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En Shahal ciudad del planeta Al Shahal, Hayate Immelman descubre un polizón llamado Freyja Wion en los muelles de embarque. Freyja de polizón a huir de un matrimonio de conveniencia y para una audición para el grupo de ídolos Walküre en el planeta Ragna, pero Hayate le informa que ella está en el planeta equivocado.

Después de haber llegado en el planeta Ragna con Hayate, Freyja se maravilla de la Ciudad de Ragna y la base del vuelo de Delta. Para su consternación se le niega su primera entrada en la audición, pero poco después recibe un "permiso especial" para hacerlo. Mientras tanto, Hayate es reclutado por el Delta del vuelo, que había sido testigo de sus habilidades en la batalla anterior.

Hayate se convierte en un cadete en Delta Vuelo bajo el ala de Mirage y enseña los rudimentos de Valkyrie pilotaje de la manera difícil. Después de semanas de aflojando el ritmo de entrenamiento, que se emite un desafío por Mirage en un simulacro de batalla, donde debe anotar un golpe sobre el Mirage antes del límite de tiempo o será expulsado de la unidad.

Randall en el planeta, llega el momento de primer concierto de Freyja como miembro de Walküre, así como primera salida de Hayate como miembro del Delta del vuelo. Todo funciona bien hasta que los caballeros aéreas atacar de nuevo, mientras que al mismo tiempo, causando un VAR brote masivo.

Tras la declaración de guerra contra el Nuevo Reino Gobierno del Reino Windermere, Delta Vuelo y Walküre se dan nuevas órdenes para defender Ragna de próximos ataques. Cuando los rumores de Freyja siendo una superficie de espionaje Windermerean, ella y Hayate tomar un viaje de placer en su unidad de Siegfried para despejar la cabeza.

El éter se sortied para contrarrestar otra infección Síndrome Var con una escuadra de Nueva Spacy, pero surgen tensiones cuando Mirage está superado en número en una pelea de perros y los caballeros aéreas se acercan a matar Walküre, y Hayate se ve obligado a manchar sus manos de sangre por primera tiempo con el fin de protegerla.

Walküre y el Vuelo Delta realizan una misión encubierta en planeta Voldor para aprender más sobre los planes del enemigo. En la ocasión, exploran ruinas antiguas construidas por la civilización Protocultura, donde descubren la verdad detrás de la proliferación de brotes de síndrome var.

Hayate, Freyja, y Mirage son confrontados por los caballeros aéreas, mientras que Messer y el resto de Walküre hacen un último esfuerzo para rescatarlos. Durante su escape, Walküre y el Vuelo Delta enfrentan los caballeros, una vez más, y Hayate se enfrenta a un piloto as MONJAS infectados por el bien de él volviendo a sus hijos.

Poco después de regresar a Ragna, Hayate se reveló tener receptores de pliegue en su cuerpo, que es por eso que resuena perfectamente con Freyja y es inmune al Síndrome var. Hayate y Mirage enfrentan Messer sobre su infección por el Síndrome de Var, antes de descubrir accidentalmente una canción grabada por Kaname.

Debido a su infección, Messer se alivia del Vuelo Delta y reasignado a trabajar como instructor, pero no antes de mostrar su agradecimiento a Kaname. Mientras tanto, los Windermereans aprender a utilizar el poder de las ruinas a su favor y lanzar un ataque en el planeta Al Shahal. Walküre y el vuelo de Delta se enfrentan a una dura batalla contra los caballeros allí aéreo cuando Messer vuelve a ayudarlos.

Como Walküre y el vuelo de Delta presentan sus respetos a los caídos Messer, Arad y Kaname descubrir el patrón de entre las ruinas de Protocultura que potencialmente podrían traer los ocho mil millones de habitantes del Cluster BRISINGR bajo control del síndrome de Var.

Al Shahal ha caído al Windermere Unido y todas las fuerzas restantes aún leales a la Nueva Gobierno de Estados reunirán el Ragna, que es su última línea de defensa. Sabiendo que el plan de los Windermereans' sólo puede trabajar con toda la Protocultura arruina operativa, el Gobierno hace los preparativos para destruir las ruinas de Ragna, a pesar de las posibles consecuencias para el medio ambiente del planeta.

Al igual que el Macross Elysion entra en órbita de Al Shahal, el Sigur Berrentz dobla justo en frente de la flota de defensa completo MONJAS dentro de Ragna, pero no antes de las Macross Elysion daños su sistema de ondas de sonido. La lucha caballeros aéreas para defender su buque insignia hasta que el sistema está de nuevo en línea. Justo cuando el Sigur Berrentz asoma cerca de la ciudad de Barrett, las monjas detonar una bomba reactiva dentro de las ruinas de Protocultura.

