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No ano AP 238, a frota de exploração espacial "Oracle" continua sua jornada. Após a descoberta de um novo planeta, ARKS descem para investigar e exterminar qualquer Falspawn. Hoje, um novo recruta chamado "Ash" dá seus primeiros passos no vasto universo.

Embora muitos tenham perecido, Ash e Afin retornam com segurança de seu treinamento. No entanto, sua primeira missão como novos ARKS é retornar a Naverius com seu comandante Kohana e a misteriosa garota Matoi e exterminar o desenfreado Falspawn.

Durante uma missão no planeta Naverius, Ash aprende sobre a batalha entre ARKS e Dark Falz depois de encontrar uma garota no "Conselho dos Seis" - os seis ARKS mais poderosos de toda a organização.

De volta a uma nave ARKS, Ash e companhia estão descansando e conhecem Ulku, uma garota que anseia por se juntar ao ARKS. Ela fala sobre seu amigo de infância que ingressou no ARKS sem ela e como ele pode estar na mesma classe que eles.

O ARKS Ship 128, o "Themis", é atacado por Falspawn - o primeiro incidente desse tipo em 10 anos. Os soldados ARKS não conseguem esconder o pânico enquanto fazem a triagem. Enquanto isso, enquanto Zig trabalha para reparar a arma...

Ash se reúne com Zeno e Echo a caminho do centro médico para visitar Matoi. Ele a encontra bem, mas seu alívio é interrompido quando Gettemhult aparece do nada.

Com seu renascimento bem sucedido, Dark Falz Elder ataca a frota da Oracle. Desesperado para defender a frota e o universo, ARKS se posiciona contra seu terrível poder.

ARKS paga um grande preço ao resistir ao ataque de Elder. Enquanto Theodor procura por Ulku, Echo teme por Zeno enquanto finge permanecer forte. E perturbado por perder Gettemhult, Melfonseana...

Tendo acreditado que [Elder] foi destruído, Ash fica profundamente perturbado depois de saber que ele ainda vive. Enquanto isso, a busca por Zeno em Naverius é interrompida depois que ARKS no planeta são massacrados por um dragão em fúria.

Enquanto procurava por Zeno em Naverius, as histórias de um velho que vive em algumas ruínas ajudam Ash a se aproximar da verdade do dragão furioso que come ARKS, que Quna ainda está tentando localizar.

Ash e Afin são enviados em uma missão para investigar o planeta Wopal. Lá eles se reúnem com Echo, que tem se jogado na batalha com uma nova determinação.

Ash decide cooperar com Xiao para frustrar as ambições de Luther. Depois que Ash vê restos dos experimentos de Luther, Xiao fala sobre os objetivos de Lutero e explica como Xion é a chave.

Out of nowhere, all ARKS are ordered to return to the fleet. What's more, a certain rumor has spread through the panicking ranks of ARKS. Xion appears before a troubled Ash and says this is the moment they have been waiting for.

Guiados por Xion, Ash e Matoi seguem em direção ao núcleo da Nave Mãe, mas descobrem que seu caminho está bloqueado pelos mais fortes defensores do ARKS.

Ganhando a cooperação do Conselho dos Seis, Ash e Matoi avançam para salvar Xion. Mas antes que eles possam alcançá-la, em seu caminho está...

Alimentado pela raiva, Luther lança a forma de Dark Falz [Luther] e ataca Ash. Para ter uma chance contra o poder esmagador de [Luther], os ARKS devem se unir e confrontá-lo juntos. Como a batalha terminará?

Ash descobre com Xiao que todos os dados sobre Matoi e um certo incidente dez anos atrás foram completamente apagados das memórias de Xion. Ash resolve ir contra a corrente do tempo para descobrir a verdade, mas esperando por ele está...

Impulsionado por uma sede de vingança, [Apprentice] ataca uma Nave ARKS. Com Klariskrays, o Segundo, separado de Clarissa, [Apprentice] emprega métodos desprezíveis para encurralá-la. Ash corre para o lado dela na esperança de salvá-la, mas...

Ash retorna depois de ver o que acontece com Klariskrays, o Segundo, com seus próprios olhos. Enquanto isso, após seu encontro com [Apprentice], Afin tenta uma investigação própria para aprender mais sobre Dark Falz.

Um ataque de Falspawn a Lillipa solicita um chamado de emergência ao exército. Pensando que [Apprentice]] possa aparecer, Ash e seus amigos vão para lá de uma vez. Enquanto ajuda Afin a procurar Euclyta, Melfonseana luta contra suas emoções quando de repente se reúne com [Elder].

Ash e Matoi têm uma surpresa com Sarah, que fica exausta e foge ao ver Matoi. Enquanto tenta persegui-la, Ash encontra Maria e aprende sobre o "pecado" que pesa sobre os ombros de Sarah.

Ash finalmente descobre a verdadeira identidade do Dark Falz mascarado que esfaqueou Matoi. Confrontado com o destino de Matoi, assim como o dele, Ash pensa sobre como ele poderia salvá-la enquanto visitava alguém.

Presos em [Gemini], Ash e Matoi encontram mais uma vez Luther, o Caído, que se tornou parte de [Gemini]. Lá, ele revela a verdade por trás do vazio nas memórias de Ash.

A [Escuridão Profunda] retornou. Desesperados para derrotá-la a qualquer custo, Regius e Xiao tomam uma decisão sem coração. No entanto, Ash mantém Matoi bem tranquilo ao ponto de se sentar e não fazer nada.

A batalha final começa. Toda a ARKS se une como uma na esperança de salvar Matoi, Ash a confronta agora que ela finalmente se tornou a [Escuridão Profunda].