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Ed e Al Elric: il nuovo viaggio dei due fratelli inizia da Central City. Solo, in una strada avvolta nel silenzio, mentre sorride in modo sinistro, un individuo sospetto disegna un cerchio alchemico: il suo nome è Isaac McDougal. Manovrando a proprio piacimento l'acqua, punta all'assassinio del Comandante Supremo King Bradley.

Uno sguardo al passato rivela il dolore e la disperazione che spinse i fratelli Elric a infrangere un grande tabù dell'alchimia: la trasmutazione umana.

Scienza e fede si scontrano quando i fratelli Elric affrontano Cornello, che usa una finta pietra filosofale per manipolare il suo gruppo.

I fratelli Elric incontrano Shou Tucker, che può insegnare molto a Ed e Al sull'alchimia e sull'orrenda crudeltà che spesso l'accompagna.

Edward e Alphonse vengono aggrediti da Scar, un misterioso killer molto potente e ricercato per una serie di omicidi crudeli.

I fratelli Elric conoscono il dottor Marcoh, un alchimista in fuga dal passato. Marcoh ha informazioni essenziali per avere la pietra filosofale.

I fratelli Elric scoprono il terribile ingrediente necessario per la pietra filosofale ed entrano in un laboratorio segreto per saperne di più.

Ed e Al affrontano le guardie del quinto laboratorio. Nella confusione generale, la verità sulla pietra filosofale finisce sepolta fra le macerie.

Quando Al si ribella all'idea che la sua vita sia stata creata dal fratello, solo Winry riesce a convincerlo che sta sbagliando.

Quando la cospirazione per la pietra filosofale arriva agli alti ranghi militari, uno degli alleati più fidati di Mustang viene ucciso.

L'alchimia deve ancora svelare come si crea la vita; così gli Elric si scoprono impotenti quando una loro nuova amica va in travaglio.

I fratelli Elric fanno visita a Izumi, la maestra di alchimia, e ricordano la difficoltà di comprendere il principio dello scambio equivalente.

Quando Al viene rapito dalle chimere e il tentativo di liberarlo di Ed fallisce, Izumi dimostra ancora una volta di pensare al bene dei fratelli.

King Bradley dimostra tutta la sua brutalità nella battaglia contro Greed. Ma l'uomo che distrugge lo Scudo perfetto è più forte anche del Comandante.

Gli Elric si azzuffano con Ling Yao e i suoi assistenti Lan Fan e Fu alla ricerca della pietra filosofale.

L'invidia è ancora ben evidente tra gli alchimisti di stato, e un altro homunculus è sul punto di infiltrarsi tra loro.

Anche i più fedeli all'Alchimista di fuoco sono scossi da quanto fatto da Roy Mustang contro l'assassino di Maes Hughes.

Il viaggio di Ed in una terra lontana riserva dettagli sorprendenti sull'incontro tra Mustang e Maria Ross. Edward, intanto, scopre un segreto sui genitori di Winry.

Mustang, Alphonse, Havoc e Hawkeye si dividono per trovare un laboratorio militare. Se Lust ha la meglio, nessuno di loro sopravviverà.

Hohenheim se ne va dando un avvertimento a Pinako; tra i ricordi della sua infanzia, Ed ritrova la speranza di poter riportare Al nel suo corpo.

Ed e Al escogitano un piano pericoloso per attirare gli homunculus fuori dal loro nascondiglio. Prima fase: rischiare la morte per mano di Scar.

Winry scopre il ruolo avuto da Scar nella morte dei genitori e si ritrova di colpo con i suoi stessi istinti omicidi.

La collaborazione tra la cricca di Mustang e la banda di Ling Yao porta alla cattura di un homunculus, ma attira anche l'attenzione di una spia...

I poteri alterati di Gluttony schiacciano gli Elric. Intanto, Mustang dà credito ai suoi sospetti su Bradley e si ritrova nei guai.

Ed e Ling affrontano un nemico tremendo nell’infernale stomaco di Gluttony. Al Comando centrale, Mustang assiste alla divisione dei suoi soldati da parte di Bradley.

Verità preoccupanti vengono a galla quando Al trova colui che viene chiamato il Padre. Ed ancora una volta infrange il più grande tabù dell'alchimia.

Hohenheim riflette sulla follia dell'uomo, richiamando immagini del passato: le sofferenze legate alla famiglia, l'alchimia e le radici della guerra.

Gli Elric affrontano Padre, ma non possono fare nulla quando lui si mette a creare homunculus con un'alchimia che sembrava impossibile.

Se i fratelli fanno una mossa sbagliata, Bradley si rifarà sulle persone a loro più care e la pietra filosofale potrebbe non servire.

Dai racconti di Hawkeye, Edward apprende degli orrori della guerra di sterminio e dei giovani soldati incaricati del genocidio.

Anche se i suoi sottoposti sono fuggiti, Mustang trova nuovi alleati, ma lo stesso fa il nemico liberando un killer.

