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A la suite des évènements de "Red Sky", Erica part à la recherche d'un scientifique qui peut lui dire ce qu'est le ciel rouge et apprend l'horrible vérité sur les véritables intentions des Vs. Sur le vaisseau-mère, Ryan est gardé en isolation pour qu'Anna puisse faire des expériences sur son nouveau né hybride. Après avoir été utilisé par Anna, Chad décide de rejoindre la Cinquième Colonne.

Anna et Diana s'affrontent dans les entrailles du vaisseau-mère. Diana était présente dans ce vaisseau depuis 15 ans et n'a pas vu Anna une seule fois pendant tout ce temps. Parallèlement, Erica fait analyser le sang de Tyler et apprend que les Vs ont fait quelque chose de sinistre sur elle quand elle était enceinte.

Erica apprend que sa partenaire, Malik est une V et doit se battre pour sa vie. Elle doit empêcher Anna de découvrir qu'elle fait partie de la Cinquième Colonne. Parallèlement, Anna apprend que Malik a disparu et ordonne à Ryan de la trouver tandis que Lisa se rend compte que son corps commence à changer, la poussant à devenir de plus en plus comme sa mère.

Après l'assassinat par la faction radicale de la Cinquième Colonne de trois Ambassadeurs de la Paix, Erica se lance dans une mission pour traquer leur leader, Eli Cohn, un ancien agent du Mossad. Parallèlement, tandis que Jack et d'autres prêtres à travers le monde commencent à élever la voix contre les Visiteurs, Anna retourne au Vatican pour tenter de convaincre les leaders d'une religion organisée que les Visiteurs sont vraiment venus "en paix".

Anna utilise son nouveau cadeau à l'humanité, "Concordia", comme couverture pour cacher une flotte d'invasion contenant des vaisseaux de reproduction qui seront utilisés pour s'assurer de la perpétuation des Visiteurs pour les générations futures. Parallèlement, Eli Cohn essaie de convaincre Erica et la Cinquième Colonne que le gala "Concordia" est le moment parfait pour assassiner Anna.

Anna, enragée par l'audace croissante des attaques de la Cinquième Colonne, enrôle Ryan pour tenter d'effacer la Cinquième Colonne d'un seul coup. Parallèlement, le Père Travis, suivant les ordres du Vatican, demande à Jack de quitter l'église. Lisa rencontre Diana, sa grand-mère dont Anna avait dit qu'elle était morte, pour la première fois.

Erica, cherchant à se venger d'Anna, se rend à Tokyo pour mener une mission destinée à porter un coup fatal à Anna. Parallèlement, Anna apprend que le niveau de phosphore de Tyler est trop bas, même après la Pluie Rouge, et qu'il pourrait lui devenir inutile. Enfin, Lisa et Diana s'entendent bien et commencent à former une alliance contre Anna.

Erica, maintenant officiellement en charge de la Cinquième Colonne au niveau mondial, conduit ses troupes dans une attaque très risquée contre Anna. De son côté, Anna, se rapprochant peu à peu de son plan de détruire l'humanité, trouve un obstacle majeur en la personne d'un candidat au programme "Vivre à bord". Enfin, Ryan se glisse de nouveau dans le vaisseau mère pour tenter de secourir sa fille.

Anna -Commandante suprême des visiteurs- inaugure le chantier de lancement du vaste programme de construction « Concordia », dernier "cadeau des Visiteurs à l'humanité" afin de finaliser son plan d'invasion massive. Le rapprochement manifeste entre Tyler Evans et sa mère -Erica Evans- ainsi que les critiques de plus en plus acerbes de Carrie, la co-présentatrice de Chad Deker, perturbe la stratégie d'invasion d'Anna. Marcus -fidèle lieutenant d'Anna- prend contact avec « sa » reine, Diana, qui lui affirme qu'Anna est éprise d'émotions humaines, et qu'elle mènera leur espèce à la perte. Dans le même temps, Anna réalise qu'elle aura du mal à contrôler l'âme humaine et décide, pour maîtriser l'humanité, de lui faire profiter de sa félicité...

Anna est obsédée à l’idée que Lisa procrée avec Tyler afin d’assurer la survie des Visiteurs, tandis qu’Erica et Diana ordonnent à Lisa de faire une tentative de coup d’état et de la destituer avant que l’humanité ne soit détruite, Ryan et Joshua tentent de faire sortir Diana de sa prison pour la mettre en sécurité sur Terre. Tout echec aurait des conséquences désastreuses...