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近未来。地球環境が劣悪を極めた中に設立された、海上超国家組織「青」。各国は協力して自国の潜水艦を「青」へ派遣させることになった。日本の自衛隊から「青」へ向かった潜水艦も6号艦となっていた。だがそんな折、海洋開発のリーダーである天才科学者ゾーンダイクが海洋テロ結社を築き、人類せん滅を宣言した。

ゾーンダイクの戦艦・幽霊船から逃れた6号は、青の本部の海底基地・ブルードームを目指す。その頃、基地内ではゾーンダイクへの反撃作戦についての説明をおこなっていた。人類最後の作戦が間近に迫り、気運高まる基地内。だが、6号を追尾してブルードームの位置を突き止めた幽霊船と、ムスカの艦隊が迫りつつあった。

ブルードームでの激しい攻防戦の中、嵐の海面に投げ出された速水は、親友・勝馬との辛い記憶を思い出す。ある日、速水は勝馬と2人でゾーンダイクが潜伏するポイントを目指していた。ゾーンダイクに説得をしにいくという危険な任務を志願した勝馬を理解できない速水。その2人の前に、巨大な幽霊戦艦が立ちふさがった。

ゾーンダイク軍に総力戦を挑む青の艦隊だが、苦戦を強いられる。その頃、ゾーンダイクの真意を確かめるため、速水と紀之を乗せたグランパスが出撃する。南極へ上陸した速水と紀之は、獣人の娘と、マングローブやヤシの木が繁る異様な光景に出会う。獣人たちに導かれ、ついに2人はゾーンダイクと対峙する…。