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Le décor est un certain pays européen du XVe siècle. Rafal est un enfant prodige qui a été admis à l'université en sautant une année. Répondant aux attentes de son entourage, il déclare qu’il se spécialisera en théologie, alors considérée comme la matière la plus importante. Cependant, il ne pouvait pas renoncer à sa passion pour l’astronomie, qui le passionnait depuis un certain temps. Un jour, il rencontre un mystérieux érudit nommé Hubert. Hubert aurait été torturé et emprisonné pour avoir touché à des tabous fondés sur des idées hérétiques. Ce qu’il recherchait était une « certaine hypothèse » choquante concernant l’univers.

La « théorie héliocentrique » proposée par Hubert eut un grand impact sur le jeune Rafal. Même s’il comprend dans sa tête que cette idée est une idée hérétique contre l’Église, il ne peut réprimer sa curiosité intellectuelle. A cette époque, Hubert est capturé par Novak, un inquisiteur transformé en mercenaire, et finit par être exécuté. Sur le point de mourir, il confie à Rafal un pendentif en forme de corps céleste. Rafal lit le message caché…

Nowak sent que Rafal a hérité de l'idéologie hérétique d'Hubert exécuté, « l'héliocentrisme », et secoue son beau-père Potocki. Potocki était autrefois un hérétique fasciné par la théorie héliocentrique et qui fut arrêté. Rafal est arrêté en raison de la trahison de Potocki. "Si vous abandonnez la théorie héliocentrique, tout sera pardonné." Rafal, contraint de faire un choix devant le tribunal, entreprend une action incroyable.

Dix ans après la mort de Rafau… Oxy, un combattant remplaçant, gagne sa vie en faisant un travail qu'il hésite à faire. Son collègue Glass trouve un but dans la vie en observant les corps célestes et en découvrant certaines lois, mais Okji ne trouve aucun espoir dans ce monde et souhaite seulement aller au paradis le plus tôt possible. Un jour, ils seront chargés d'escorter un hérétique. Okji se méfie des propos de l'hérétique, tandis que Grass s'émeut peu à peu…

Glass, inspiré par les paroles de l'hérétique, abandonne sa mission et devient hostile à Novak. Oczy, qui s'est impliqué, est choqué par les actions désespérées de l'hérétique. Après avoir échappé de peu à leur vie, Oczy et Glass suivent les paroles de l'hérétique et découvrent une vieille boîte en pierre au fond des montagnes. Glass dit qu'il connaît quelqu'un qui pourrait connaître la valeur de ce qu'il contient. Oczy souhaite reprendre sa vie normale, mais certaines circonstances l'obligent à prendre une décision.

Oczy cherche l'aide de Badeni, le moine rétrogradé qui a encouru la colère de l'Église en tournant sa curiosité vers les énigmes du ciel.

Jolenta, une érudite talentueuse, est victime de discrimination en tant que seule fille dans un institut d'astronomie. Badeni cherche des ressources pour prouver la théorie héliocentrique.

Badeni et Okuji entrent en contact avec Yolenta, qui a résolu un problème astronomique difficile. Yolenta le nie en disant : « Ce n'est pas moi qui l'ai écrit », mais Badeni voit clair dans son intelligence. Yolenta est ébranlée par l'offre de Badeni de collaborer à des recherches sur la théorie héliocentrique. La raison de son hésitation n'est pas seulement due au tabou idéologique, mais aussi à la présence du comte Piast, directeur de l'Institut de recherche astronomique et autorité en matière d'astronomie.

Un Piast plus âgé jure de prouver la théorie géocentrique de son professeur, tandis qu'au présent, il autorise Badeni à utiliser ses archives, mais à une condition.

Plusieurs mois se sont écoulés depuis la mort du comte Piast : Badeni est plongé dans le perfectionnement de « l'héliocentrisme » basé sur une grande quantité de données d'observation, et Okzi apprend à écrire auprès de Jolenta et commence à écrire ses sentiments. Cependant, Badeni ne voyait aucune valeur aux actions d'Okzi et ne pouvait cacher sa frustration face au manque de progrès dans ses recherches. Pendant ce temps, dans l'église du même quartier, l'évêque augmentait le nombre d'inquisiteurs et essayait de renforcer encore la répression contre l'hérésie.

Novak est chargé de former et de former un nouvel inquisiteur. Les nouveaux inquisiteurs sont choqués de le voir torturer calmement une hérétique. Simon, en particulier, doute que cette approche soit réellement la bonne. D'un autre côté, Badeni rapporte à Jolenta que la « théorie héliocentrique » est enfin achevée et fait la fête avec Okji. Alors qu'ils discutent de leurs rêves futurs dans un bar, un homme qui n'était pas censé apparaître apparaît.

Le père de Yolenta était probablement Novak. Lorsque Novak apprend que Badeni fait des recherches astronomiques, il demande à être vérifié au cas où. Badeni n'a d'autre choix que de guider Novak jusqu'à la cabane. Novak fouille toute la pièce et détermine qu'il n'y a aucun soupçon de recherche hérétique, mais lorsqu'il trouve « quelque chose » qui ne devrait pas être là, ses soupçons s'approfondissent. La plus grande crise approche Badeni et Okzy.

Dans une zone médicale de la chambre d'inquisition, Oczy, blessé, se réveille et voit Nowak, qui l'a maintenu en vie dans l'espoir d'obtenir des informations.

Badeni doit choisir entre révéler l’emplacement des documents hérétiques sur la théorie héliocentrique ou prolonger la torture d’Oczy aux mains de Nowak.

Jolenta est torturée pour son implication dans l'hérésie, mais avec l'aide de Simon, un nouvel inquisiteur, elle s'enfuit. Croyant que sa fille a été brûlée vive par le vicaire Antoni, Novak sombre dans les profondeurs du désespoir et perd l'envie de vivre. Pendant ce temps, Krabowski trouve accidentellement une lettre laissée par Badeni. Quel est le plan secret surprenant que Badeni a mis en place pour empêcher la fin de la théorie héliocentrique ?

Vingt-cinq ans plus tard, le capitaine Schmitt de l'extrémiste Front de libération des hérétiques infiltre une église et dérobe un objet important.

Une jeune nomade marquée par la pauvreté consacre sa vie à amasser des richesses. Un soir, elle trouve le livre que Fry avait caché dans le village abandonné.

Monseigneur Antoni ordonne à Douraka de lui remettre le livre, mais les hommes de Schmitt s'interposent. Déterminée à changer son destin, la jeune femme fait un choix audacieux.

Espérant retrouver la trace de ceux qui ont volé le livre, un inquisiteur demande conseil à Novak, qui passe désormais des journées entières consumé par le chagrin.

Alors que le Front de libération des hérétiques se prépare à partir, Jolenta confie une lettre à Douraka. Peu après, Novak et les inquisiteurs s'approchent de la grange.

Schmitt et les autres rejoignent leurs camarades du Front de libération et commencent à imprimer le livre. Mais une trahison vient contrarier l'opération.

Alors que le groupe de Novak attaque le Front de libération, Douraka et Schmitt s'évadent. Lorsqu'ils atteignent la ville, Douraka fait une proposition à monseigneur Antoni.

En plein délire fanatique, Novak se retourne contre Antoni et tente d'incendier l'église. Douraka se défend et s'échappe, au prix d'une terrible blessure.

Albert livre une commande de pain à une église où il rencontre un mystérieux prêtre qui l'encourage à confesser ses péchés.

Albert quitte la réunion académique et rentre chez lui, où il découvre un spectacle horrible. Dans le présent, le prêtre donne des conseils à Albert et se confesse.