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L'humanité est constamment assaillie par une race terrifiante de mutants marins avec un seul but: éradiquer tous les humains. Le dernier espoir de l'humanité réside dans le sous-marin bleu n° 6 et son équipage dévoué - qui se sont unis pour lutter pour la survie de l'homme.

Les forces de Zorndyke étant tenues à distance, pour le moment, après une autre bataille sous-marine, Blue Submarine et son équipage retournent à la base pour des réparations indispensables. Sur la base, Tetsu affiche son manque de respect pour l'autorité, tout en agaçant simultanément les nerfs de Mayumi.

Alors que Tetsu dérive sans but à travers l'océan ouvert, il voit sa vie dans des flashbacks avant de finalement glisser inconscient. Lorsqu'il se réveille, il est surpris (et énervé) de se retrouver à la merci de son propre ennemi.

Avec la majeure partie de la Terre submergée sous-marine et les pôles toujours en mouvement, Zorndyke est prêt à libérer sa création diabolique : une race de mutants marins. Son plan ? La domination du monde. Mais l'humanité se révélera-t-elle être son propre destructeur ?