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Shaun deve salvare la vita a due bambini cardiopatici, ma è necessario un trapianto per entrambi e scegliere chi debba essere il ricevente sembra impossibile.

Shaun deve occuparsi di Rich, un paziente che rischia di morire senza un trapianto di polmoni immediato, ma contemporaneamente deve fare da tutor a Charlie, una studentessa autistica.

Shaun è in difficoltà con Charlie e chiede consiglio a Glassman e Lim che, però, aumenteranno il suo grado di confusione.

Per la prima volta dalla nascita di Steve, Shaun e Lea decidono di concedersi una serata al karaoke come ai vecchi tempi, ma si accorgono che le loro priorità sono cambiate.

Shaun e Charlie arrivano a un punto di non ritorno. Nel frattempo, Asher si occupa di una paziente ebrea che lo fa riavvicinare alla religione.

Dopo l'addio a Asher, Shaun e i suoi colleghi si trovano alle prese con una strage causata da un uomo che tenta di suicidarsi. I feriti sono numerosi e Shaun è a corto di personale.

Un uomo si presenta in ospedale per donare un rene a una paziente, ma ha un gruppo sanguigno molto raro e l'operazione è rischiosa. Nel frattempo, Shaun nota che Steve potrebbe essere affetto da autismo.

Shaun desidera avere una diagnosi precoce, ma mentre sono in sala d'attesa con Lea, ha un flashback su suo fratello e decide di non sottoporre Steve al test.

La dottoressa Claire Browne ritorna dal suo lavoro in Guatemala per una visita medica personale. Shaun scopre che Glassman ha accolto Hannah in casa sua ed è preoccupato.

Mentre i medici riflettono sul loro futuro, lavorano insieme per risolvere uno dei casi più importanti della loro carriera.