Все серии

После побега из центральной тюрьмы, Ледяной алхимик Исаак МакДугал вынашивает свой план убийства фюрера Кинга Брэдли. Тем временем, государственнные алхимики и военные под командованием полковника Роя Мустанга пытаются остановить его.

По пути в Лиор Эд и Ал вспоминают события, которые привели их к заточению в их новых телах после нарушения табу на человеческую трансмутацию. Полковник Мустанг вспоминает свою первую встреча с братьями Элрик.

Эд и ал пребывают в Лиор в надежде отыскать легендарный Философский камень и надеясь с его помощью вернуть себе прежние тела. Там они встречают священника Корнелло, который в состоянии творить "чудеса". После проведения своего расследования, они узнают правду о Корнелло.

Эд и Ал начинают интересоваться биологической трансмутацией после знакомства з химерой в Лиоре. Колонел Мустанг знакомит их с экспертом в этой сфере - Шоу Такером, Связывающим жизнь алхимиком. Тем временем, серийный убийца, целью которого являются государственные алхимики, появляется в столице.

После случившегося с Шоу Такером и его дочерью Ниной, братья Елрик начинают задаваться вопросом чем же на самом деле является алхмия. Тем временем, Колонел Мустанг и другие государственные алхимики выслеживают серийного убийцу Шрама.

После поединка со Шрамом автоброня Эда и броня Ала нуждается в починке и, майор Армстронг сопровождает их на родину в Ризембул. По дороге домой они встречают доктора Марко - ученого, который помогал создавать Филосовфский камень. Они стараются убедить его расказть где находится информация о Филофоском камне.

Когда Эд и Ал прибывают в Центральную библиотеку они обнаруживают, что она сгорела дотла. Позже они знакомятся с бывшим сотрудником библиотеки Шеской, которая может владеть необходимой им информацией. Тем временем, в западной части столицы происходит взрыв, который заставляет Колонела Мустанга возобновить поиски Шрама.

Эд и Ал проникают внутрь Пятой лаборатории для того, чтобы найти ответ на вопрос происхождения Филосовфского камня. Однако вскоре их обоих атакуют приговоренные к смертной казни убийцы, охраняющие сейчас комплекс.

Эд выздоравливает в больнице, а Ал все никак не может забыть слова Номера 66 из Пятой лаборатории. Тем временм, Винри соглашается отправиться в столицу для починки автоброни Эда... в очередной раз!

Ed and Al head to Dublith in order to see their former teacher, and Winry decides to tag along so she can visit Rush Valley on the way. Meanwhile, Lt. Colonel Hughes discovers some sensitive information and finds himself facing off against the Homunculus.

Братья Элрики вместе с Уинри наконец прибывают в Раш-Вэлли, где Эда обкрадывают, а Уинри должна принять роды.

Братья Элрики прибывают в Дублит, где они воссоединяются со своей учительницей Идзуми Кёртис. Это заставляет братьев вспомнить о том, как они впервые встретились с Идзуми, и обо всех трудностях обучения, через которые она их провела.

Пытаясь найти подсказки о том, как вернуться в свои первоначальные тела, Эл попадает в плен к группе химер во главе с гомункулом Жадностью, что вынуждает Эда отправиться ему на помощь. Тем временем полковник Мустанг собирает группу коллег, чтобы поддержать его в подготовке к переводу в Центральный штаб.

Битва против Грида и его группы продолжается, к ней присоединяются государственные военные и сам фюрер Кинг Брэдли. Когда Эд и Эл начинают задаваться вопросом об истинных мотивах участия Брэдли, Грида забирают в секретное подземное логово гомункула, чтобы решить его судьбу.

Шрам и Йоки обретают нового компаньона в лице молодой девушки из Сина по имени Мэй Чан, которая демонстрирует уникальную форму алхимии своей страны. Лейтенант Риза Соколиный Глаз находит неожиданного нового союзника для полковника Роя Мустанга, в то время как Эдвард и Альфонс возвращаются в Раш-Вэлли, чтобы забрать авто-протез Эдварда, но братья сталкиваются с Лин Яо из Сина и двумя его опасными телохранителями.

