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ある夜、ジョー・ローガンは愛する妻子を忍者たちに殺され、自身もまた武器に貫かれてしまう。奇跡的に一命をとりとめた彼だが、病院に再び忍者たちが現れ――。

ジョー・ローガンは偽りの姿であった。その正体は組織を抜けた忍「ヒガン」。ヒガンは妻子の復讐のため、組織を潰す決意を固め、ひとり組織のアジトへ向かう。

FBI捜査官のマイクは、忍び組織による事件を上層部がもみ消そうとしていることを知り、ヒガンと手を組む。独自にAUZAの調査を始める彼らだが――。

AUZAの社長ジョセフは忍びの組織との協力関係を確立し、ヒガンとの戦闘を画策していた。ヒガンは侵入を決行するが、最後の障壁の前にある人物が現れ――。

マイクは相棒エマが得た情報から元AUZA所属のジェイソンと接触する。一方、ヒガンの前には戦闘スーツ"グソク・ギア"に身を包んだ忍者たちが立ちはだかる。

組織の一員アスカは、組織に対抗する唯一の手段としてヒガンのためのグソク・ギアの準備を急ぐ。その最中、幹部・リルがアスカとヒガンの隠れ場所を襲撃する。

グソク・ギアを手に入れたヒガンはリルとの一騎打ちを迎える。ヒガンはグソク・ギア"カムイ"と同期し、その力を発揮。組織に対する反撃ののろしを上げた。

マイクとジェイソンは捜査を続けるため、エマの車のコンピュータを使うことを思いつき、ヒガン、エマと合流する。身分を偽っていたエマに対し、マイクは――。

エマとジェイソンの協力でハッキング攻撃を行い、AUZAの機密情報を探り出すヒガンたち。そこに組織の幹部ビッグ・Dが現れ、正々堂々とヒガンへ戦いを挑む。

AUZAにより、マイク、エマ、ジェイソンらがテロリストであるかのような報道を流されてしまう。状況を打開するためマイクは、FBIに談判しに行くが――。

ジョセフはヤマジとの関係を断とうとしてアジトを襲撃するも、逆にAUZAの本社は忍びの組織に制圧されてしまう。脱出を試みるジョセフの前に現れたのは――。

当局に身柄を拘束されたマイクは上司と交渉を続け、ジョセフも政府を脅す挙に出る。AUZAを手中にしたヤマジもまた、忍びの新しいありかたを模索し――。

マイクはジョセフが亡命を試みると読み、ひとり車で追う。一方、ヤマジと剣を交わす中でヒガンは、ヤマジの奥義による深層世界で過去の亡霊に苦しむが――。