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Ritsuka et Mash ont utilisé le Rayshift pour se rendre vers la septième singularité, qui est la ville antique d'Uruk en l'an 2655 av. J.-C.. Cependant, ils finissent par atterrir loin d'Uruk car la ville est protégée par un champ de protection. Ils combattent de nombreuses bêtes démoniaques et sont brièvement assistés par une femme mystérieuse et puissante avant qu'elle ne parte. Enkidu arrive alors pour assister Ritsuka et Mash et les guider vers Uruk. Enkidu révèle qu'il connaît déjà leur mission de réparer l'histoire en récupérant le septième Saint Graal de la singularité, et explique que la Mésopotamie est sur le point de disparaître à cause de l'Alliance des Trois Déesses, qui cherche à détruire l'humanité. Il leur montre ensuite un mur gigantesque que l'humanité a construit pour protéger ce qui reste de la civilisation humaine : le Front démoniaque absolu, Babylone. Pendant ce temps, deux personnages encapuchonnés dans les bois remarquent l'arrivée de Ritsuka.

Alors qu'Enkidu mène Ritsuka et Mash à Uruk, ils rencontrent des étrangers encapuchonnés, qui soulignent que, depuis que Gilgamesh est rentré de sa quête pour tenter de faire revivre Enkidu, cela signifie qu'Enkidu devrait déjà être mort, qualifiant l'actuel Enkidu d'imposteur travaillant pour le Roi des mages. Avec sa couverture tombée à l'eau, Enkidu tente d'attaquer Ritsuka et Mash, mais ils sont mis à l'abri par les mystérieux personnages. Les étrangers se présentent sous le nom de Merlin et Ana, deux Servants invoqués dans la Singularité pour se battre pour Uruk et assister Chaldea. Il est également révélé que Fou connaît Merlin et qu'il ne l'aime pas beaucoup. Merlin guide Ritsuka et Mash à Uruk pour rencontrer le roi Gilgamesh. Afin de tester Ritsuka et Mash, Gilgamesh les met au défi.

Mash et Ana sont obligées de se battre contre Gilgamesh, mais il n'est pas impressionné. Il révèle qu'il possède déjà le Saint Graal, raison pour laquelle l'Alliance des Trois Déesses a déclaré la guerre à Uruk. Cependant, il refuse de remettre le Graal à Ritsuka, affirmant qu'il s'agit maintenant de son trésor. Soudainement, la femme que Ritsuka a rencontrée auparavant fait irruption dans la salle du trône, qui se révèle être Ishtar, l'une des membres de l'Alliance des Trois Déesse. Ishtar se bat brièvement contre Gilgamesh, Mash et Ana, mais se retire après avoir remarqué quelque chose d'étrange à propos d'Ana. Gilgamesh autorise Ritsuka et Mash à rester à Uruk, en chargeant sa conseillère Siduri de les prendre en charge et en leur donnant la possibilité de travailler pour gagner sa faveur. Ils sont ensuite accueillis par les autres Servants que Gilgamesh avait invoqués : Ushiwakamaru, Benkei et Léonidas. Ritsuka et Mash sont ensuite chargés d'exécuter de nombreuses tâches banales. Ils ont finalement un jour de congé où ils aident Ana à détruire les mauvais esprits qui se cachent sous la ville. En attendant, Enkidu assure à sa mère qu'elle sera la déesse qui détruira Uruk et s'emparera du Graal.

