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La debellazione del virus degli animali ha avuto gravi conseguenze sull'essere umano, tra cui la diffusione della sterilità. Ma ora una nuova minaccia sta portando all'estinzione l'umanità: la nascita di "ibridi", mutanti creati in laboratorio con l'intento di sostituire gli esseri umani.

Jackson e Logan scoprono un collegamento tra gli attacchi avvenuti a Portland e New York. Mitch ha un confronto con una donna che sostiene di essere sua figlia Clementine. Nuovi sviluppi nel lavoro di ricerca di Abraham mettono a rischio l'incolumità della sua famiglia.

Jackson, Logan e Tessa sono alla ricerca di Abigail, ma la comparsa di nuovi ibridi rende ancor più pericolosa la missione. Abe e Daniela, intanto, sono sulle tracce del figlio.

Abe e Dariela si trovano davanti a un bivio: accettare o non accettare un accordo che risulterebbe in un tradimento dei loro amici? Intanto, mentre continua il gioco del "gatto e il topo" di Abigail, il passato di Clementine torna a bussare alla sua porta.

Mentre si trova in arresto, Jamie riesce a manipolare Mitch e Logan, convincendoli ad aiutarla a dare la caccia ai "pastori", membri di una gruppo segreto responsabile della sterilità degli umani.

Mitch corre in aiuto di Clementine, nel frattempo, Jackson scopre di possedere nuove capacità...

Mentre la squadra è impegnata in una missione per salvare Issac, Jaime e Mitch sono sulle tracce di una creatura simile a un serpente. Il piano di Abigail, infine, viene a galla.

Abigail tiene prigioniero Jackson per ottenere da lui informazioni fondamentali per la riuscita del suo piano. La squadra si trova ad affrontare un'emergenza quando, in volo, l'aereo ha un malfunzionamento elettrico.

Duncan, l'alter ego di Mitch, attacca l'aereo della squadra per poi fuggire. Jamie, Abe e Max si mettono sulle sue tracce.

Logan cerca di distruggere il nido degli ibridi prima che vengano attivati. La gravidanza di Clem si sviluppa in modo imprevisto. La squadra cerca di perfezionare la cura usando Abigail e gli ibridi.

Mentre la squadra si trova intrappolata nell'aereo, esposata a spore tossiche, sorgono complicazioni nel corso del travaglio di Clementine.

L'aereo della squadra precipita nella zona ibrida. Dariela e Tess faranno di tutto per salvare gli amici in pericolo.

La squadra lotta contro il tempo per impedire agli ibridi di superare la barriera. E l'unico modo per farlo è spegnere il faro che li attrae.