Con todo el clúster BRISINGR bajo control Windermerean, el Macross Elysion y los ciudadanos supervivientes de Ragna se convierten en refugiados espacio como sistemas de soporte de vida de la isla están al borde del fracaso y el caos es bajo en armamento y fondos para organizar un nuevo ataque.

La fuerza de ataque de retorno Windermerean a su planeta de origen para enterrar Grammier y celebrar la coronación de Heinz como el nuevo rey. El reino transmite la ceremonia en todas las redes galácticos, con Roid declarando que van a expandirse por toda la galaxia y aplastar el Nuevo Reino Gobierno como los legítimos herederos Protocultura.

A bordo de la isla, Makina y Chuck planean una fiesta sorpresa para 15 cumpleaños de Freyja. Hayate y Mirage ir a comprar un regalo, mientras Makina, Reina, y Chuck espiarlos. En la noche de la fiesta, Freyja da un discurso sobre su infancia en Windermere y lo que hizo para convertirse en un miembro de Walküre antes Hayate llega con su regalo a ella.

El primer acto caos para volver a tomar el Cluster BRISINGR del Windermere Unido es volver al planeta Voldor y de infiltrarse en las ruinas de Protocultura para conseguir que reaccionan a las canciones de Walküre antes de recoger los datos.

Delta Vuelo y Walküre llegan en el planeta Voldor, cuyo clima ha cambiado desde sus ruinas Protoculture había aumentado desde el subsuelo. Sin embargo, los caballeros aéreas llegan dentro de la órbita del planeta como medida de seguridad.

Hayate y Mikumo son todavía inconsciente después de los acontecimientos de la última batalla que resultó en la destrucción de las ruinas en Voldor y la liberación de su población. Berger Piedra se acerca a los miembros del Caos y a pesar de trabajar con los Windermereans, afirma que él es un contratista independiente, al igual que ellos, y discutir con ellos algunas de sus teorías.

Freyja se llama a lo largo de Hayate para un experimento para medir los efectos de su canto en su cuerpo, pero preocupado por su bienestar, ella se encuentra incapaz de cantar. Mientras tanto, en Windermere, Keith está en duda en cuanto a las verdaderas intenciones de Roid y pide a sus compañeros de escuadra, los gemelos Theo y Xao Jussila, por un favor.

El Reino de Windermere transmite ondas Delta a través del canto de Heinz a Al Shahal, el envío de un 85% de la población del planeta en un estado comatoso. Mientras estaba en prisión, Kaname, Makina, y Reina recuerdan la primera vez que se unieron Walküre antes de ser finalmente puestos en libertad para su próxima misión.

Mientras que el Macross Elysion conduce un ataque para llamar la atención de los caballeros aéreas, Walküre y el Vuelo Delta comienzan su operación para infiltrarse en Windermere y destruir el dispositivo que controla las ruinas de Protocultura para poner fin a la guerra.

Tras el accidente de su lanzadera, Mikumo, Makina, y Reina se esconden en el bosque para evitar ser detectados por las fuerzas Windermerean. Freyja conduce Hayate y Mirage a su pueblo mientras Arad y Kaname entran en una guarnición MONJAS abandonado.

Hayate, Freyja, y Mirage son llevados a juicio delante de Heinz y condenados a ser ejecutados. Mikumo es llevado al lugar sagrado por Roid, como él la ve como la reencarnación de la antigua estrella Singer. Mientras tanto, Berger cuela Arad, Kaname, Makina, y Reina a de Wright Immelmann VF-22 Sturmvogel II en el castillo, revelando que la embarcación está en pleno funcionamiento.

El caos no ha logrado destruir el centro de la Protocultura y han perdido Mikumo al Reino de Windermere, pero recuperar el registrador de vuelo de Wright VF-22, revelando que era un espía, pero que se había desviado de su misión de destruir las ruinas de Protocultura de la capital ; en cambio, trató de lanzar la bomba dimensiones en otro lugar para mantener las bajas al mínimo.

Con la flota MONJAS aniquilada por sus propias armas, la batalla final en Ragna es ahora sólo entre el caos y los Windermereans. Al ver la carga de asumir la muerte de incontables vidas, Heinz reflexiona sobre la negociación de las conversaciones de paz con las monjas mientras Roid prepara Mikumo en el templo de la estrella.