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Después de recoger Inocencia, Allen y los otros exorcistas se dirigen al nuevo cuartel general de la Orden Negra, donde el director Lvellie y el maestro de Allen, Cross Marian, esperan la llegada de Allen.

Allen y los demás son enviados a París para investigar a Phantom Thief G, quien se cree que tiene algo que ver con la Inocencia. Una vez allí, encuentran al ladrón, a quien descubren que también está siendo buscado por otra parte.

Mientras Allen, Kanda y Marie luchan contra AKUMA dentro del Orfanato de Hearst, Timothy se despierta como un nuevo acomodador de inocencia. Mientras tanto, Reever y los demás intentan entrar al edificio, pero se ven obstaculizados por una barrera envolvente.

Tanto Lenalee como Kanda notan breves cambios en la personalidad de Allen desde su última pelea. De vuelta en la Orden, se revela que el Exorcista que salvó a Timothy es un "Tercer Exorcista" creado por la rama norteamericana utilizando el huevo Akuma y los Generales de la Orden Negra previamente destruidos. Mientras tanto, el Conde reúne a todos los Noah para atacar las ramas de la Orden Negra junto a Akuma. Allen se alía con los Terceros Exorcistas, pero estos últimos son atacados por tres Noah. Mientras tanto, Kanda es derribado por Noah Wisely, quien afirma que necesita los recuerdos de Alma Karma.

Algunos miembros del personal de la Orden Negra son llevados a la Rama de América del Norte para observar a Alma Karma, el cuerpo padre de los Terceros apóstoles. Sin embargo, durante la reunión, la rama es atacada y queda bajo el control del clan Noah.

El Millennium Earl, junto con algunos miembros de Noah, visita la sucursal norteamericana de la Orden Negra, donde Alma Karma ha estado durmiendo. Para despertarlo, Wisely usa el cerebro de Yuu, que termina arrastrando a Allen a sus recuerdos.

Mientras está en los recuerdos de Yuu, Allen ve lo que la Orden Negra estaba haciendo con Yuu y Alma Karma en el nombre del Segundo Plan Exorcista hace nueve años, y cómo Yuu terminó matando a Alma Karma.

Cuando Alma Karma finalmente se despierta, las células de Alma que fueron implantadas en los Terceros Exorcistas comienzan a salirse de control. Cuando la situación se vuelve desesperada, el Earl del Milenio hace una oferta a Allen.

Después de que se cancela la barrera Hekiji colocada en la rama norteamericana, Allen ve el alma de Alma Karma, quien se convirtió en Akuma, y ​​se entera de por qué Alma ha estado tratando de matar a Kanda.

Allen está confinado por desobedecer las órdenes del director Lvellie. Como él no come nada, ya que teme que la comida posiblemente contenga el suero de la verdad, Link se preocupa y le trae algo de comida. Luego reciben a un visitante en la celda de Allen.

Link intenta detener al Cardenal cuando ataca a Allen, pero es fácilmente sometido. Allen ataca al Cardenal con su Inocencia, pero descubre que él no es un ser humano, así como la persona que disparó fatalmente a Cross Marian. Tyki, Road y los Terceros Exorcistas llegan bajo órdenes del Conde para salvar a Allen. Tyki revela que el Cardenal es en realidad Apócrifos, una inocente sensación que existe únicamente para proteger el Corazón, que el Noé ha estado buscando durante 7000 años. Apocryphos revela que se fusionará con Allen para salvarlo del 14, y se produce una feroz batalla entre él y Tyki. Mientras tanto, los exorcistas y los científicos piden a Rouvelier y Komui Lee que liberen a Allen, pero sin éxito. Mientras Apocryphos abruma a Allen y a los dos Noah, Link libera a Timcanpy y explota un agujero en el muro de la prisión para que Allen pueda escapar. El Papa revoca los derechos de Allen como Exorcista y Komui ordena a todos los Exorcistas que capturen a Allen. Lenalee se niega a creer que Allen los haya traicionado y lo persigue.

Mientras Allen y el Noah escapan de Apócrifos, Tyki le pregunta a Allen que la Orden sigue siendo su afiliación debido al hecho de que comenzaron a tratarlo como un Noah. Los Exorcistas intentan alcanzar a Allen pero están acorralados por varios Akuma y los Terceros Exorcistas. El ataque anterior de Apócrifos a Allen hace que se conecten cuando activa su Inocencia. Sin embargo, Allen todavía decide que quiere permanecer como exorcista, lo que hace que Tyki se vaya. La carretera desaparece poco después, dejando a Allen con un Timcampy ahora más pequeño. Cuando Allen decide abandonar el recinto de la Orden utilizando su Arca de Noé, Lenalee se le acerca y le dice que se convertirán en enemigos si se va. Sin embargo, Allen dice que permanecerá como exorcista después de abrazarla y se va.

Hace muchos años, Cross Marian llevó a un joven Allen a un cuidador cuando cayó en un trauma después de intentar revivir a su guardián Mana y convertir a Mana en un Akuma. Cuando Cross se hizo cargo de Allen, Allen se recupera pero comienza a comportarse como Mana. En la actualidad, después de abandonar la Orden, Allen regresa con su cuidador. Sheril continúa torturando a Lavi para saber la verdad detrás del pasado de Road y su relación con Nea. Al mismo tiempo, Kanda regresa a la Orden para hacer las paces con el moribundo Zu, el científico que lanzó el Segundo Proyecto Exorcista. Al sincronizar con su Inocencia, se convierte en una forma cristalizada. Más tarde, Kanda le revela a Marie y Lenalee que él solo regresó para Allen como una auto-redención para despertar el día 14. En otra parte, Allen comienza a pelear con Akuma que reacciona a su transformación en Nea. Cuando Allen comienza a transformarse de nuevo, recuerda las palabras de aliento de Mana y Cross, que le permiten recuperar su cuerpo.