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Yuko e la sorella si trasferiscono da Kanazawa alla città di Daikoku. Poco dopo, il loro cane virtuale Densuke attraversa un muro e scompare.

Yuko e Fumie affrontano il virus che ha colpito Densuke, il quale rischia di essere catturato da alcune piccole creature virtuali inviate da una ragazza misteriosa.

Il primo giorno di scuola Yuko apprende che Densuke è stato rapito e parte alla sua ricerca assieme a Fumie, ma Searchmaton ostacola le ragazze.

Isako respinge i tentativi di Yuko di fare amicizia con lei, poi subisce un attacco digitale da parte di Daichi assetato di vendetta per il rifiuto di unirsi al suo club.

Isako convince Daichi e i suoi amici ad accompagnarla nella ricerca dei Metabug. Yuko e Fumie fanno squadra con il presidente del Club di Biologia Haraken e li seguono.

Decise a scoprire la vera identità di Haraken, Fumie e Yuko indagano sul modo in cui è stato programmato Searchmaton. Kyoko vuole partecipare ai loro esperimenti.

Mentre cercano un criceto virtuale, Yuko e Fumie si ritrovano in una fabbrica abbandonata, dove Isako sta provando a catturare un Illegal leggendario.

Il giorno del festival estivo, Isako ordina a Daichi di sfidare a duello Fumie. Ma il ragazzo esita a farlo a causa dei sentimenti che prova per quest'ultima.

I ragazzi passano la notte a scuola e dopo aver raccontato storie di paura su Michiko procedono con il duello, mentre Isako continua a inseguire l'Illegal.

Isako caccia Daichi dal club. Yuko si ricorda improvvisamente di un ragazzo chiamato 4423, mentre aiuta Haraken a seguire alcune indicazioni ottenute misteriosamente.

Per raccogliere i Metabug, Daichi cattura e alleva un pesce rosso Illegal. Ma la situazione precipita quando questo cresce a dismisura e scappa di casa.

Daichi scompare per alcuni giorni e poi si presenta a scuola con una barba digitale fatta di Illegal, che si rivela molto contagiosa.

Yuko e Haraken scoprono che Denpa si prende segretamente cura di un Illegal in quello che diventerà un cantiere edile. Gli amici si affrettano a trovargli una nuova casa.

Akira registra filmati della sorella Fumie per dimostrare che lei lo maltratta. Nel frattempo, Haraken incontra un giovane che indaga sugli avvenimenti di Daikoku.

Yuko si perde e incontra un ragazzo di nome Takeru. Mentre lui la riconduce alla stazione, i due capitano in un luogo dove la ragazza ricorda di essere stata da piccola.

Yuko incontra per caso Akira in ospedale e quando lo vede filmare Isako si incuriosisce. Così guarda il video e fa una scoperta sorprendente.

Dopo aver raccontato ad Haraken il segreto di Isako, Yuko cerca di convincerlo ad aprirsi. Tamako decide di ostacolare Isako nella ricerca di Kirabug.

Isako apre un passaggio per andare dall'altra parte, permettendo a Haraken di attraversarlo per cercare la sua amica perduta Kanna. Yuko prova a fermarlo.

La barriera di Megabaa consente a Yuko e Fumie di sfuggire di misura a Illegal pericolosi. Una volta al sicuro le ragazze provano a recuperare il corpo digitale di Kyoko.

Haraken passa ancora una volta dall'altra parte. Yuko lo insegue assieme a Tamako che nel frattempo racconta di un terribile errore commesso in gioventù.

All'inizio del nuovo semestre Yuko è preoccupata per Haraken, ancora costretto a letto. Nel frattempo, a scuola un gruppo di ragazzi prende di mira Isako.

Yuko salva Isako da un nuovo Searchmaton e poi le ragazze si rifugiano a casa di Okonogi. Isako dà un'occhiata a Densuke e scopre un segreto su di lui.

Durante una riformattazione su larga scala della città, Searchmaton dà la caccia a Isako, Yuko e Daichi. Nekome ordina a Isako di usare Densuke per aprire un passaggio.

I genitori confiscano gli occhiali ai figli dopo aver saputo cosa è successo a Isako. Nel frattempo, Tamako cerca un modo per salvarla.

Yuko entra nel passaggio usando gli occhiali del nonno defunto e segue il dolore che prova nel petto per trovare Isako, ma guai peggiori la attendono.

I misteri che circondano Michiko e 4423 si svelano quando Yuko ritrova la memoria e non avendo tempo da perdere si affretta a salvare il corpo digitale di Isako.