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En route vers sa nouvelle affectation sur Terre, l'officier de la Fédération Shiro Amada tombe sur un allié aux prises avec un Zeon Zaku. Tentant un sauvetage courageux dans un ballon, il fait une rencontre fatale avec le pilote ennemi, Aina Sakhalin.

Shiro arrive sur une base dans la jungle de l'Asie du Sud-Est pour prendre le commandement de la 08th MS Team. Ordonné de sortir immédiatement, il mène son équipe au combat, mais il doit faire face à la gravité inhabituelle de la Terre et à l'obscurité de la nuit.

Lors de sa deuxième mission, la 08e MS Team reçoit l'ordre de balayer les forces zéonaises d'une région vallonnée. Cependant, l'avancée de l'équipe est bloquée par les fortifications ennemies. Shiro tente de contourner l'ennemi en passant par une rivière fréquentée par les guérilleros.

Toutes les équipes auxquelles Sanders a appartenu ont été anéanties au cours de leur troisième mission, et c'est maintenant au tour de la 08e MS Team. Sanders, inquiet, demande à Shiro de le transférer, mais c'est alors qu'apparaît la nouvelle armure mobile de Zeon, l'Apsalus.

Le musicien Eledore apprend qu'il va faire ses débuts sur un grand label. De bonne humeur, il entraîne Michel dans un village voisin pour fêter l'événement. Mais lorsqu'ils arrivent au bar, ils découvrent des soldats Zeon armés qui les attendent.

Après avoir découvert le terrain d'essai de l'Apsalus, l'équipe de la 08e EM attend une embuscade et se prépare à la rencontre grâce à des simulations de combat. La frustration des membres de l'équipe augmente au fur et à mesure que l'Apsalus n'apparaît pas, jusqu'à ce qu'ils en viennent finalement aux mains.

L'Apsalus s'échappe, le Gundam de Shiro s'accrochant à sa coque. Lorsque l'armure mobile défectueuse s'écrase dans les montagnes enneigées, Shiro et Aina sont réunis. Ils coopèrent pour survivre dans les terres gelées, mais des sauveteurs arrivent.

Shiro est revenu sain et sauf des montagnes, mais il est maintenant soupçonné d'être un espion, et il est confiné dans ses quartiers jusqu'à ce qu'un verdict soit rendu. C'est alors que le village de Kiki est attaqué par les Zeons et que Shiro doit enfreindre ses ordres pour aller à sa rescousse.

Les forces de la Fédération, ayant appris que l'Apsalus a été créé pour détruire Jaburo, commencent à rechercher la base de développement. Shiro et la 08th MS Team descendent en territoire ennemi pour participer aux recherches, mais se heurtent à des Zeons qui battent en retraite.

Les forces de la Fédération commencent leur assaut sur la base de développement d'Apsalus. L'équipe 08th MS est chargée d'escorter une équipe Guntank en position de tir, mais le Gouf Custom de Norris élimine rapidement deux des Guntanks. L'équipe pourra-t-elle sauver le dernier ?

L'Apsalus se déchaîne avec son méga-canon à particules dévastateur. Alors que le colonel Ryer de la Fédération et Ginius Sakhalin de Zeon intensifient les combats, Shiro et Aina transcendent la division entre les deux camps pour relever leur dernier défi.

Avec la fin de la guerre, Michel s'est retiré des forces de la Fédération et part avec Kiki pour découvrir si Shiro et Aina sont vivants ou morts. Dans la jungle, ils sont capturés par un groupe d'enfants mystérieux qui leur annoncent une nouvelle choquante.