra y activa un dispositivo de seguridad programado para destruir. Ben debe colaborar con Gwen y Kevin no solo para salvar al abuelo Max, sino también al mundo de este problema "gigante".

Kevin empieza a perder la esperanza de volver a ser humano algún día. Entonces conoce a una chica a la que no parece importarle su forma. Kevin queda literalmente hechizado por ella, pues Charmcaster ha regresado para vengarse de Ben y Gwen. Kevin, hechizado por Charmcaster, no tiene más remedio que obedecer a su amo y destruirlos.

Vilgax le promete a Ghostfreak que lo sacará de la prisión siempre que le cuente los secretos del Omnitrix, pero cuando Ghostfreak lo traiciona y convierte a su gente en sus secuaces, Vilgax llega a la Tierra y pide la ayuda de Ben, Gwen y Kevin para deshacerse de Ghostfreak.

Kevin hace una tregua temporal con Darkstar para recuperar un artefacto que los devolverá a su antiguo ser.

Ben, Kevin y Gwen se topan con una caja alienígena que puede transformarse en una versión robótica de todo lo que ve. Su poder se convierte en una desventaja cuando los hermanos Vreedle deciden apropiarse de la caja.

Zaw-Veenull le pide a Ben que entregue al Príncipe Tiffin a Jarret para mantener la paz entre ambas especies. Poco después de su viaje espacial, el Omnitrix falla y convierte a Ben en un appoplexiano llamado Rath, que quiere luchar contra todo lo que respire.

El Omnitrix transporta a Ben, Gwen y Kevin a un planeta llamado Primus, que resulta haber sido creado por Azmuth. Deben impedir que Vilgax detenga el Omnitrix en su origen.

A pesar de la advertencia de Paradox, Gwen viaja al pasado para evitar que el accidente que convirtió a Kevin en un monstruo ocurra. Gwen regresa al presente solo para descubrir que su viaje temporal provocó una serie de eventos que llevaron a Hex a gobernar el mundo.

Mientras está enfermo, Ben recibe la visita de su viejo amigo Tetrax, quien le exige que le entregue Chromastone.

El abuelo Max convoca a los Ayudantes del Plomero para rescatarlo de una estación espacial abandonada donde Ben lo está atacando. El equipo debe encontrar la manera de colaborar para salvar a Max, detener a Ben y evitar que la estación espacial se estrelle contra la Tierra.

Kevin regresa a casa y la encuentra saqueada, así que pide ayuda a Ben y Gwen para averiguar quién lo hizo y por qué. Pronto se cruzan con Ragnarok, un criminal letal que recientemente se liberó del Vacío y busca una llave especial. Kevin está decidido a impedir que Ragnarok la obtenga, sobre todo después de descubrir la verdad sobre Ragnarok y su padre.

Albedo le robó el Ultimatrix a Azmuth y lo usó para secuestrar a Gwen y Kevin. Ben va a enfrentar a Albedo y rescatar a sus amigos, cuando descubre rápidamente que Albedo ha estado trabajando en conjunto con Vilgax. Ben es derrotado por ambos y entrega el Omnitrix para salvarse a sí mismo y a sus amigos.

Impotente, Ben sube a la nave de Vilgax y se enfrenta a él para detener su invasión de la Tierra en su batalla final. Albedo le entrega a Ben el Superomnitrix y Ben recupera a sus antiguos alienígenas y sus formas evolucionadas.