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Corre el año 2115, en un mundo donde el sistema K.K. Matrix dice el futuro de las personas analizando sus genes, Tohru Kazasumi va a la preparatoria sin demasiadas esperanzas en el futuro debido a su pobre situación económica. A su vez, en este momento hay una serie de desapariciones misteriosas que nadie puede explicar y que Tohru creen que son solo rumores, hasta que le toca en primera persona...

Tras salvarse del ataque de esa persona idéntica a él, Tohru se da cuenta de que está en el Japón del año 2015. Él y Kyoka llegan a un laboratorio donde les explican más en detalle el fenómeno de la Degradación y de la lucha contra versiones de ellos mismos de otro mundo.

Tohru sigue adaptándose al ambiente nuevo y esta vez aprende un poco sobre la niña extraña que vio. Esas apariciones reciben el nombre de Fantasma y no se sabe mucho de ella. Luego, los Timekeepers vuelven a atacar, así que Tohru vuelve a salir a la batalla contra su propio yo.

Todos quedan impactados tras la muerte de Sidune, pero pronto tendrán la oportunidad de vengarse.

Los Timekeepers reciben a los dos Tohru y explican la razón por la que luchan entre sí y el papel que cumplen los Timekeepers.

Los dos Tohru acaban en el mundo distinto al suyo. Mientras uno se infiltra en el laboratorio, el otro habla con Kyoka y conoce más en profundidad el otro mundo.

Tohru sigue aprendiendo la verdad sobre el mundo, los Timekeepers y la degradación.

Tras saber el secreto sobre el Dead End, Tohru y sus amigos afrontan una nueva batalla.

El profesor Odhner de repente ordena una transferencia forzosa y encierra a Tohru. Al parecer, él tiene sus propios planes para el futuro de la humanidad.

Tohru y Kyoka regresan a la base con todos sus compañeros para reagruparse y lanzar un nuevo y definitivo ataque gracias al desubrimiento del método para viajar al siglo XXI.

Empieza otra batalla entre los chicos de ambos mundos, pero esta vez uno de los Tohru propondrá una alianza para acabar definitivamente con los Timekeepers.

Llega la conclusión de la batalla. ¿Podrá Tohru llegar a un futuro donde pueda evitar Dead End?