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Riliu et Jowy, membres d'une brigade de l'armée du royaume de Highland, effectuent leur dernier tour de garde lorsque leur campement est attaqué par surprise par l'Alliance des Cités de Jowston, alors même qu'une trêve entre les deux camps vient d'entrer en vigueur. Sur ordre de leur capitaine, tous deux s'enfuient dans la forêt voisine, où ils assistent, impuissants, à la mort de tous leurs compagnons. Alors que leurs poursuivants se rapprochent de plus en plus, leur seule issue est un saut téméraire du haut d'une cascade. Ils survivent, mais se retrouvent séparés, et se réveillent chacun de leur côté au beau milieu du territoire ennemi.

Alors que Riliu, Jowy et Nanami ont trouvé refuge au fort des mercenaires après avoir échappé de peu à l’exécution pour une trahison dont ils ne se sont pas rendus coupables, Apple, stratège réputée, vient informer les mercenaires que le prince Luca, à la tête d’une armée de soldats du Highland, est sur le point de lancer une invasion du territoire des Cités-États de Jowston. Et son premier objectif serait justement le fort des mercenaires…

Après la destruction du fort des mercenaires par Luca et l’armée de Highland, Riliu, Jowy, Nanami et Pilika prennent la direction de Muse, où Viktor et Flik promettent de les retrouver. La nuit venue, alors que Jowy enrage d’être aussi impuissant face à la violence de Luca qui ravage tout sur son passage, une lumière éclatante émane soudain de la grotte à côté de laquelle le groupe a décidé de bivouaquer.

Sortis par Viktor des geôles de Muse où ils avaient été enfermés dès leur arrivée, Riliu, Jowy et Nanami rencontrent la maire de la ville, Anabelle, avant d’assister au conseil de l’Alliance où ils prennent la mesure de la mésentente existant entre les cités. Puis Riliu et Jowy sont approchés par Jess, bras droit d’Anabelle, qui leur propose une mission hautement périlleuse.

Prisonnier de Highland, Jowy apprend que l'armée du Royaume prévoit d'attaquer Muse à la faveur de la nuit. Afin de l'empêcher, il fait une proposition à Luca. Revenu auprès de Riliu et Nanami, qui se réjouissent de ces retrouvailles, il affiche cependant un visage sombre. À la nuit tombée, lorsque Riliu et Nanami vont trouver Anabelle à la mairie de Muse pour qu'elle leur parle de Genkaku, ils découvrent l'impensable… Au même moment, l'armée de Highland lance l'assaut sur la ville.