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Au cours de l’année AP 238, la flotte d’exploration spatiale "Oracle" poursuit son voyage. Lors de la découverte d'une nouvelle planète, ARKS descend pour enquêter et exterminer tout les Falspawn. Aujourd'hui, une nouvelle recrue nommée "Ash" fait ses premiers pas dans le vaste univers.

Bien que beaucoup périssent, Ash et Afin rentrent sains et saufs de leur entraînement. Cependant, leur première mission en tant que nouveaux ARKS est de revenir à Naverius avec leur commandant Kohana et la mystérieuse fille Matoi, et d’exterminer les Falspawn.

Pendant une mission sur la planète Navelius, Ash rencontre une fille qui est l'une des six arches les plus fortes, «The Six-Way Balance», et apprend le combat entre Arks et les Dark Fars.

De retour sur un navire ARKS, Ash et sa société prennent une pause lorsqu'ils rencontrent Ulku, une fille qui aspire à rejoindre ARKS. Elle parle de son ami d'enfance qui a rejoint ARKS sans elle et comment il pourrait être dans la même classe qu'eux.

ARKS Ship 128, le "Themis", est attaqué par Falspawn - le premier incident de ce type en 10 ans. Les soldats ARKS ne peuvent pas cacher leur panique lors de leur sortie. Pendant ce temps, alors que Zig s'efforce de réparer l'arme ...

Ash retrouve Zeno et Echo sur le chemin du centre médical pour visiter Matoi. Il la trouve bien, mais son soulagement est court quand Gettemhult apparaît de nulle part.

Son réveil réussi, Dark Falz Elder attaque la flotte Oracle. Désespéré de défendre la flotte et l'univers, ARKS prend position contre son terrible pouvoir.

ARKS paie un prix élevé en résistant à l'attaque d'Elder. Alors que Theodor cherche Ulku, Echo craint pour Zeno tout en faisant semblant de rester fort. Et désemparé de perdre Gettemhult, Melfonseana ...

Ayant cru que [Elder] avait été détruit, Ash est profondément troublé après avoir appris qu'il vit toujours. Pendant ce temps, la recherche de Zeno sur Naverius est annulée après que les ARKS de la planète soient abattues par un dragon déchaîné.

Lors de la recherche de Zeno sur Naverius, les récits d'un vieil homme vivant dans certaines ruines aident Ash à se rapprocher de la vérité du dragon déchaîné mangeant des ARKS que Quna tente toujours de localiser.

Ash et Afin sont envoyés en mission pour enquêter sur la planète Wopal. Là, ils retrouvent Echo, qui s'est lancée dans la bataille avec une nouvelle détermination.

Ash décide de coopérer avec Xiao afin de contrecarrer les ambitions de Luther. Après que Ash ait montré des restes des expériences de Luther, Xiao lui parle des objectifs de Luther et explique comment Xion est la clé.

De façon inattendue, tous les ARKS reçoivent l'ordre de retourner à la flotte. De plus, une rumeur s'est répandue dans les rangs des ARKS en proie à la panique. Xion apparaît devant un Ash troublé et lui dit que c'est le moment qu'ils attendaient.

Guidés par Xion, Ash et Matoi se dirigent vers le cœur du vaisseau mère, mais trouvent que leur chemin est bloqué par les plus forts défenseurs d'ARKS.

Gagnant la coopération du Conseil des Six, Ash et Matoi se précipitent pour sauver Xion. Mais avant de pouvoir l'atteindre, se mettre sur leur chemin est ...

Alimenté par la rage, Luther déchaîne la forme de Dark Falz [Luther] et attaque Ash. Pour avoir une chance contre le pouvoir écrasant de [Luther], ARKS doit s'unir et l'affronter ensemble. Comment se terminera la bataille ?

Ash apprend de Xiao que toutes les données concernant Matoi et un certain incident il y a dix ans ont été complètement effacées des souvenirs de Xion. Ash décide d'aller à contre-courant pour découvrir la vérité, mais l'attendant, il y a…

Poussé par une soif de vengeance, [Apprenti] attaque un vaisseau ARKS. Avec Klariskrays la deuxième séparée de Clarissa, [l'apprentie] emploie des méthodes ignobles pour la coincer. Ash se précipite à ses côtés dans l'espoir de la sauver, mais…

Ash revient après avoir vu le sort de Klariskrays II de ses propres yeux. Pendant ce temps, à la suite de sa rencontre avec [l'apprenti], Afin tente une enquête de sa part pour en savoir plus sur Dark Falz.

Une attaque de Falspawn sur Lillipa provoque un appel d'urgence aux armes. Pensant que l'Apprentie pourrait apparaître, Ash et ses amis se rendent immédiatement sur place. Tout en aidant Afin à rechercher Euclyta, Melfonseana lutte contre ses émotions lorsqu'elle est soudainement réunie avec l'Ancien.

Ash et Matoi tombent par surprise sur Sarah, qui s'énerve et s'enfuit à la vue de Matoi. En essayant de la poursuivre, Ash rencontre Maria et apprend que le "péché" pèse lourdement sur les épaules de Sarah.

Ash découvre enfin la véritable identité du Dark Falz masqué qui a poignardé Matoi. Confronté au destin de Matoi et au sien, Ash réfléchit à la façon dont il pourrait la sauver tout en allant rendre visite à une certaine personne.

Piégés dans Gemini, Ash et Matoi rencontrent à nouveau Luther le déchu, qui est devenu une partie de Gemini. Il leur révèle la vérité sur le vide dans les souvenirs d'Ash.

Les Ténèbres profondes ont repris vie. Désireux de la vaincre coûte que coûte, Regius et Xiao prennent une décision cruelle. Mais Ash tient trop à Matoi pour rester les bras croisés.

La bataille finale commence. Alors que tous les membres d'ARKS s'unissent dans l'espoir de sauver Matoi, Ash l'affronte maintenant qu'elle est devenue la Profonde noirceur.