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Cercando di sfuggire ai confini di un matrimonio combinato sul suo pianeta natale, Freyja Wion si imbarca clandestinamente su una nave mercantile, sperando di seguire i suoi sogni e fare un'audizione per la Walkure Tactical Music Unit. Viene scoperta da Hayate Immelmann, un giovane lavoratore portuale e vagabondo senza sogni particolari. Dopo lo scoppio della mortale sindrome di Var, l'Unità Walkure appare sulla scena e il potere della musica di Freyja viene risvegliato.

All’indomani dell’epidemia della sindrome del Var su Al Shahal, si presentano nuove opportunità per Freyja e Hayate. Si dirigono verso il pianeta Ragna dove Freyja fa un'audizione per diventare il nuovo membro dei Walkure e Hayate riceve un'offerta intrigante da Delta Flight.

Mirage viene incaricato di addestrare Hayate, che è diventata la nuova recluta per Delta Flight. Freyja continua la sua formazione Walküre. Mentre Hayate e Freyja affrontano le rispettive iniziazioni, scoprono presto di essere più forti insieme che separati.

Ad un concerto sul vicino pianeta Randall, Freyja fa il suo debutto ufficiale come nuovo membro dei Walküre. Gli Aerial Knights di Windermere interrompono i festeggiamenti e rendono finalmente note le loro vere intenzioni.

In seguito alla dichiarazione di guerra del Regno di Windermere al Nuovo Governo Unito, Delta Flight e Walküre ricevono nuovi ordini di difendere Ragna dai prossimi attacchi. Quando emergono voci secondo cui Freyja è una spia Windermeriana, lei e Hayate fanno un giro nella sua unità Siegfried per schiarirsi le idee.

Hayate e Freyja continuano a essere messi alla prova mentre inizia la guerra con il Regno di Windermere. Mikumo sfida Freyja a trovare ciò per cui sta combattendo, mentre Messer critica duramente sia Mirage che Hayate sperando di rafforzare la loro determinazione per la guerra a venire. Quando gli Aerial Knights attaccano, Hayate si trova in una situazione impossibile ed è costretto a prendere una decisione che cambierà la sua vita per sempre.

Walküre e Delta Flight si infiltrano nel pianeta Voldor, che è stato occupato dagli Aerial Knights del Regno di Windermere. Viene rivelata la fonte dietro l’aumento dei focolai di sindrome Var.

Hayate, Freyja e Mirage sono stati catturati dagli Aerial Knights e tocca al resto di Walküre e Delta Flight organizzare un audace salvataggio. Freyja e Hayate scoprono cosa succede quando sono veramente sincronizzati. Nel frattempo, Messer deve fare i conti con il peggioramento delle sue condizioni.

L'entità delle condizioni di Messer viene finalmente rivelata. Gli Aerial Knights si muovono su Ragna mentre la maggior parte degli squadroni dell'Elysion sono di pattuglia e un Messer indebolito deve combattere la sua malattia per proteggere gli altri. Nel frattempo, cominciano a circolare voci su una storia d'amore in fiore tra Hayate e Mirage.

Al Festival delle Meduse a Ragna, Messer saluta, rivelando di essere stato riassegnato come istruttore di addestramento a causa del suo peggioramento delle condizioni. Nel frattempo, i Windermearan hanno sviluppato un nuovo sistema per amplificare la canzone dei fiati del principe Heinz. Gli Aerial Knights lanciano un attacco a sorpresa e Var Outbreak su Al-Shahal per testare il nuovo sistema. La squadra Delta deve proteggere Al-Shahal dall'attacco dei Cavalieri anche se manca loro un uomo...

Delta Flight e Walküre si prendono una pausa per piangere la perdita di uno di loro. Il grande piano dei Windermereani viene rivelato e messo in moto.

I Windermerani e i Sigur Berrentz passano all'offensiva e lanciano un attacco alle forze delle NUNS. Alla Macross Elysion viene ordinato di lasciare la sua postazione su Ragna e di affrontare la minaccia Windermerean nello spazio. Mirage riceve notizie sorprendenti dal maggiore Arad sul suo status nel volo Delta.

L'attacco dei Windermereani continua e il destino degli abitanti del pianeta Ragna è in bilico.

All'indomani della battaglia per Ragna, gli sfollati di Ragnan si adattano alla vita nello spazio. Quando una camera di equilibrio esplode, l'intera squadra deve lavorare insieme per trovare una soluzione.

Il principe Heinz viene incoronato nuovo re di Windermere. Roid rivela il grande piano di Re Grammier per espandere il regno di Windermere in tutta la galassia.

Makina e il resto del gruppo decidono di organizzare una festa a sorpresa per Freyja per il suo quindicesimo compleanno. Hayate ha difficoltà a trovare un regalo di compleanno e chiede aiuto a Mirage.

Delta Flight e Walkure escogitano un piano per interrompere il controllo mentale di Windermeran nell'ammasso Brisingr, utilizzando uno speciale concerto di Walkure come distrazione. Hayate scopre la scioccante verità su suo padre.

Delta Flight e Walküre si infiltrano ancora una volta in Voldor, questa volta per testare la reazione delle rovine della Protocultura alla musica dal vivo di Walküre. Freyja e Hayate incontrano il nemico faccia a faccia e rimangono sorpresi da ciò che trovano. Mikumo mette alla prova i suoi limiti con risultati potenzialmente disastrosi.

Mentre Mikumo e Hayate si stanno riprendendo dall'infiltrazione su Voldor, Berger Stone del Gruppo Epsilon incontra Delta Flight e Walküre e rivela come sono collegati il ​​potere del canto e la sindrome di Var.

La risonanza delle pieghe di Hayate e Freyja viene messa alla prova. Quando entrambi si scoraggiano, Mirage interviene per sistemare le cose. Keith inizia a sospettare le vere intenzioni di Roid. Makina, Reina e Kaname cercano risposte su Mikumo.

Keith scopre che il Windsong amplificato sta cominciando a farsi sentire su King Heinz. Mentre Kaname, Makina e Reina attendono il loro destino, ricordano i primi giorni di Walküre.

Xaos passa all'offensiva e porta avanti il suo piano per invadere Windermere. Freyja e Hayate tornano in servizio attivo, sotto ordini speciali del maggiore Arad, lasciando Mirage responsabile per loro due. Keith e Heinz chiariscono l'aria. Cassim cavalca il vento.

Delta Flight e Walküre atterrano finalmente su Windermere, in missione per distruggere il sistema di protocultura con uno spettacolo tattico dal vivo. I loro piani vanno male quando gli Aerial Knights scoprono la loro presenza e si muovono per intercettarli. Nel frattempo, Roid ha in programma cose più grandi per Mikumo.

Hayate, Freyja e Mirage sono stati catturati e processati per ordine di re Heinz. Nel frattempo, il comandante Arad e il resto di Walküre pianificano il salvataggio.

Il piano finale di Windermere prende il via e viene rivelato il piano definitivo per il Cantante delle Stelle. Xaos viene richiamato a Ragna per prepararsi allo scontro finale contro Windermere.

Roid tenta di controllare il Cantante delle Stelle mentre lo scontro finale contro gli Aerial Knights ha luogo alle Rovine della Protocultura su Ragna.