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乔·希根的家人遭到一伙蒙面袭击者的残酷袭击后，联邦调查局探员迈克和艾玛找到乔·希根，帮助调查他的妻子和儿子被谋杀的事件。

彼岸得知，最近发生的一系列谋杀案受害者都是身份被揭穿的前忍者。 彼岸追捕忍者老大，并发誓要摧毁忍者组织，为死去的妻子和儿子报仇。

山二回答了他的一名副官关于洛根生存的问题。 与此同时，迈克与 Higan 和 Emma 联手，对 AUZA 展开独立调查。

一位神秘的恩人警告彼岸，他不可能在没有任何帮助的情况下潜入 AUZA 市。 与此同时，迈克和艾玛受了轻伤，离开了事故现场，并重新开始对 AUZA 和忍者们的调查。

迈克利用艾玛的信息来追踪一位名叫杰森的前AUZA员工。在其他地方，鹤丸在第一次试图潜入AUZA城被Zai阻止后，从神秘的恩人那里得知了另一条路线。

阿斯卡将彼岸从厄运中拯救出来，她的真实身份也被揭开。 与此同时，迈克得知他现在被自己的机构联邦调查局通缉。

当彼岸和莉尔进行战斗时，彼岸与他的“神威”装备实现了完全同步。 随后，山二终于命令财除掉彼岸。

AUZA 的首席执行官梦想利用山二的忍者组织完全控制国家的能源基础设施。 艾玛的个人目标是在彼岸的帮助下阻止他们。 与此同时，杰森和迈克仍在逃。

艾玛和杰森联手对 AUZA 发起黑客攻击，从而获得了绝密信息。 与此同时，迈克和彼岸击退了 AUZA 派来阻止他们的雇佣兵中队。

彼岸在哀悼艾玛的死时收到了一封宰发给他的挑战决斗信。 迈克和杰森想要向公众泄露他们从 AUZA 窃取的数据，但发现他们无法做到，因为艾玛的外部存储驱动器已加密。

彼岸在与宰的决斗中获胜，但没有杀死他。 约瑟夫切断与山治的联系后，派出雇佣兵袭击忍者藏身处。 与此同时，迈克找出了解密艾玛留下的数据的关键。

迪莉坚持自己最初的命令，选择与山治战斗，保护约瑟夫。 彼岸突然来访，恳求他结束忍者家族的矛盾。 与此同时，迈克在联邦调查局办公室被抓获。

彼岸和山路展开了最后的决战。与此同时，麦克试图追踪试图逃离该国的约瑟夫。