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Gabimaru, un ninja membre d'un clan d'assassins, est condamné à mort. Il prétend n'avoir rien qui le rattache à la vie, pourtant aucune méthode d'exécution ne parvient à mettre fin à ses jours. Sa rencontre avec Sagiri Yamada Asaemon, qui semble enquêter sur lui, va tout changer.

Gabimaru est présenté au shogun en compagnie d'autres criminels sélectionnés pour se rendre en bateau sur la Terre divine afin d'y rechercher l'élixir d'immortalité. Sous la surveillance des samouraïs du clan Yamada, on leur expose les règles qui vont régir leur voyage, avant de passer à la sélection brutale des participants.

Les condamnés et leurs surveillants mettent le pied sur l'île où ils doivent trouver l’élixir qui confère la vie éternelle. Gabimaru, surveillé par Sagiri, progresse dans une étrange forêt. C'est alors qu'ils sont attaqués par l'un des autres criminels qui a débarqué avec eux.

Gabimaru et Sagiri sont en difficulté lors de leur premier combat contre les créatures mystérieuses de l'île. Gabimaru ignore tout de ces monstruosités et cela le désavantage au combat. L'arrivée soudaine de Yuzuriha, la femme ninja, va changer la donne, mais Gabimaru ne voit pas clair dans son jeu.

Sagiri revient à elle dans une grotte de l'île. Ses compagnons partagent leurs connaissances sur l'île pour déterminer la marche à suivre. Alors qu'ils se préparent à passer la nuit, Genji, l'un des samouraïs, propose à Sagiri de quitter l'île sur sa barque, en prétextant que cette mission ne convient pas à une femme comme elle.

Le groupe de Sagiri et Gabimaru est attaqué par Rokurôta, le géant cannibale. Sa taille gigantesque rend difficile l'usage des techniques de décapitation des Asaemon. Pour que Sagiri puisse trancher la tête du criminel, Gabimaru va devoir trouver un moyen de lui faire baisser la tête.

Le groupe de Gabimaru tombe nez à nez avec un mystérieux homme-arbre et une petite fille qui semble humaine. Gabimaru pressent que la fillette pourrait le révéler des informations importantes sur l'île et l'élixir. Il décide de la poursuivre, mais la jeune enfant lui donne du fil à retordre.

Tenza et Nurugai poursuivent leur inspection des côtes afin de trouver un courant qui permettrait à une embarcation de s'éloigner de l'île, mais ils tombent nez à nez avec un éternel. Ils réussissent à s'éloigner et rencontrent Shion, le maître de Tenza chez les Asaemon.

Gabimaru fausse compagnie à son groupe pour se rendre à Hôrai afin de découvrir l'élixir. Mais une porte se dresse entre lui et son objectif, et pour la franchir il doit affronter Zhu Jin, un des Éternels.

Blessé, Gabimaru se retrouve face à Gantetsusai et Fuchi Yamada Asaemon. Il sait que le combat sera rude et préfère changer de stratégie pour conserver ses chances de trouver l'élixir. Dans le groupe de Sagiri, Senta met à profit les informations données par Hôko pour affiner sa vision de l'île.

Après Chôbe et Tôma, c'est au tour du groupe de Gabimaru de se retrouver face à un moine. Ce dernier demande à Mei de le suivre pour retourner dans un endroit qu'il appelle le « palais ». Lorsque le moine explique ce qu'il compte faire subir à la jeune fille, Gabimaru et Gantetsusai décident de la protéger, même si cela va à l'encontre des habitudes du ninja.

À peine arrivés à Hôrai, Sagiri, Yuzuriha et Senta se retrouvent face à un Éternel. Il leur fait une révélation qui va remettre en cause le but de leur mission, mais avant de réfléchir à la suite, ils doivent trouver un moyen d'éliminer cet ennemi redoutable.

Shion et Nurugai volent au secours de du groupe de Sagiri. Shion met à profit l'expérience qu'il a acquise sur l'île pour tenter de vaincre l'éternel, mais le combat est ardu, la moindre blessure pouvant faire apparaître des fleurs sur le corps du samouraï.

Un nouveau groupe mené par Shugen Asaemon est envoyé sur l'île. Gabimaru est confus et cherche ses souvenirs.

Gravement blessé après son combat contre Chôbe, Gabimaru retrouve Sagiri.

Fuchi en apprend plus sur le passé de Mei et sur les Éternels.

Un nouveau groupe composé de quatre Asaemon et de ninjas d’Iwagakure débarque sur l'île.

Le groupe de Gabimaru se prépare à subtiliser l'élixir et à quitter l'île par la mer.

Au lieu de l'élixir, c’est Ran qui attend Gabimaru dans le palais des Éternels.

Le groupe de Fuchi affronte Ju Fa et Tao Fa au pavillon de l'accouplement. Tôma retrouve enfin son frère.

Malgré la détermination de Gantetsusai, le combat contre Ju Fa est ardu, Fuchi ne maîtrisant pas son Tao.

Après leur résurrection démoniaque, Jun Fa et Tao Fa ne laissent aucun répit à leurs adversaires.

Shion et Nurugai tuent Zhu Jin en boucle en espérant épuiser son Tao.

Gabimaru jette ses dernières forces dans son combat, sous le regard de Yuzuriha qui rechigne à intervenir.

Alors que les premiers arrivés sur l'île espèrent fuir, le groupe de Shugen bouleverse leurs plans.