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Yasako y Kyōko llegan en tren a la ciudad de Daikoku. Su perro virtual se pierde por la ciudad tras caer en un área abandonada del ciberespacio ocupado por un "ilegal" (un ser del ciberespacio fuera de control). Yasako consigue la ayuda de Fumie, detective de una agencia de investigadores virtuales para ayudarla a rescatar a su mascota. Durante la búsqueda atraen la atención de un peligroso ser que se dedica a eliminar los errores del mundo virtual.

Las dos chicas van a ver a la abuela de Yasako, Megabaa, para curar a Densuke de su enfermedad. Como pago, Yasako se compromete a unirse a la agencia de detectives de Megabaa. Mientras, Isako busca insistentemente la "cerradura"; deduciendo que reside como un ilegal en Densuke, envía a sus mascotas virtuales a buscarlo y capturarlo.

Tras capturar a Densuke, las mascotas de Isako se lo llevan. Después de separar al ilegal de Densuke, Isako trata infructuosamente de "desbloquear" el organismo con su llave, causando fallos en el ciberespacio circundante. Isako informa de ello a alguien a través de su teléfono.

Una batalla sin cuartel estalla en la escuela entre Isako, Fumie y el grupo de Daichi, el club de hackers de Daikoku. Aunque Isako consigue salir victoriosa tras someter al club de hackers de Daikoku, Fumie consigue arrebatarle un fragmento de información.

Isako propone a los ahora endeudados hackers de Daikoku una jugosa misión a las afueras de la ciudad en busca de metabugs. Durante la expedición Isako se hace con el control del grupo, y, cautivado por las habilidades de la niña, Daichi se ofrece a ser su discípulo.

Yasako y Fumie comienzan a investigar la relación entre Haraken y el Satchi. Su intento de trazar los lugares por los que pasa y las conductas de comportamiento del Satchi, llegan a un lugar sospechoso donde se refugian estos automatas. Ahí se dan cuenta de por qué a Haraken le interesa tanto la investigación de virus e ilegales.

Isako trata de capturar a un ilegal con la ayuda de los hackers de Daikoku en el interior de una fábrica abandonada. Mientras, Yasako y Fumie buscan, en el mismo lugar una mascota virtual extraviada que se supone que contiene la clave para llegar a una pequeña fortuna.

Isako trama un plan para que Daichi rete a Dennō Coil a un duelo durante un festival de verano. Daichi, a costa de la amistad recién revivida con Fumie, cumple a regañadientes con su papel. Mientras, Haraken recupera un misterioso metabug de la mascota de su malograda amiga.

Los niños pasan una tormentosa noche en la escuela contando historias de miedo y haciendo juegos para probar su valor frente al equipo rival. Mientras, Isako se infiltra en el colegio en busca de un kirabug muy especial y Haraken es arrastrado por un momento hacia "el otro lado".

Haraken, Fumie y Yasako siguen las pistas dejadas por Kanna. Mientras, en el grupo Hacker de Daichi, Isako, como nueva líder precipita un cambio que hará que el equipo no vuelva a ser el mismo.

Daichi, al ver que los ilegales con los que interactúa Isako están rellenos de metabugs, planea capturar y criar uno. Eventualmente consigue capturar uno de estos ilegales, pero la situación se le va de las manos al no poder controlar a la criatura, poniendo en peligro el ciberespacio de Daikoku.

Los niños descubren una raza de ilegales microscópicos creciendo en sus caras. Yasako, usando un intercomunicador, logra entablar una relación con los que habitan en su cara, convirtiéndose en una especie de dios para ellos. Más tarde, mientras las criaturas evolucionan, surgen distintas civilizaciones de ilegales con intereses encontrados y Yasako trata con su influencia divina de mantener la paz entre ellos por todos los medios.

Yasako y Fumie acceden a ayudar a Denpa a reubicar un ilegal dócil con forma de plesiosaurio, cuando el espacio obsoleto donde vivía, es demolido para edificar un bloque de viviendas. Esto los lleva a buscar otra localización para el plesiosaurio y planear el transporte tratando de evitar en lo posible los peligros para este.

Akira, el hermano pequeño de Fumie, hace un pequeño resumen de lo acontecido hasta este punto desde su perspectiva.

Yasako, tratando de encontrar el lugar donde conoció a 4423, llega a un barrio lejos de su casa y conoce por casualidad a un chico llamado Takeru que la guía por la zona. Suponiendo que el lugar de su recuerdo era un lugar virtual borrado por Satchi, Yasako vuelve a casa, mientras Takeru, tras despedirse de Yuko, demuestra que puede no ser la persona que parecía.

Para su proyecto de investigación, Haraken y Fumie encuentran registros antiguos de usuarios de Dennō que se desmayaron y sufrieron alucinaciones del "otro lado". Mientras, Yasako espía a Isako, mientras esta visita a su hermano en el hospital. Deduciendo que es 4423, Yasako confronta a Isako, con la revelación de haber conocido a su hermano hace años.

Haraken, torturado por la posibilidad de que su amiga Kanna siga existiendo en "el otro lado", pide a Isako que lo lleve con él.

Haraken vislumbra brevemente a Kanna antes de que la puerta creada por Isako se colapsara. Tamako, temiendo por la vida de su sobrino, le quita las cibergafas. Mientras, espacios obsoletos invaden la tienda de Megabaa donde Kyoko, Fumie y Yasako pasan la noche.

Después de que Kyoko sea llevada al "otro lado", Yasako y Fumie ayudan al cibercuerpo de Kyoko a volver a su cuerpo real, con ayuda de Densuke.

Con las cibergafas de Kanna, Haraken consigue echar un vistazo al "otro lado" de nuevo, donde finalmente hace las paces con ella. Yasako se aventura a rescatarlo con la ayuda de Isako y Tamako.

Mientras la escuela donde estudian los niños se traslada a otro edificio, Isako se ve envuelta en una trama urdida por Megamass para investigar el espacio obsoleto y sus efectos.

Yasako e Isako, huyendo de Megamass y su nuevo modelo de autómata, se refugian en la tienda de Megabaa. Allí descubren que Densuke tiene el potencial de abrir un portal estable al "otro lado", al que también se conoce como "dominio Coil".

Nekome, determinado a revelar la verdadera naturaleza y la historia detrás de la tecnología de las gafas, trata de convencer a Isako a unirse a su hermano en el "dominio Coil" utilizando a Densuke como portal de entrada.

Alarmados con lo ocurrido con Isako, los padres confiscan las gafas a los niños.

Usando las cibergafas que pertenecieron a su abuelo fallecido, Yasako cruza al "otro lado" con la intención de salvar a Isako. Mientras, Megabaa descubre la verdadera identidad de 4423.

Yasako descubre la verdad sobre Michiko, 4423 y el "dominio Coil". Ayudada por su familia y amigos, debe enfrentarse a Michiko para poder llevar a Isako de vuelta a la realidad.