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Situé quelques semaines après Mardi Gras, la Nouvelle-Orléans lutte contre les effets du COVID-19 alors que la pandémie commence à se propager sans pitié dans le monde entier. Pride, qui traite des ramifications de l'ordre dans tout l'État de fermer tous les restaurants et bars, envoie Gregorio et Carter enquêter sur une mort suspecte à bord d'un navire humanitaire au large, mais à bord, ils apprennent que certains membres d'équipage sont infectés par la maladie mortelle. Pendant ce temps, Wade est submergé par le volume élevé à la morgue en raison de COVID-19, et Khoury a du mal à retrouver sa fille, qui est avec son père séparé en Europe, en raison de l'épidémie mondiale.

Carter et Gregorio survivent à une explosion enflammée à bord d'un navire infesté de COVID-19 à la recherche de preuves d'une mort suspecte. Pendant ce temps, Pride retrouve Rita qui révèle des nouvelles choquantes. Wade aide une femme à retrouver le corps de son frère après sa mort de COVID-19. Patton et sa filleule se disputent à propos de son avenir après le lycée.

Pride et son équipe enquêtent sur le meurtre d'un autre policier de la Nouvelle-Orléans. Pride découvre bientôt que la victime faisait l'objet d'une enquête pour avoir utilisé une force excessive au travail. Gregorio commence à en ressentir les effets lorsqu'elle entame une nouvelle relation.

L'équipe du NCIS poursuit son enquête sur le meurtre d'un officier qui était sur le point de dénoncer une inconduite policière au sein du NOPD. Après que lui et Rita aient été écrasés par l'un des sujets de l'enquête, Pride est obligé de faire preuve de créativité pour enfin se débarrasser des sales flics, tout en réfléchissant simultanément à sa propre inconduite dans le passé. Pendant ce temps, alors que COVID-19 continue de submerger le système, Wade résout enfin le tribut qu'il lui a fait subir.

Pride et son équipe enquêtent sur la mort d'une personne qui détenait la clé d'une batterie high-tech top secrète. Rita est assignée à une affaire civile impliquant une personne qui a été licenciée à tort.

Pride et son équipe continuent d'enquêter sur une mystérieuse torpille d'un sous-marin qui terrorise les habitants de la côte du Golfe. Pendant ce temps, alors que la relation de Gregorio avec sa petite amie se renforce, Sebastian craint qu'elle ne déménage.

Lorsqu'un psychologue marin est retrouvé mort dans une ruelle, l'équipe découvre que la cause est quelque chose de plus important que la séance de conseil de la victime. Sebastian aide un témoin à se remettre sur pied après avoir découvert qu'elle est sans abri et que son enfant est en garde à vue.

Alors que Pride et l'équipe poursuivent l'enquête sur l'agression d'un officier et le meurtre de son thérapeute, le NCIS se concentre sur un suspect principal qui travaille dans le système depuis des années. Carter et sa mère parlent de la façon dont ils vont aller de l'avant après une erreur passée, et Sebastian commence une nouvelle relation prometteuse.

Pride et l'équipe sont à la recherche d'une jeune fille de 14 ans kidnappée et découvrent que son père, qui en aura bientôt la garde, est un survivaliste radical vivant hors réseau.

Lorsqu'un maître marin est abattu par un tireur d'élite, Pride et NCIS traquent le tueur, seulement pour découvrir qu'il n'agit peut-être pas seul. De plus, Rita dit à Pride qu'on lui a offert un travail convaincant… à Kansas City.

La vie de Sabastian est en danger lorsqu'un criminel qu'il a mis derrière les barreaux échappe à la garde à vue. En outre, Carter est chargé de garder Sabastian en détention préventive et le flirt de Carter et Hannah est une source de ragots pour Tammy et Sabastian.

Après qu'un cocktail Molotov a été lancé dans le bar du Pride, des preuves le conduisent à se diriger vers son ancien ennemi, Sasha Brousard, qui a gardé un secret qui affectera sa vie pour toujours. De plus, Tammy utilise ses compétences de profilage sur Hannah et Carter avec une précision choquante.

L'équipe enquête sur l'attentat meurtrier dans un bar et la guerre de territoire criminelle imminente impliquant Sasha Broussard. De plus, alors que Pride doit accepter d'avoir Connor dans sa vie, Carter et Hannah travaillent pour définir leur nouvelle relation.

Alors que Pride ordonne à l'équipe de relier Sasha aux récentes attaques à la Nouvelle-Orléans, il doit aider Connor à accepter qui est vraiment sa mère. De plus, Carter et Tammy recherchent un chien militaire hautement qualifié volé, et Pride et Rita prennent une décision importante concernant leur mariage.

Alors que Pride et Rita préparent leur mariage, le FBI arrête Connor à propos des incendies dans les bars mais surtout dans une tentative peu honnête d'atteindre sa mère, Sasha Broussard et Rita pourrait bien être la seule à pouvoir les aider.

À la veille du mariage de Pride et Rita, Connor entre dans le programme de protection des témoins tandis que Pride doit découvrir qui a attaqué Jimmy et Connor tout en essayant de connaître les motivations de Sasha à propos de leur fils.