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新光历238年。由人类、新人类、机兵这三个种族组成了在行星之间飞行的船团，通称“神谕”。如今他们迈向了外宇宙，穿梭在无数的银河之中。一旦在外宇宙发现了新的行星，就会派遣“Arks”做为调查队降落至行星，展开调查及交流。这个为了歼灭潜伏在许多星球上、名为“达卡”的生命体所创立的组织，在和平造访宇宙之前，他们的旅程将会继续下去……现在，新人Arks“亚修”即将朝向广大的宇宙跨出第一步——

亚修和亚方终于平安地从造成许多人牺牲的新人训练中生还。首次以Arks的身份开始执行任务的两人和在进行新人训练时拯救的神秘少女玛特伊一起再次造访了那贝利乌斯。三人跟随着指挥官可哈娜开始歼灭在那贝利乌斯上活动愈发频繁的达卡。然而，他们却在途中遭遇到了新的威胁……

正当一行人在行星那贝利乌斯执行任务时，亚修与最强的Arks“六芒均衡”六名成员之中的其中一名少女相遇，并且得知了Arks和“黑暗法尔斯”过去曾经发生过战斗的历史……

亚修等人在Arks船团享受短暂的休息时光，并且认识了目标成为Arks的少女乌尔克。乌尔克表示在和亚修等人同期的Arks之中，有一个抢先自己一步成为Arks的儿时玩伴……

第一百二十八号舰“泰美斯”遭到达卡袭击。因为十年来第一次有达卡出现在船内，出击战斗的Arks们都感到相当的困惑。另一方面，留在“泰美斯”修复武器的奇格……

亚修在前往医护中心的路上，和杰诺与艾可再度相遇。在顺利与玛特伊会合后，一行人终于感到放心了。然而过没多久，哥德哈特突然现身了……

黑暗法尔斯.爱尔达（巨躯）终于复活，并且对神谕的船团展开袭击。Arks们为了守护船团和宇宙，挺身对抗他可怕的力量……

因为巨躯（爱尔达）的强袭，导致Arks付出了莫大的牺牲。乌鲁古动身寻找提欧德尔；而艾可虽然故作坚强，内心还是非常的担心杰诺。而梅尔冯席娜则因为失去了哥德哈特乱了方寸……

亚修在得知原以为应该已经击败的“巨躯”（爱尔达）还活着后感到相当苦恼。之后的有一天，亚修获得了为寻找杰诺而降落至那贝利乌斯的Arks们遭到暴走龙的袭击、使得搜索工作被迫中断的情报……

亚修在那贝利乌斯寻找杰诺时，遇见了居住在废墟中的老人，并从他口中得知了传说会吞食Arks的“暴走龙”的真相。然后，一直在寻找暴走龙下落的库娜她……

亚修和亚方一起来到星球沃帕尔进行调查任务，并在那里和艾可再度重逢。艾可怀抱着崭新的决心，再一次投身于战斗……

为了阻止路萨的野心，亚修决定要协助夏欧等人。当亚修在调查过去曾进行过实验的遗址时，夏欧道出了路萨的目的，以及关键人物锡安的真面目……

管制局突然对全体Arks下达了返回船团的命令。然后，某项谣言开始在陷入混乱的Arks之间慢慢传开。正当亚修对此感到动摇不已时，锡安出现在亚修面前并对他说到。“……我们等很久了。我和我们，一直在等待这一刻……”

亚修和玛特伊在锡安的引导下朝向母舰的中心地带前进。但是，Arks最强的看守者这时出现在两人眼前，阻却了他们的去路……

在取得六芒均衡的协助后，亚修和玛特伊一起赶往锡安身边。而这时，出现在正急着要去拯救锡安的一行人眼前的是……

路萨解放了自身，变身成为黑暗法尔斯“败者”，并在盛怒之下对Arks们展开了袭击。面对拥有压倒性力量的“败者”，Arks们团结一致加以迎战，战斗的结果究竟会是如何呢……？

亚修被夏欧找去，并从锡安留下的记录中得知了“与玛特伊有关的数据”以及“十年前某个时期的事象记录”被完全消抹掉的事实。亚修为了调查真相而回到了过去，这个时候出现在他眼前的是……

“若人”为了报复而对Arks的船团展开了袭击。二代克拉雷斯将克拉利萨交给他人后被若人的残酷手段逼入了绝境。亚修为了拯救二代克拉雷斯奔向她的所在处，然而……

亚修在亲眼见证二代克拉雷斯的结局后回到了现在。另一方面，亚方在遇见“若人”后，一直独自一人针对黑暗法尔斯进行调查。

成群的达卡突然对行星莉莉芭展开突袭，于是管制局紧急召集全体Arks参与作战。考虑到若人可能会出现在那里，亚修等人决定动身前往莉莉芭。而在与寻找尤克莉妲的亚方交谈的过程中，梅尔冯席娜也不禁开始思考，万一再次遇见了爱尔达，到时候应该要怎么做……？

亚修和玛特伊在路上巧遇了莎拉。然而莎拉一看到眼前的玛特伊就突然内心动摇，然后立刻逃走了。亚修在追赶莎拉的过程中遇见了玛莉亚，并且从玛莉亚口中得知了莎拉过去的“罪”

亚修终于得知了行刺玛特伊的假面黑暗法尔斯的真面目。如今亚修必须正面面对自己及玛特伊的命运。正当亚修为了该如何拯救玛特伊而烦恼时，某一个人来到了他的面前。

亚修和玛特伊被囚困在双胞胎的内部空间之中。他们在那里与成为双胞胎身体一部份的路萨再次重逢。然后，路萨道出了亚修的空白过去的真相。

“深远的黑暗”复活了。雷吉亚斯与夏欧为了击败“深远的黑暗”做出了无情的决定。而过程中，一直对玛特伊感到忧心不已的亚修……

最后的战斗开始了。在所有的Arks们为了拯救玛特伊齐心协力展开战斗的过程中，亚修也终于与变身为“深远的黑暗”的玛特伊重逢了。