Эд, Эл и Уинри прибывают в Центральное управление, чтобы продолжить свои исследования и узнать правду о том, что случилось с лейтенантом Хьюзом. Тем временем, пока полковник Мустанг продолжает искать улики, касающиеся убийцы Хьюза, в совершении преступления обвиняют младшего лейтенанта Марию Росс.

После допроса младший лейтенант Мария Росс признана виновной в убийстве бригадного генерала Хьюза. Узнав об этой новости, Барри-Мясник отправляется вызволять ее из тюрьмы. Тем временем майор Армстронг берет Эда с собой в поездку под предлогом поездки в Райзем-Бол, чтобы починить его авто-протез.

Эдвард отправляется с Армстронгом и Бредой в неожиданное место, где узнает правду о том, что случилось с Марией Росс. Вернувшись в Центр, Линг навещает Альфонса и Уинри, чтобы сообщить им о событиях, в то время как появляется новый враг, который создает проблемы подчиненным Мустанга. В другом месте Эд встречает людей, которые раскрывают ужасающие подробности о судьбе родителей Уинри.

Альфонс присоединяется к Мустангу и его подчиненным, которые следуют за первоначальным телом Барри. Погоня приводит их к Третьей лаборатории, куда проникает Барри, и они пользуются возможностью, чтобы начать тщательный обыск лаборатории. Сами того не ведая, Похоть не хочет, чтобы кто-то из них остался в живых.

Когда Эдвард возвращается в Резембул, он неожиданно видит своего отца, Хоэнхайма, перед могилой своей матери. Той ночью Эд слышит поразительный разговор между своим отцом и Пинако. На следующий день Хоэнхайм делает Пинако мрачное предупреждение о будущем, и Эд отправляется на место, где когда-то стоял его дом, в поисках источника новой надежды.

Эдвард и Альфонс встречаются с Мустангом в больнице, где они просматривают события, произошедшие в Третьей лаборатории, и понимают, что убежище гомункулов может свидетельствовать о том, насколько высок уровень коррупции в армии. Шрам возвращается в Центр, чтобы снова начать убивать, и братья придумывают опасный план, как противостоять Шраму и выманить гомункулов из укрытия. Лин и Лан Фан узнают об их намерениях и охотно соглашаются помочь им, но вскоре сталкиваются с ситуацией, которая угрожает их выживанию.

Пока Линг пытается найти способ спастись от Гнева, Эдвард и Альфонс сражаются со Шрамом. Уинри слышит о затруднительном положении братьев и пытается найти к ним подход, но вскоре она узнает правду о смерти своих родителей, и, исходя из этого знания, она изо всех сил пытается решить, стоит ли ей продолжать порочный круг ненависти.

Эд оставляет Уинри на попечение военных, чтобы догнать Ала. Тем временем, пока Брэдли продолжает гоняться за Линг и Лан Фан, Обжорство отправляется за Шрамом. Когда Эд присоединяется к Элу в его борьбе со Шрамом, на сцене появляется Обжорство. Затем Линг присоединяется к схватке и может схватить Обжору, используя против него свою способность к регенерации. Лан Фань удается сбежать от Брэдли, отрезав себе поврежденную руку, чтобы скрыть свой кровавый след. Риза приезжает и уезжает вместе с Линг и Обжорством, скрывая это от военных. Когда Эд и Эл собираются задержать Шрама, их останавливает Мэй Чанг, которая использует свою алхимию, чтобы сбежать вместе с ним. Однако Эду и Элу удается взять под опеку ее панду, Сяо Мэй. Вернувшись в штаб-квартиру, они все рассказывают Уинри. Она чувствует себя подавленной, полагая, что все, что она может сделать, это подождать, но чувствует себя лучше, когда ей звонят ее клиенты из Раш-Вэлли.

