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Dopo gli eventi che hanno chiuso la stagione precedente, Erica si mette sulle tracce di uno scienziato che le possa spiegare il significato del cielo rosso e scopre le vere intenzioni dei visitatori. Sulla nave spaziale, Ryan viene tenuto in isolamento in modo che Anna possa fare esperimenti sul bambino ibrido. Dopo essere stato usato da Anna, Chad decide di unirsi alla Quinta Colonna.

Anna e Diana si affrontano nei meandri della nave madre. Intanto Erica fa analizzare il sangue di Tyler e scopre che i visitatori le hanno fatto qualcosa di sinistro quando era incinta del figlio.

Erica scopre che la sua partner, Malik, è un'aliena ed è costretta a lottare per impedire che Anna scopra che è della Quinta Colonna. Intanto Anna ordina a Ryan di trovare Malik, mentre Lisa capisce che il suo corpo sta cambiando, facendola diventare più simile a sua madre.

Erica, che ha un nuovo partner, si mette sulle tracce del capo della sezione più radicale della Quinta Colonna, colpevole di aver ucciso tre Ambasciatori di Pace. Mentre i preti di tutto il mondo si schierano contro i Visitatori, Anna e Chad vanno in Vaticano per convincere i capi della religione organizzata delle loro intenzioni.

L'ultimo dono di Anna alla Terra è Concordia, ma in realtà sta nascondendo una flotta d'invasione. Eli considera la presentazione di Concordia come il momento migliore per uccidere Anna e cerca di convincere il gruppo a procedere.

Anna è furiosa nei confronti delle tattiche della Quinta Colonna e decide di usare Ryan per liberarsi di loro una volta per tutte. Padre Travis dice a Jack che deve lasciare l'ordine, mentre Lisa incontra la nonna che credeva morta.

Erica vuole vendicarsi nei confronti di Anna con una missione ad Hong Kong. Tyler potrebbe non essere utile per gli scopi di Anna a causa del livello basso di fosforo nel suo corpo. Si stringe un'alleanza tra Lisa e Diana.

Erica prepara la Quinta Colonna di tutto il mondo per un pericoloso attacco contro Anna. Un membro del programma Live Aboard diventa uno dei maggiori ostacolo per il piano di Anna. Ryan cerca di recuperare la figlia.

La Quinta Colonna cerca di capire cosa Anna abbia intenzione di fare ora che è pronta ad attivare il primo generatore di energia blu del pianeta. Diana consiglia a Lisa di sconfiggere la madre e compiere il suo destino di salvatrice della razza umana.

Per assicurare l'evoluzione dei Visitatori, Anna continua a concentrarsi su Lisa e Tyler. Intanto sia Erica che Diana spingono la ragazza a salvare l'umanità togliendo il potere ad Anna. Ma, anche con l'aiuto della Quinta Colonna, il tentativo di Lisa ha effetti devastanti.