Mustang riesce a ispirare nuove ambizioni in un vecchio amico, un alleato con soldati. Intanto, Ed e Al incontrano il loro fan più sfegatato.

Le terre a nord diventano un campo di battaglia quando Kimblee si avvicina a Scar. Ed e Al lottano contro gli elementi per raggiungere Fort Briggs.

I soldati della Fortezza di Briggs vigilano sulla presenza di spie. Il complesso sembra impenetrabile, ma un violento intruso dimostra il contrario.

Ed scopre la verità sconvolgente sul piano che ha già mietuto innumerevoli vittime. E tutto fa pensare che presto anche alla fortezza di Briggs scorrerà il sangue.

Mentre Raven prova a corrompere Armstrong, Ed e Al aspettano in cella. Tempo prima, anche il padre ha sperimentato la prigionia e per sfuggire al dolore, se n’è andato.

Mentre Hawkeye resta impietrita davanti al primo homunculus, Kimblee fa una proposta a Edward, ma prima deve accettare di diventare un assassino di massa.

Quando Scar è messo alle strette da due chimere, gli Elric si trasformano nei suoi improbabili alleati. Più tardi, Winry cerca di affrontarlo con risultati disastrosi.

Winry viene rapita da Scar e non c'è ancora un piano per salvarla. Una fortissima tormenta s'avvicina, ma solo Alphonse Elric riesce ad affrontarla.

Molto tempo fa, il sangue di un povero schiavo è stato usato in un esperimento per dar vita a una strana creatura informe.

Uniti non solo da un legame di sangue, i fratelli Elric hanno sempre condiviso gioie e dolori, ma il rapporto mistico delle anime potrebbe essere loro fatale.

Gli sforzi di May e Marcoh per decifrare la ricerca del fratello di Scar iniziano a dare frutti, ma potrebbe essere troppo tardi per impedire la catastrofe.

Nel nord i soldati di Fort Briggs affrontano un esercito invasore e Marcoh conduce un attacco contro il mostruoso Envy.

Van Hohenheim e Alphonse hanno l'opportunità di riavvicinarsi e riallacciare il loro legame, ispirando il padre a condividere i suoi segreti con i figli.

I segnali sono dappertutto: il Giorno della promessa sta arrivando.

I piani di coloro che si apprestavano a reclamare la terra vengono rivelati e l'assassinio di un potente leader crea il caos.

Dall'armatura di Al echeggia una voce sinistra ed Ed e Greed si ritrovano sotto attacco.

Dopo aver esplorato le intricate origini dell'albero genealogico dei Bradley, Mustang riunisce i suoi soldati più fedeli.

Con l'aiuto di suo padre, Al riesce a fare l'impossibile per combattere il mostruoso Pride.

Mustang guida una forza d'assalto composta da coraggiose truppe nordiche e volti del passato contro la difesa del Comando centrale.

La squadra di Ed deve affrontare un'orda di avidi manichini alimentati da anime umane.

Grazie a una pietra filosofale in suo possesso, Alphonse affronta senza paura Pride e Kimblee.

Le voci su un presunto colpo di stato aiutano i ribelli, mentre May attira Envy in una trappola che porta a uno scontro con Mustang.

Edward scopre che Envy vuole portare scompiglio nel gruppo. Le cose cominciano a cambiare durante la battaglia tra i fratelli Armstrong e Sloth.

Finito uno scontro, ne comincia un altro. Hohenheim e il Padre si affrontano per il possesso della pietra filosofale.

Padre elabora la propria fuga mentre Bradley affronta potenti avversari durante l'attacco al quartier generale centrale.

Mentre Bradley e Fu si affrontano in uno scontro mortale, il gruppo di Edward incontra il creatore di Bradley, che li porta ad affrontare una nuova sfida.

Ling sfrutta la potenza di Greed per distruggere il nemico davanti al cancello. Intanto, Edward trova Van Hohenheim e cade in una trappola.

Mentre Edward, Alphonse, Van Hohenheim, Izumi e Mustang aspettano che si compia il loro destino nel nascondiglio del Padre, la situazione precipita.

Come programmato, il Padre assorbe tutte le anime di Amestris e si appresta a inglobare la Verità attraverso un portale apertosi nel cielo.

Un'eclissi dà speranza alle anime di Amestris, mentre Hohenheim rivela un piano preparato molto tempo prima. Edward affronta Pride per l'ultima volta.

Edward, Armstrong e Izumi trovano il modo d'indebolire gli intensi attacchi del Padre, mentre Alphonse si sacrifica per aiutare il fratello.

Dopo un chiarimento finale con il Padre, Edward ripaga il sacrificio di Alphonse con il proprio. Van Hohenheim trova finalmente la pace.

I fratelli Elric tornano a Resembool pronti a una nuova vita. Edward e Winry, intanto, confessano ciò che provano.