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La humanidad está plagada de ataques por una raza de mutantes marinos dedicados a erradicar a la humanidad. Nuestra última esperanza es el Blue Submarine No. 6 y su tripulación, formada por el mejor personal disponible mientras luchan por el destino de toda la humanidad.

Después de sobrevivir a otra batalla submarina con las fuerzas de Zorndyke, la tripulación del Blue Submarine No. 6 regresa a la base para reparaciones. Mientras que en la base, Tetsu continúa mostrando su marca registrada falta de preocupación por la autoridad y continúa molestando a Mayumi.

Tetsu se desplaza en mar abierto. Mientras su vida brilla ante él, comienza a perder el conocimiento. Pero cuando vuelve en sí, se encuentra apoyado en el casco de un barco medio hundido. Su salvador es uno de los enemigos.

¡Los polos están cambiando y la mayor parte de la tierra de la Tierra está ahora bajo el agua! El científico Zorndyke ha creado una raza de personas bestiales para desafiar a los humanos por la supremacía global. ¿Pero quién es el verdadero enemigo, Zorndyke o la humanidad misma?