Après qu'ils ont passé un mois à accomplir de petites tâches, Gilgamesh confie à Ritsuka et Mash l'enquête sur la ville voisine d'Ur. Ils se rendent là-bas avec Merlin et Ana, où Ritsuka et Merlin soupçonnent que le Graal en la possession de Gilgamesh n'est pas la cause de la septième singularité. Ils ont ensuite une brève et déroutante rencontre avec une femme qui s'appelle « Jaguar Warrior » avant de disparaître. En arrivant à Ur, les résidents déclarent qu'ils ne sont pas en danger et qu'ils n'ont pas besoin de la protection de Gilgamesh. Merlin en déduit que le peuple d'Ur avait passé un accord avec une divinité pour le protéger en échange de sacrifices quotidiens, en observant l'absence d'hommes parmi la population. Les habitants confirment sa théorie en soulignant qu'ils n'ont aucun moyen de s'opposer à une divinité. Jaguar Warrior les attaque ensuite, révélant qu'elle n'a pas tué les hommes sacrifiés, mais les a seulement assignés à des travaux forcés pour ses propres fins. Mash et Ana tentent de se défendre, mais sont surpassés. Ritsuka est contraint de faire retraite à Uruk et promet de revenir pour sauver Ur. Le lendemain, Gilgamesh se rend dans leur logement pour les rencontrer.

Gilgamesh assigne personnellement Ritsuka et Mash comme son escorte alors qu'il se rend dans un observatoire situé sur la côte afin de contrôler la qualité de l'eau de la mer. Sur le chemin, Ritsuka et Mash racontent à Gilgamesh des histoires sur les aventures dans les autres singularités. Bien que Gilgamesh affirme que leurs histoires ne l'intéressent pas, il reconnaît toutefois qu'ils ont fait un grand voyage. Après avoir atteint l'observatoire et recueilli les échantillons d'eau, Ritsuka et Mash prennent une pause sur la plage pendant que Gilgamesh s'occupe d'autres affaires. Mash continue de se demander si elle est vraiment humaine ou non, pendant que Ritsuka la rassure. Soudain, ils sont attaqués par Enkidu et ne sont sauvés que par l'intervention de Gilgamesh. Bien qu'il prétend être un imposteur, Enkidu ne peut se résoudre à tuer Gilgamesh et décide de se replier. Alors que Ritsuka, Mash et Gilgamesh reviennent à Uruk, Enkidu tente de se convaincre qu'il n'est qu'un imposteur du véritable Enkidu et qu'il ne devrait avoir aucune problème à tuer Gilgamesh.

Gilgamesh envoie Ritsuka, Mash, Merlin et Ana récupérer la Tablette des Destinées dans la ville maudite de Kutha. Là-bas, Ritsuka rencontre Ziusu-dra et obtient la tablette. Ils affrontent ensuite Ishtar, qui révèle des informations sur l'Alliance des trois déesses avant de les aider à repousser une attaque de squelettes.

Ritsuka et son équipe sont envoyés à Niddur pour enquêter sur la disparition de ses habitants. Ils découvrent que les habitants ont été transformés en bêtes démoniaques par Enkidu. Une bataille s'ensuit, et Tiamat commence à se réveiller.

Tiamat attaque le mur nord d'Uruk. Leonidas et Ushiwakamaru se sacrifient pour la stopper, mais elle survit grâce au pouvoir du Saint Graal. Enkidu, révélant sa véritable identité en tant que Kingu, conseille à Tiamat d'attendre avant de détruire Uruk.

Fujimaru et son entourage ont perdu Ushiwakamaru et Leonidas I. Après avoir reçu le rapport du groupe qui est retourné à la ziggourat, Gilgamesh décide qu'il est nécessaire de conquérir les trois déesses dans un certain ordre pour lutter contre Gorgon et ordonne à Fujimaru de transformer Ishtar en premier. allié. Avec un "plan secret" donné par Gilgamesh, Fujimaru et sa compagnie se dirigent vers le temple d'Ishtar.

Pour obtenir la Hache de Marduk, l'équipe doit affronter Quetzalcoatl. Après une confrontation intense, Ritsuka parvient à gagner son respect, et elle accepte de les aider dans leur combat contre Tiamat.

Ritsuka et son équipe affrontent Quetzalcoatl au Temple du Soleil. Après une bataille éprouvante, ils parviennent à la convaincre de rejoindre leur cause contre Tiamat.