Доктор Марко находится под опекой гомункулов и вынужден сотрудничать с ними в обмен на безопасность своей деревни. Тем временем Эд, Ал и Рой пытаются сбежать от Обжорства, который стал способен проглотить все, что попадется ему на глаза. Потеряв его, Рой и остальные уходят в безопасное место, а Эд, Ал и Лин остаются сражаться. Зависть приходит, чтобы помешать Обжорству причинить вред Эду и Алу.Услышав это, Эд и Эл сталкиваются с Обжорством, в то время как Лин сталкивается с Завистью. После некоторой борьбы с обеих сторон Обжорство случайно проглатывает Эда, Лин и Зависть. Рой отправляется на встречу, где сталкивается с Брэдли и понимает, что имел в виду Хьюз. Эд просыпается в странной комнате, наполненной кровью.

Проглоченные Обжорством Эд и Линг оказываются в непонятном месте, где пытаются найти выход из положения. Зависть объясняет Эдварду и Лингу, что Обжорство появился в результате неудачной попытки Отца создать Врата Истины и вернуться обратно они не смогут. Также оказывается, что именно Зависть начал Ишварскую войну. Затем гомункул принимает свой боевой облик, превращаясь в гигантского зверя, похожего на дракона. Между тем, Обжорство, понимая, что надо спасти Эдварда Элрика и Зависть, ведёт Альфонса к Отцу. Брэдли, он же гомункул Гнев, рассказывает Мустангу о себе и предлагает сотрудничать. При этом он отсылает людей Роя в окружные военные штабы, лишая того поддержки, а Хоукай назначает своим личным помощником, фактически делая её заложницей.

Эдвард атакует Зависть, но не может убивать людей, из которых состоит тело гомункула. Между тем, Шрам и Мэй Чан, идя вслед за Альфонсом и Обжорством, попадают в подземный тоннель, который охраняют химеры. Эдвард, уже почти проглоченный Завистью-драконом, замечает внутри него философский камень. Освободившись, он видит в желудке Обжорства обломки руин Ксеркса, с помощью которых Эд понимает, как можно вырваться на свободу. Брэдли рассказывает Мустангу историю своей жизни, как его, сироту, не имеющего родственников, с раннего детства обучали руководить Аместрисом, а затем сделали гомункулом, введя в тело философский камень. Эдвард, с неохотой и не сразу, но использует души людей, из которых состоит философский камень Зависти, чтобы открыть Врата Истины. У Врат он находит тело Альфонса, но не может забрать с собой, так как оно не его. Однако, прежде чем Врата закрываются, он обещает, что вернётся и заберёт тело брата.

Во время праздника в Резенбурге Ван Хоэнхайм беседует с молодой Пинако Рокбелл, которая спрашивает его, почему он всегда держится в стороне от других людей. Затем отец Элриков сталкивается с демоном, внешне похожим на него самого, убеждающим Хоэнхайма в слабости людей, неспособных защитить себя и изменить ход истории. В конце концов, Хоэнхайм находит поддержку от молодой Тришы Элрик. Проснувшись, он понимает, что это был сон, навеянный его собственными размышлениями.

