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Après avoir récupéré l’Innocence, Allen et les autres Exorcistes se dirigent vers le nouveau quartier général de la Congrégation de l’Ombre, où le directeur Lvellie et le maître d’Allen, Cross Marian, attendent son arrivée.

Envoyés à Paris pour enquêter sur le voleur fantôme G, lié à l’Innocence, Allen et ses compagnons découvrent que celui-ci est aussi recherché par un autre groupe.

Alors qu’Allen, Kanda et Marie affrontent des Akuma à l’orphelinat Hearst, Timothy s’éveille comme nouveau compatible avec l’Innocence. Pendant ce temps, Reever et les autres tentent d’entrer, mais sont bloqués par une barrière.

Allen montre de légers changements depuis son dernier combat. À la Congrégation, on révèle que l’Exorciste ayant sauvé Timothy est un "Troisième Exorciste". Tandis que le Comte Millénaire lance une attaque avec les Noah, Allen et ses alliés sont pris pour cible par trois d’entre eux, et Kanda est vaincu par Wisely, qui cherche les souvenirs d’Alma Karma.

Invités à la branche nord-américaine pour observer Alma Karma, origine des Troisièmes Exorcistes, des membres de la Congrégation sont surpris par une attaque des Noah, qui prennent le contrôle des lieux.

Le Comte Millénaire et plusieurs Noah se rendent à la branche nord-américaine, où dort Alma Karma. Pour l’éveiller, Wisely utilise le cerveau de Yuu, entraînant Allen dans ses souvenirs.

Plongé dans les souvenirs de Yuu, Allen découvre les expériences menées sur lui et Alma Karma dans le cadre du Plan du Second Exorciste, et comment Yuu a fini par tuer Alma, neuf ans plus tôt.

À l’éveil d’Alma Karma, les cellules Alma implantées dans les Troisièmes Exorcistes se détraquent. Alors que tout semble perdu, le Comte Millénaire fait une proposition à Allen.

Après la levée de la barrière d’Hekiji, Allen rencontre l’âme d’Alma Karma, devenu un Akuma, et découvre les raisons pour lesquelles Alma cherche à tuer Kanda.

Allen est confiné pour avoir désobéi au directeur Lvellie. Refusant de manger, de peur que la nourriture contienne un sérum de vérité, Link s’inquiète et lui apporte de la nourriture. Bientôt, un visiteur arrive dans la cellule d’Allen.

Link tente de protéger Allen contre le Cardinal, mais échoue. Allen découvre que le Cardinal est en fait Apocryphos, une Innocence consciente protégeant le Cœur, recherché depuis 7000 ans. Apocryphos fusionne avec Allen pour le sauver, déclenchant un combat avec Tyki. Malgré les efforts pour libérer Allen, c’est Link qui crée une brèche pour permettre sa fuite. Le Pape retire à Allen son statut d’Exorciste, ordonnant sa capture. Lenalee refuse d’y croire et part à sa poursuite.

Fuyant Apocryphos, Allen est mis en doute par Tyki sur son appartenance à l’Ordre. Malgré les attaques des Akuma et Troisièmes Exorcistes, Allen affirme vouloir rester Exorciste. Après un adieu émouvant avec Lenalee, il quitte le complexe à bord de l’Arche de Noah.

Autrefois traumatisé, Allen est soigné par Cross et un gardien, mais commence à agir comme Mana. Après avoir quitté l’Ordre, il y revient puis affronte ses transformations grâce au soutien de Mana et Cross. Pendant ce temps, Kanda cherche la rédemption en revenant auprès de ses proches, tandis que Sheril torture Lavi pour découvrir le passé de Road.