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ある殺人事件の現場を訪れた刑事、レベッカ・マドセン。驚くべきことに、現場で検出された指紋が、アルカトラズ刑務所の元囚人で30年以上前に死亡したはずのジャック・シルヴェインのものと一致していた。

カウンティフェアの会場で狙撃事件が発生し、若いカップルと1人の男が殺される。現場に落ちていたカラスの死骸から、1963年にアルカトラズから消えたコブというスナイパーが浮上。レベッカはコブを捕らえるが...。

1人の少年が誘拐され、事件の全容を聞いたドクは戦慄を覚える。誘拐した少年のベッドに菊の花を置いていくという手口が、元アルカトラズの囚人、キット・ネルソンにそっくりだったのだ。ドクはある推理をするが...。

銀行の貸金庫が強奪に遭い、支店長が家畜用の空気銃で殺害されるという事件が発生。ドクは、それがアルカトラズの元囚人、キャル・スウィニーの仕業であると推定し、早速レベッカと共に捜査を開始するが...。

アルカトラズの官舎跡でレンジャーが襲われる。犯人はアルカトラズの元看守、ガイ・ヘイスティングス。彼は、看守だったレベッカの育ての親・レイの教官でもあった。レベッカとドクは、2人の関係を調べるが...。

アルカトラズの時代から、パクストン・ペティという爆弾魔がこの世に蘇る。地雷を仕掛けることで頭がいっぱいのパクストンは、サンフランシスコの人口が密集する地域で次から次へと爆弾を仕掛けていく。

レベッカとハウザーは、元アルカトラズの囚人で化学者だった殺人鬼、ジョニー・マッキーを追う。ジョニーは、恐ろしい化学毒物で多くの市民を殺害していた。2人は彼が毒をまき散らす前に捕らえようとするが...。

アルカトラズ刑務所で最も暴力的だった兄弟、ハーマンとピンキー・エイムズが現在のアルカトラズ島に戻ってくる。彼らは1963年に脱獄を試みたことでも有名だった。レベッカ、ドク、ハウザーは2人を追うが...。

元囚人、サニー・バーネットが現代に蘇る。とてつもなく暗い側面を抱えていたバーネットは、収容されている間に暴力的な性質がさらに過激になった人物。レベッカ、ドク、ハウザーは果敢に立ち向かうが...。

かつて、クレランス・モンゴメリーという料理の腕が立つ黒人がいた。彼は、アルカトラズ刑務所に収容されている囚人の中でたったひとり無実の身だったが、現代に姿を現した彼は罪を犯してしまう。

1963年の知られざる連続殺人鬼、ウェブ・ポーターが現代に現れ、次々と女性を殺害していく。彼の事件の特徴は、殺害現場に必ず音楽が流れていること。それは、時にはポーター自身が奏でるバイオリンだった。

ドクとレベッカは、アルカトラズの秘密を握る男に近づく。多くの犯罪者が現代に姿を現しているのはなぜか、その真実の一端が明らかになろうとしていた。一方、ハウザーはアルカトラズの地下であるものを発見する。

ドクたちが暴こうとしている秘密、ハウザーが発見したアルカトラズの地下のドア、レベッカが捕らえようとしている殺人犯...。一見接点が見いだせないさまざまな出来事が、1人の男の出現でつながろうとしていた。