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シロー少尉は苦戦するジムを発見。シローは、パイロットのサンダース軍曹を救出するが、敵のザクと相打ちとなり宇宙を漂流。ザクの女性パイロット、アイナとシローの間に愛情が芽生える。

シローは、「第08MS小隊」に隊長として配属される。第２小隊支援の命令を受けたシローは、仲間の信頼を得るために奮戦するが、慣れない地上での戦いに苦しみ、小隊の仲間とはぐれてしまう。

第08MS小隊に、ジオンの砲台陣地を攻撃せよと命令が下る。敵のトーチカを挟撃するため、シローが単身敵の背後に回る作戦を取るが、そこはキキの父バレストが率いるゲリラが支配する地域だった。

「隊を転出したい」と申し出たサンダース軍曹。彼の所属部隊が、全滅してきたのを気にしてのことだった。シローは励ますが、ジオン軍の新型モビルアーマー・アプサラスが第08MS小隊に迫る。

アプサラスの情報収集に追われるシローたちだったが、そんなときエレドアが作った歌がメジャーデビューするとの報せが飛び込む。有頂天のエレドアは、ミケルと一緒に街へ出かけてしまう。

第08小隊はキキの案内でジオン軍の射爆場と思われる砂漠地帯へ向かう。いつ現れるともしれない敵を小隊は待ち伏せするが、過酷な砂漠が隊員たちの神経をすり減らす。

シローはアプサラスのパイロットがアイナであることに気づき、懸命に呼びかける。アプサラスとシローのガンダムはヒマラヤ連峰の谷底へと不時着し、互いの愛情を確かめ合う。

雪山から生還したシローを待っていたのは、査問会での尋問だった。シローは自室での謹慎を言い渡されるが、キキの村にジオンのMSが向かったと聞き、懲罰覚悟で小隊に出動命令を下す。

第08小隊に敵基地特定のための偵察任務が命じられる。空挺降下中、カレンの搭乗するガンダムがガウの攻撃を受けシローが救援に向かうが、撃墜可能だったにもかかわらずシローはガウを逃がす。

連邦軍はジオン軍の秘密基地に総攻撃を開始する。連邦軍の物量作戦に対し、アイナにとって親代わりであるジオン軍のパイロット、ノリスは死を覚悟の奮戦でアイナたちを脱出させようとする。

アイナは傷病兵を乗せたケルゲレンを脱出させるため、我が身をさらして連邦軍に休戦を呼びかけるが、ギニアスが連邦軍に向けて発砲したためケルゲレンは撃墜されてしまう。

戦争終結後、連邦軍を除隊したミケルは、戦いの最中に姿を消した、かつての上官シローを探し求め、ゲリラだったキキ・ロジータと共に旅を続けていた。その途中、謎の孤児たちに囚われたミケルたちだったが、そこで思わぬ手掛かりをつかむ。