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Cuando a Rebecca Madsen le asignan un caso de homicidio, descubre una huella que pertenece a un ex preso de Alcatraz que debería estar muerto: Jack Sylvane. Junto al experto en La Roca Diego Soto, descubrirá que Sylvane está vivo y, lo que resultará todavía más extraño, que no ha envejecido desde que estuvo en La Roca. Madsen y Soto entran a formar parte de la Unidad Especial del agente Hauser, pero se alían frente a él y su mano derecha, Lucy Banerjee.

Tal y como habían imaginado, Sylvane fue el primer recluso de La Roca en aparecer, pero no el último. Rebecca y Diego siguen ahora la pista de Ernest Cobb, un francotirador que siembra el caos en San Francisco y que mata a tres personas cada vez que ataca. Al mismo tiempo, serán desvelados algunos de los secretos de Alcatraz en la antigüedad.

Cuando el terrible asesino de niños Kit Nelson (Michael Eklund), un secuestrador aterrador y despiadado que siempre vuelve a la casa de las víctimas una vez que las ha asesinado, reaparezca del pasado, el equipo comenzará una carrera contra el tiempo para atrapar a ese temible y escurridizo hombre antes de que cometa otra vez alguna de sus fechorías.

Cal Sweeney (Eric Johnson), un famoso ladrón de bancos, regresa del pasado y las cosas no le salen como él espera. Por ello, Rebecca intentará sacarlo de primera línea para evitar así que la gente averigüe quién es realmente el protagonista del cuarto episodio de Alcatraz.

Un guardia de Alcatraz reaparece después de mucho tiempo. Pese a que es un buen hombre, a Guy Hastings (papel interpretado por Jim Parrack) se ve forzado a hacer cosas que no le gustaría y que no quisiera hacer, lo que pondrá en aprietos la investigación de la agente Rebeca Madsen. Igualmente, se encontrará en su reaparición con un viejo conocido.

Paxton Petty, un enfermo que en su pasado se dedicaba a colocar bombas mina, regresa del pasado. Ahora, amenaza con colocar explosivos en las zonas más concurridas de la ciudad de San Francisco.

Madison y Hauser buscan a Johnny Mac Kee, otro antiguo preso de Alcatraz y viciosos asesino con experiencia química. Es una carrera contra el tiempo antes de que MacKee envenene a más víctimas inocientes. También descubrirán cosas sobre el abuelo de Madison.

Los hermanos Ames son dos ladrones de bancos que regresan al presente para terminar el trabajo que empezaron en 1960, la búsqueda del oro de Alcatraz. El plan consistía en compincharse con un guardia, hacer una copia de las llaves y escapar para abrír con ellas el calabozo tras el que se encuentra el tesoro. Estas llaves no son otras que nuestras misteriosas llaves, que han aparecido de nuevo en otro capitulo, pero esta vez en el bolsillo del Alcaide en 1960.

Sonny Burnett quiere vengarse de la mujer que lo traicionó, una jóven a la que secuestró, Helen, que consideraba el amor de su vida, pero escapó en 1960 y le robó el dinero de su rescate. Desde ese momento Sonny, alentado por el depudy y sus charlas sobre ser cazador o presa, cambia, convertiéndosese en un preso violento y despiadado, capaz de secuestrar y matar al marido y enterrar viva a la hija de Helen.

Esta es la historia de un hombre inocente que sufre un lavado cerebral que lo convierte en asesino; una inusual transformación que lo llevará del bien al mal. Soto y Madsen lo pondrán tras las rejas cuando comienza a cometer asesinatos del mismo tipo del crimen que falsamente le atribuyeron.

Rebecca, Doc y Hauser inician la búsqueda de uno de los del 63 que regresó más violento que antes. Porter secuestra y asesina a mujeres y usa sus cabellos como cuerdas de su instrumento con el que toca una melodía espeluznante que suena durante todo el episodio.

Rebecca y Doc están cada vez más cerca de encontrar al hombre que podría tener la clave para encontrar a los asesinos reincidentes. Un descubrimiento más allá de las puertas de Alcatraz llevará a Hauser un paso más cerca de la verdad.

Información importante y vidas en peligro son la premisa de este episodio. Mientras, reveladoras claves surgen cuando Rebecca busca sin descanso al hombre que asesinó a su compañero.