Альфонс и Обжорство приходят в логово Отца. Вскоре там же оказываются Эдвард, Линг и Зависть, сумевшие вырваться из желудка гомункула. Отец поразил братьев своим сходством с их отцом, в свою очередь Отец был удивлён, узнав, что Элрики сыновья Хоэнхайма. Впрочем, ещё больше братья были поражены странными и очень сильными способностями Отца, с помощью которых он лишил Эда и Ала возможности заниматься алхимией. Линг Яо, способный чувствовать потоки энергии Ки (Энергии Дракона), не понимает как Отец «может быть таким внутри». Отец решил использовать принца для возрождения Жадности, тот согласился, рассчитывая завладеть философским камнем. Шрам и Мэй прорвались через тоннель в логово Отца. Принцесса, заочно влюблённая в Эдварда Элрика, разочарована, увидев своего любимого воочию. Обжорство нападает на Шрама, но ко всеобщему удивлению тот по прежнему может использовать алхимию брата. Выясняется, что алхимия Востока, которую практикует Мэй, также действует. От Эда Шрам узнает, что убийство, положившее начало Ишварской войне, совершил Зависть по приказу Отца. Ишварит нападает на Отца, но его сил недостаточно против такого врага. Обжорство ранит Мэй, которую спасает Альфонс. Шрам, разложив воду на кислород и водород, устраивает взрыв и сбегает. Ала схватил Зависть, а Эдварда Жадность.

Зависть выводит Эдварда и Альфонса, внутри которого спрятались Мэй, из укрытия Отца, которое находится под Центральным штабом, чтобы они встретились с Гневом. Гнев угрожает убить Уинри, если братья будут мешать планам Отца, но позволяет им искать способ вернуть их тела. Мустанг хочет знать кто убийца Хьюза. Гнев отрицает, что убил Маэса, но отказывается раскрыть личность убийцы. Жадность передаёт Альфонсу сообщение для Лан Фан о том, что Линг нашёл философский камень. Между тем, Шрам находит Марко, который признаёт свою ответственность за уничтожение ишваритов. Жадность говорит Гневу о том, что Линг по прежнему борется за контроль над своим телом. Мустанг сообщает правду о фюрере Армстронгу. Ал приносит Мэй домой к доктору Ноксу для лечения и передаёт Лан Фан сообщение Линга-Жадности. Эдвард задаётся вопросом, как Шрам и Мэй были в состоянии использовать алхимию. Хотя Марко просит Шрама лишить его жизни, у ишварита другие планы.

Много лет назад, Бертольд Хоукай, учитель Мустанга, умирая от болезни, попросил Роя позаботиться о его дочери Ризе, которой он нанёс на спину татуировку с подробностями своих исследований алхимии огня. Эдвард возвращает Хоукай пистолет, который она дала ему, и признаётся, что не смог нажать на курок. Шрам требует от Марко рассказать правду о войне в Ишваре. В это же время Хоукай по просьбе Эда вспоминает прошлое. Ишварская война затянулась на семь лет и тогда фюрер подписал приказ № 3066 о зачистке Ишвара. Это серьёзно повлияло на судьбу многих государственных алхимиков и военных, включая Мустанга, Хьюза и саму Хоукай, в то время армейского снайпера. Были такие как Зольф Дж. Кимбли по прозвищу «Багровый алхимик», которому так понравилось убивать, что он не смог остановиться и убил пятерых аместрийских офицеров, за что был приговорён к пожизненному заключению. Были и такие как Армстронг, готовые воевать, но не способные убивать мирных жителей. Марко открывает Шраму, что алхимики использовали пленных для получения философского камня, который позже Кимбли применил для истребления ишваритов. После того как аместрийцы применили философский камень, в войне наступил перелом и окончание зачистки стало лишь вопросом времени. Ишварский первосвященник предложил Брэдли прекратить убийства в обмен на его жизнь, но безуспешно. Когда война, наконец, закончилась, Мустанг решил, что станет новым фюрером, чтобы защитить людей, а Хьюз и Хоукай обещали ему помогать. Мэй, разочаровавшись в Эдварде Элрике, влюбилась в его младшего брата. Зависть, принеся Марко еду, обнаружил в камере обезглавленный труп и слово «месть», написанное кровью на стене.

