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Adso, um jovem soldado alemão que deseja fazer seus votos, conhece William de Baskerville, um monge franciscano culto e inteligente, e decide segui-lo. Os dois se dirigem a uma Abadia Beneditina nos Alpes, famosa por sua biblioteca, onde haverá uma disputa sobre o papel da Igreja e sua riqueza. No seu destino, William e Adso descobrem que a abadia está em plena comoção após a morte de Adelmo, o miniaturista do scriptorium: será assassinato ou suicídio?

Por ordem do Abade Abbone, e enquanto a morte continua a perturbar a vida da abadia, Guilherme pede aos monges para tentar esclarecer os fatos e todos os vestígios levam diretamente à biblioteca, uma espécie de labirinto inacessível do qual só bibliotecário conhece os segredos. Enquanto isso, o brutal inquisidor Bernardo Gui, dirigido à abadia com sua escolta armada, realiza um massacre sangrento em um refúgio de hereges Dolciniani, exterminando a família de Anna, filha de Dolcino e Margherita.

William e Adso conseguem escapar da biblioteca e começam a decifrar a mensagem de Venanzio, suspeitando de uma conexão con Dolcino.

A ansiedade de todos aumenta ao passo que procuram pelo desaparecido Berengar. Remigio compartilha suas suspeitas sobre Benno com William, mencionando a conexão dele com Berengar e Venanzio.

Com ambos os grupos finalmente presentes no monastério, a reunião está pronta para começar. William e Adso se infiltram na biblioteca novamente.

A segunda sessão da reunião está prestes a começar quando outro cadáver é descoberto.

Depois de uma intensa caça às bruxas e um julgamento, Bernardo está convencido de que encontrou o assassino. Apesar disso, a morte de outro monge pode mostrar que ele está errado.

Com o assassino ainda em liberdade e o debate chegando ao final, William e Adso estão correndo contra o tempo para encontrar o verdadeiro culpado.