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在行星艾尔·沙哈尔的港口打工中的少年疾风，与潜入集装箱偷渡过来的少女芙蕾雅相遇。据说她为了接受战术音乐组合“Walküre”的试音选拔，千里迢迢从故乡的行星飞过来。

多亏了Δ小队与Walküre的活跃，暴动被镇压。袭击艾尔·沙哈尔的谜之可变战斗机部队撤退了。下定新的决心的芙蕾雅，为了接受Walküre的最终试音，与疾风一同来到了拉格纳行星的会场，但——

反对疾风入队Δ小队的米拉吉，被任命为疾风的训练教官。但是，疾风对米拉吉所说的完全听不进去，在飞行技巧以外的训练时偷懒，自由随意地去追逐海猫。等得不耐烦的米拉吉——

芙蕾雅加入Walküre正式出道，决定在行星兰道尔举行疫苗演唱会。面临第一次的演唱会，芙蕾雅坐立不安。正式演出就要到来，“你是抱着什么想法去唱歌的？”被美云这样问的芙蕾雅——

靠传说中的“风之歌手”的力量，自由操纵Var感染者的空中骑士团的气势是压倒性的，瞬间将两颗行星攻陷了。然而芙蕾雅也被怀疑是否为敌人的间谍，不过她比任何时候都要坚强地打起精神。只是，这勉强的举动让谁也无法清除心中的疑惑——

在Var化被操纵的士兵们面前，凯厄斯和新统合军都被逐步压制着。在实战中不击中驾驶舱而净是击中敌机的机翼的疾风，被梅瑟严厉的指责道，“抱着那种甜美的想法会丧命的”。

疾风一行人Δ小队和Walküre，为了调查在温德米尔的占领下发生了什么事，尝试潜入行星博尔多进行调查。借住蕾娜的黑客穿过绝对防御网的监视网络，在降落之前看到的东西是——？

空中骑士团的身体能力太强，疾风和米拉吉完全敌不过。疾风想要保护芙蕾雅，但是却被敌人打得体无完肤。在芙蕾雅悲痛的呼喊下，博格等人搬出了温德米尔的大义。

知道梅瑟到现在为止一直与伴随着的恐怖战斗着，疾风和米拉吉无法掩饰困惑。知道秘密的人，两人的距离便自然而然地逐渐靠近着。芙蕾雅看到了那样的疾风和米拉吉的样子，开始心神不定起来。

正值拉格纳星一年一度热闹的水母祭。Δ小队和Walküre，也都忘了战争的紧张，享受这短暂的时光。据说在水母祭的夜晚，于水母之下，为爱发誓的恋人将永远在一起。

在白骑士吉斯的正确无比的攻击下，Δ小队受到的伤痕非常深，大家各自都无法掩饰受到的打击。那个时候，在温德米尔，通过艾普西隆财团的贝加的协助，普罗多文明的遗产阐明正稳步前进。

温德米尔发掘的普罗多文明的古代战舰“西居尔・瓦伦斯”复苏了。由于其力量十分巨大，新统合军的宇宙舰队瞬间沉默了。行星拉格纳也成为了其目标，于是凯厄斯从各支部集合军力对抗。

格拉米亚王亲自率领温德米尔的旗舰Sigur Valens，迫近行星拉格纳。追逐梦想而从乡下飞出来的芙蕾雅，被托付为Δ小队的副官的米拉洁，还有在飞行中开始感到生存意义的疾风，在保卫第二个故乡拉格纳的战争中，他们紧握着的东西是……

宇宙战舰发生了纷争。就这样下去，电力和氧气的供给即将结束。被卷进能源回路的爆炸，只剩下两人的疾风和米拉吉，赶赴发生问题的区块进行修理，但——

继承已故的格拉米亚的踪迹，海因茨·涅里希·温德米尔成为了新的王。温德米尔的历史，自古流传着“风之歌手”就任宝座，已经是约150年前的事情了。为了确立制风圏，取回温德米尔之空的现在，海因茨到底会想出什么——

後天就是芙蕾雅的15岁生日。为芙蕾雅鼓舞一下，在玛基娜的主意下，决定开一个惊喜派对。但是，疾风要选什么作生日礼物好呢，完全没有计划。看不下去的米拉洁只好跟他一同去买礼物，但……

“普罗多文明系统”，正是打乱温德米尔的制风圏的线索。但是，为了那个解析，潜入严格警备的有遗迹的行星，必须用Walküre的歌声来让系统启动。到底凯厄斯的秘策是……？

空中骑士团赶赴执行原始文化系统启动实验的防卫任务。尽管战略上必要，对不被明确揭露目的的实验，空中骑士团的卡西姆却抱有不祥的预感。在降落的地方，出现在他眼前的人是——

从凯厄斯本部派遣来的医疗队伍，把美云隔离到医疗船中，阿拉德等人没有办法。在那样的他们面前，某个人的身姿出现。被解明的“歌”之力，那不只是瓦尔症候群，还要追溯到遥远的时代——

疾风的感觉扩张，只要走错一步，就会有瓦尔化的可能性和邻加的危险。为了分析，开始进行芙蕾雅的歌和疾风的共鸣实验。另一方面，玛基娜和蕾娜担心一直被隔离的美云，两人想发起什么行动——

阿尔·沙哈尔响起了风之歌，大部分市民陷入了昏睡状态。那时，因为侵入医疗船而被捕的要、蕾娜、玛基娜三人，回忆起了战术音乐组合“Walküre”的轨迹。从组成到出道，然后等待她们的未来是——

为了穿越包围温德米尔的次元断层，Elysion实施集中突破的反攻作战。这次的舞台，是曾经阿拉德和要他们与梅萨相遇的行星亚尔夫海姆。作战之前，米拉洁做出一个决定向阿拉德队长进言。

从行星亚尔夫海姆穿过折跃门，Δ小队和Walküre她们终于降落到温德米尔的地盘。为了用以战术LIVE产生的共鸣反应破坏原始文明系统，目标向温德米尔的王都达文特进发——

疾风、芙蕾雅、米拉吉被空中骑士团逮捕并带往去往达文特。三人的简式审判在海因茨·涅里希·温德米尔王的御前开庭。在审判之中，海因茨问起芙蕾雅唱歌的理由——

自古流传的普罗多文明的巫女“星之歌者”觉醒，温德米尔的全银河支配的危机逼近眼前。如果温德米尔到达拉格纳出现的星之神殿的话，人类会被“星之歌”吸进巨大生物网络中——

王牌的次元兵器反被取下，新统合军第47特派舰队被毁灭。堵上人类的命运与温德米尔决战的去向，被托付在Δ小队和Walküre的身上。开始执行“诸神之黄昏”，命悬一线的LIVE现在开始——