En raison du surmenage, Gilgamesh se retrouve dans les bras du sommeil éternel. Fujimaru et les autres sont choqués par la nouvelle. Ils apprennent également de Siduri qu'il y a eu de nombreux rapports de décès dus à une faiblesse au sein d'Uruk. Pensant qu'un membre de l'Alliance des trois déesses est la cause de tout cela, ils se dirigent vers le monde souterrain avec Ishtar pour vaincre la déesse du pays des morts et libérer l'âme de Gilgamesh.

Ritsuka et Mash affrontent Ereshkigal dans le monde souterrain. Après une bataille émotionnelle, ils parviennent à la convaincre de libérer Gilgamesh et de rejoindre leur cause contre Tiamat. ​

Avec l'aide de Quetzalcoatl et de Jaguar Warrior, l'équipe lance une attaque contre Gorgon. Ana révèle sa véritable identité en tant que Medusa et se sacrifie pour vaincre Gorgon, ouvrant la voie à la confrontation finale avec Tiamat.

Avec la hache de Marduk, le groupe de Fujimaru parvient à affaiblir Gorgon en abaissant sa divinité. Après s'être ouvert un chemin, ils atteignent enfin les profondeurs du Blood Fort. Là, Gorgon dit qu'elle gagnera sa revanche en détruisant l'humanité. Ana déchaîne sa propre Divinité, qui avait été supprimée jusqu'à présent, contre Gorgon. À l'aide de ses propres yeux mystiques, Ana neutralise celle de Gorgon et sa faux est la seule arme capable de combattre la déesse immortelle. La lame d'Ana peut-elle vaincre une déesse capable de se ressusciter après une attaque ?

Kingu est trahi par les Lahmu, qui lui arrachent le Saint Graal, le laissant gravement affaibli. Alors qu'il s'attend à être achevé, une Lahmu, qui conserve des souvenirs de Siduri, se sacrifie pour le protéger, réveillant en lui des souvenirs d'Enkidu et semant le doute dans son esprit. Pendant ce temps, Ritsuka et son équipe affrontent Ushiwakamaru, corrompue par Tiamat, qui les retarde suffisamment pour permettre aux Lahmu de livrer le Graal à leur maîtresse.

Ritsuka, Mash, Ishtar et Quetzalcoatl se dirigent vers la mer pour affronter Tiamat. Malgré une attaque puissante d'Ishtar renforcée par un Command Spell, Tiamat révèle sa véritable forme gigantesque, augmentant la menace qu'elle représente pour Uruk.

Alors que Tiamat avance vers Uruk, Quetzalcoatl utilise son Noble Phantasm pour la repousser temporairement. Benkei intervient pour aider, mais malgré leurs efforts, Tiamat demeure une menace imminente, forçant l'équipe à élaborer une nouvelle stratégie pour la vaincre.

Lorsque Tiamat refuse d'être vaincu même après l'attaque désespérée de Quetzalcoatl, Gorgon fait son apparition. La nouvelle venue libère son Noble Phantasm dévastateur pour détruire les ailes de Tiamat mais est incapable d'arrêter son avance vers Uruk.

Dans le Monde Souterrain, Tiamat se transforme en une des "Maux de l'Humanité", rendant la bataille encore plus difficile. Hassan-i Sabbah, le Premier Hassan, intervient en utilisant son pouvoir pour lui retirer son immortalité. Malgré cela, Tiamat invoque des Lahmu puissants pour se défendre. Gilgamesh, sous sa forme de Servant Archer, rejoint le combat, aidant à repousser les Lahmu et à affaiblir Tiamat.

Fujimaru et compagnie réussissent finalement à vaincre Beast II, bien que cette victoire ait été remportée avec de nombreux sacrifices. L'ensemble du groupe est blessé et fatigué au combat, et alors qu'ils font le bilan des conséquences, ils voient qu'Uruk lui-même est au bord de l'effondrement. Que leur apportera la fin de leur voyage ?