Эд и Ал решают найти Мэй и выучиться алхимии Востока, которую не смог заблокировать Отец. Подчинённые Мустанга прощаются, разъезжаясь по военным базам. Мустанг напоминает Эдварду, что тот должен ему пятьсот двадцать центов, но Эд решает отдать деньги, когда Рой свергнет фюрера и установит в стране демократию. Мустанг решает вступить в контакт с генералом Грумманом, командующим Восточной армии. Фу потрясен тем, что Лан Фан потеряла руку. К доктору Ноксу приходят жена и сын, с которыми он расстался после пережитого на Ишварской войне, боясь навредить им. Подозревая, что Марко бежал вместе с Шрамом, Зависть освобождает Кимбли из тюрьмы и даёт ему задачу вернуть доктора и убить Шрама. Шрам своей алхимией уродует лицо Марко так, чтобы его не могли опознать. После этого Шрам со своей командой отправляется на север, где он спрятал записи своего брата.

Путая преследователей, Шрам едет вдвоём с Йоки на Запад, отправив Мэй и Марко на Север. Грумман в Централе тайно встречается с Мустангом. Братья Элрики узнают, что Мэй уехала на Север и решают отправиться за ней. Армстронг даёт Эдварду рекомендательное письмо к своей сестре, генералу Оливии Армстронг, командиру крепости Бригс на Севере. Эд и Ал в библиотеке, где они искали информацию об алхимии Ксинга, встретили приёмного сына фюрера Сэлима Брэдли, который пригласил братьев к себе домой, где они познакомились с женой фюрера, а позже к ним присоединился сам Кинг Брэдли. После встречи братья наконец-то отправляются на Север. Между тем, Шрам и его сообщник сбегают из поезда, идущего на Запад, а Кимбли пытается угадать их следующий ход.

Кимбли удаётся догнать поезд, на котором едут Шрам и Йоки. Ишварит и «Багровый алхимик» узнают друг друга. Шраму удаётся ранить Кимбли. Между тем, Мэй и Марко продолжают свой путь на Север. Эдвард и Альфонс, приехав на Север, сталкиваются с командиром патрульных Бригса капитаном Баканиром, который доставляет их к Оливии Армстронг. Мэй и Марко нашли записи исследований старшего брата Шрама.

Эдварду узнаёт, что его автоброня не подходит для Севера с его морозами. Оливия Армстронг расспрашивает Элриков о цели их прибытия. Братья отвечают полуправдой, рассказав о своих поисках информации об алхимии Ксинга, с её помощью которой намерены лечить людей. Генерал заинтересовалась восточной алхимией, надеясь использовать её для войны с империей Драхма. Братьев поручили майору Майлзу, адъютанту генерала Армстронг, наполовину ишвариту, наполовину аместрийцу. Элрики встречают в крепости Фармана. Неожиданно на самый нижний уровень Бригса прорывается гомункул Лень, поразивший всех своей неуязвимостью. Эд, показав свою осведомлённость о гомункулах, отказывается отвечать на вопросы о них. Генерал Армстронг находит способ пленить Лень.

Солдатам Бригса удалось захватить Лень, заморозив его. Генерал Армстронг хочет узнать от Элриков больше о гомункулах. Кимбли, который после ранения от Шрама находится в госпитале, поспешно исцеляют с помощью философского камня. Мэй учит Марко восточной алхимии. Братья, Оливия Армстронг и Баканир спускаются в тоннель, который рыл Лень. Эд и Фарман приходят к выводу, что тоннель нужен как часть гигантского круга преобразования с целью получения философского камня и что Аместрис был создан именно для этой цели. Генерал Рэйвен в сопровождении Кимбли приезжает в крепость Бригс и, решив вовлечь Оливию Армстронг в заговор военной верхушки, рассказывает ей о фюрере, истории Аместриса и Бессмертной армии.

