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Adso, un joven soldado alemán que desea hacer sus votos, conoce a William de Baskerville, un monje franciscano culto e inteligente, y decide seguirlo. Los dos se dirigen a una abadía benedictina en los Alpes, famosa por su biblioteca, donde tendrá lugar una disputa sobre el papel de la Iglesia y su riqueza. En su destino, William y Adso descubren que la abadía está en plena conmoción tras la muerte de Adelmo, el miniaturista del scriptorium: ¿es asesinato o suicidio?

Por orden del abad Abbone, y mientras la muerte continúa alterando la vida de la abadía, William les pide a los monjes que traten de arrojar luz sobre los hechos y todos los rastros conducen directamente a la biblioteca, una especie de laberinto inaccesible del cual solo El bibliotecario conoce los secretos. Mientras tanto, el brutal inquisidor Bernardo Gui, dirigido a la abadía con su escolta armada, realiza una masacre sangrienta en un refugio de herejes Dolciniani, exterminando a la familia de Anna, hija de Dolcino y Margherita.

Adso fue víctima de una droga: uno de los muchos trucos utilizados para detener las visitas no deseadas a la biblioteca. Y, mientras William continúa sus investigaciones, el novato no puede resistir el encanto de la chica pelirroja y huye nuevamente para encontrarse con ella. El inquisidor Bernardo Gui está cada vez más obsesionado con el recuerdo de Margherita y su juicio, justo cuando Anna intenta matarlo.

La autopsia en el cuerpo de Berengario revela que el monje murió ahogado, pero William descubre extraños puntos negros en sus dedos y lengua, similares a los que se ven en el cadáver de Venantius. Durante la noche, Baskerville y Adso logran ingresar nuevamente a la biblioteca, en busca del "Finis Africae" mencionado en el código del miniaturista muerto: ¿es quizás la habitación donde se esconde la clave de los crímenes?

En el bosque, la niña occitana encuentra a Anna herida, inconsciente y afectuosa, restaurando su fuerza. Mientras tanto, en la abadía, el clima entre las dos delegaciones es cada vez más hostil y cauteloso. Informado de lo que está sucediendo, Bernardo Gui comienza a investigar a Remigio, seguro de que ya lo conoció en el pasado. Así comienza la disputa sobre las riquezas de la Iglesia, con los franciscanos teniendo una clara sospecha de que el Papa está conspirando para declarar herética su doctrina.

Anna, gracias a la niebla, se viste de niño y logra infiltrarse en la abadía. La mujer está buscando a Remigio para pedirle que le devuelva las cartas que Dolcino le había dado antes de ser arrestado y asesinado. Pero las cartas han desaparecido y probablemente terminaron en las manos equivocadas. Severino, el monje herbolario, le dice a Guglielmo que encontró un libro extraño en su laboratorio: ¿son los recuerdos de Dolcino o algo más?

El arresto y el juicio de Remigio ayudan a Bernardo Gui a hacer que la disputa fracase e involucrar a los franciscanos en el cargo de herejía. El inquisidor somete al cellarer a un duro interrogatorio que obliga al monje a confirmar todas las acusaciones que se hacen contra él. Mientras tanto, Malachi logró poner sus manos en el libro perdido y traerlo de vuelta a la biblioteca.

La muerte de Malaquías muestra a todos que las investigaciones realizadas por Bernardo Gui no han servido para desentrañar los misterios que rodean la abadía. Adso no se da paz por el destino de la niña y le pide a William que haga todo lo posible por ayudarla. Baskerville decide hablar con el inquisidor, quien inicialmente parece estar escuchándolo pero en realidad ya ha tomado una decisión. Después de una dura confrontación con el abad, el monje inglés no tiene más remedio que resolver el enigma del "Finis Africae".