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Après que sa famille ait été brutalement attaquée par une bande d'agresseurs masqués, Joe Logan est approché par les agents du FBI Mike et Emma pour l'aider à enquêter sur le meurtre de sa femme et de son fils.

Higan apprend qu'une série de victimes de meurtres récents étaient toutes d'anciens ninjas dont la couverture a été dévoilée. Higan s'en prend au patron ninja et jure de se venger de sa femme et de son fils décédés en écrasant l'organisation.

Yamaji répond aux questions de l’un de ses lieutenants concernant la survie de Higan. Pendant ce temps, Mike s’associe à Higan et Emma pour lancer leur propre enquête indépendante sur AUZA.

Un mystérieux bienfaiteur prévient Higan qu'il lui est impossible d'infiltrer AUZA City sans aucune aide. Pendant ce temps, Mike et Emma sortent de l'accident avec des blessures légères et relancent leur enquête sur AUZA et les ninjas.

Mike utilise les informations d'Emma pour retrouver Jason, un ancien employé d'AUZA. Ailleurs, après que Zai ait arrêté sa première tentative d'infiltration d'AUZA City, Higan apprend l'existence d'un itinéraire alternatif grâce au mystérieux bienfaiteur.

Aska sauve Higan d’un destin certain et sa véritable identité est dévoilée. Pendant ce temps, Mike apprend qu’il est maintenant recherché par sa propre agence, le FBI.

Alors que Higan et Lil s'engagent dans le combat, Higan atteint une synchronisation complète avec son Gusoku Gear, connu sous le nom de « Kamui ». Par la suite, Yamaji ordonne finalement à Zai d'éliminer Higan.

Le PDG d'AUZA rêve de prendre le contrôle total des infrastructures énergétiques du pays grâce à l'organisation ninja de Yamaji. Emma se donne pour objectif personnel de les arrêter avec l'aide de Higan. Pendant ce temps, Jason et Mike sont toujours en fuite.

Emma et Jason unissent leurs efforts pour lancer une attaque de piratage sur AUZA, ce qui leur permet d’obtenir des informations top secrètes. Pendant ce temps, Mike et Higan repoussent un escadron de mercenaires envoyé par AUZA pour les arrêter.

Higan pleure la mort d'Emma lorsqu'une lettre le défiant en duel arrive de Zai. Mike et Jason veulent divulguer au public les données qu'ils ont piratées d'AUZA, mais découvrent qu'ils ne peuvent pas le faire car le lecteur de mémoire externe d'Emma est crypté.

Higan remporte son duel contre Zai, mais ne parvient pas à le tuer. Joseph envoie ses mercenaires attaquer la cachette des ninjas après avoir rompu ses liens avec Yamaji. Pendant ce temps, Mike découvre la clé pour décrypter les données laissées par Emma.

Dilly adhère à ses ordres initiaux et protège Joseph en choisissant de combattre Yamaji. Higan reçoit une visite surprise qui le supplie de mettre fin aux contradictions du clan ninja. Pendant ce temps, Mike a été capturé dans les bureaux du FBI.

Higan et Yamaji s’engagent dans une bataille finale. Pendant ce temps, Mike essaie de retrouver Joseph alors qu’il tente de fuir le pays.