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Vilgax est de retour, plus puissant que jamais et il défie Ben, à qui il manque plusieurs aliens. Dans la deuxième partie, Ben combat Vilgax.

Ben, Gwen et Kevin font la course pour récupérer les formes perdues de l'Omnitrix et arriver à temps à la bataille contre Vilgax. Pendant ce temps, Kevin découvre que sa nouvelle transformation a quelques avantages.

Ben, Gwen et Kevin découvrent que Vulkanus veut forer jusqu'au centre de la Terre.

Un alien demande à Ben de localiser son meilleur ami disparu.

Ben et son équipe se déplace sur une planète extraterrestre pour résoudre un conflit entre ses habitants.

Ben et Kevin tentent d'empêcher deux chasseurs de prime de rendre Fusée à son créateur et demandent au juge d'annuler sa décision.

Un chasseur de primes qui est après l'Omnitrix envoie Ben dans le Vide Absolu, mais la main gauche du héros reste sur Terre.

Ben et ses amis doivent arrêter un système de sécurité des Commandants Suprêmes qui s'est accidentellement mis en route.

L'Enchanteresse est de retour et hypnotise Kevin pour l'aider à vaincre Gwen.

Vilgax demande de l'aide à Ben pour vaincre Sz'Kayr (alias Spectral) qui a conquis la planète Vilgaxia.

Kevin fait équipe avec Darkstar pour récupérer un artéfact censé les guérir tous les deux.

Ben et son équipe se battent contre un jouet alien qui se révèle être très dangereux.

L'Omnitrix dysfonctionne et Ben se transforme en Bingalosaure, un alien agressif et impitoyable, pendant une mission où ils doivent rétablir la paix entre deux espèces d'aliens.

Ben se voit téléporté à Primus et l'omnitrix retourne alors chez Azmuth afin de défendre Primus contre Vilgax. Mais celui-ci échoue et Vilgax récupère l'Omnitrix...

Gwen retourne dans le temps afin d'éviter le piratage de l'omnitrix et la mutation de Kevin. Mais elle ne se doute pas des faits secondaires...

Tetrax est de retour afin de récupérer Megachrome pour la restauration de sa planète. Vilgax attaque pour récupérer la pierre d'énergie de Mégachrome...

Ben devient fou et attaque Max. Gwen et Kevin étant en mission à l'autre bout de l'univers, Helen, Manny, Pierce et Alan vont devoir se débrouiller...

Un alien dénommé Ragnarok sort du Vide Absolu afin d'absorber l'énergie du Soleil. Il s'avère en fait que ce criminel est l'assassin du père de Kevin et celui-ci veut se venger ...

Albedo est de retour et vole l'Ultimatrix dans le laboratoire d'Azmuth. Celui-ci le complète avec les éléments de son ancien Omnitrix et du matériel fournit par Vilgax. Tous deux font équipe pour prendre l'Omnitrix à Ben. Albedo kidanppe alors Gwen et Kevin et Vilgax demande l'Omnitrix en échange de ses amis sous peine de les tuer...

Impuissant, Ben monte à bord du vaisseau de Vilgax et l'affronte pour mettre fin à son invasion de la Terre lors de sa dernière bataille. Albedo donne à Ben l'Ultimatrix et Ben récupère ses anciens aliens et leurs formes évoluées.