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Dix ans après que les animaux furent guéris et que les humains furent stérilisés en raison des gaz libérés, une nouvelle menace sème la peur : les hybrides, des créatures de laboratoire dont le seul but est de détruire l’humanité. Rien ne peut arrêter cette armée!

Jackson et Logan découvrent un lien entre les attaques hybrides qui se produisent à Portland et à New York. Mitch est interrogé par une femme qui prétend être sa fille, Clémentine; et un nouveau développement dans la recherche d'Abraham dans la crise de stérilité met en danger sa famille.

Abraham et Dariela envisagent de passer un accord avec Reiden Global pour des raisons personnelles, Jamie et Clementine effectuent une opération risquée sur Mitch.

Abraham et Dariela se réunissent avec l'équipe pour empêcher les hybrides de s'emparer de New York.

Pendant que Jamie est en état d'arrestation, elle parvient à manipuler Mitch et Logan pour l'aider à chasser les bergers, membres d'un groupe secret chargé de stériliser les humains.

Mitch cherche à sauver Clémentine de ses ravisseurs, et un aperçu du passé de la sœur de Jackson Abigail révèle les origines des hybrides.

L'équipe entreprend une mission de sauvetage pour le fils d'Abe et Dariela, Isaac. Puis, à la recherche d'informations sur un nouvel hybride, Mitch et Jamie voyagent en Californie, où ils croisent un visage familier de leur passé.

Abigail détient Jackson prisonnier afin d'extraire des informations de lui qui est essentiel à son plan secret, et l'équipe est confrontée à une crise en plein air lorsque leur avion connaît un dysfonctionnement électrique.

Après l'alter ego de Mitch, M. Duncan, attaque l'avion de l'équipe puis s'enfuit, Jamie, Abe et Max partent le chercher et l'aider.

Après que Jackson attaque Abigail, l'équipe se précipite pour la sauver alors que sa vie est en danger.

Alors que l'équipe est piégée dans l'avion par des spores toxiques qui les entourent, des complications surviennent pendant l'accouchement du bébé de Clémentine.

Après que l'avion de l'équipe ait subi un accident catastrophique dans la zone hybride, Dariela et Tessa ont entrepris une mission de sauvetage pour les sauver.

L'équipe court pour empêcher les hybrides de percer le mur de la barrière en fermant la dernière balise qui les attire.