Хоэнхайм вспоминает о том, как оставил свою семью, сетуя, что его тело переживёт жену и сыновей. Между тем, солдаты Бригса начинают исследовать тоннель, где их атакуют таинственные тени. Генерал Рэйвен приказывает Оливии Армстронг отпустить Лень обратно в тоннель и запечатать его. Выполнив приказ, Армстронг убивает Рэйвена. После этого Оливия через заранее подготовленный вход в тоннель отправляет Баканира на поиски пропавших солдат. Кимбли приводит Уинри Рокбелл в тюрьму, где находятся братья Элрики, давая им понять, что девушка будет у него заложницей. Шрам и Йоки воссоединяется с Мэй и Марко. Мустанг с помощью мадам Кристмасс устанавливает связь с Бригс.

Уинри привезла Эдварду новую автоброню, приспособленную для использования в условиях Севера. Кимбли разделяет братьев. Поисковый отряд Баканира находит в тоннеле останки солдат и лишь двоих выживших, которые просят их не включать свет, так как он привлечёт монстра. Риза Хоукай доставляет в резиденцию фюрера документы и понимает, что с Сэлимом Брэдли что-то не так. Той же ночью приёмный сын фюрера, всё поняв, признаётся Хоукай в том, что он первый из семи гомункулов. Он решил не убивать Ризу, пообещав, что будет приглядывать за ней, притаившись в её тени. Кимбли требует от Эдварда принять участие в охоте на Шрама и Марко, обещая взамен отдать философский камень. Рассказав всё Альфонсу и Уинри, Эд соглашается помочь Кимбли, хотя, и не намерен использовать камень. Братья отправляются на поиски Шрама, Уинри решает сопровождать их.

Хоукай не решилась рассказать Мустангу о Гордыне, опасаясь слежки. Кимбли отправляется на поиски Шрама в заброшенный горняцкий город Бадзукуле. Элриков и Уинри сбегают от охранников Кимбли и находят Мэй, Марко и Йоки. Последний при виде ненавистного Эда вспоминает, как из-за него был с позором уволен из армии и подвергся уголовному преследованию. Шрам вступает в бой с химерами Джерсо и Зампано, которых привёз Кимбли. Эд и Ал спасают Шрама от химер. Появляются Уинри и Майлз. Вскоре к зданию, где они прячутся, подходят Кимбли и его солдаты. Шрам берёт Уинри в заложники. Команда Баканира возвращается из тоннеля вместе с выжившими, а в крепость Бригс прибывает делегация из Центрального штаба.

Столкнувшись с убийцей своих родителей, Уинри решает не мстить, а перевязывает раны Шрама, говоря, что поступает также, как сделали бы её родители. Майлз объясняет Шраму, почему он, наполовину ишварит, служит в армии Аместриса. Мэй и Марко говорят, что для расшифровки записей им нужна помощь Шрама. Майлз предлагает всем укрыться в крепости. Альфонс предлагает химерам помочь им в обмен на помощь в возврате их человеческих тел. Йоки, ранее управлявший шахтами, обещает вывести всех из города через шахты. Уинри, чтобы обмануть Кимбли, придумывает уловку с собственным похищением. Шрам и остальные уходят под землю. Элрикам, Кимбли, Майлзу и солдатам приходится задержаться в Бадзукуле, так как началась метель. Майлз получает сообщение из крепости о том, что Оливия Армстронг вызвана в Централ, а в Бригсе новый командир. Теперь Шраму и другим появляться в крепости опасно. Несмотря на пургу, Альфонс отправляется предупредить Шрама об опасности. По дороге он неожиданно для себя попадает к Вратам Истины, где видит своё тело. Ал понимает, что доспехи отторгают его душу, которую зовёт его тело. Отец строит планы с участием Эдварда, Альфонса, Хоэнхайма, Изуми и Мустанга.

Оливия Армстронг приезжает в Централ, где признаётся в убийстве Рэйвена и убеждает Брэдли ввести её в число избранных. Хоукай с помощью кода сообщает Мустангу о том, что Сэлим Брэдли гомункул. Хоэнхайм во сне вновь переживает события далёкого прошлого. Много лет назад он был рабом №23 в городе-государстве Ксеркс. Там из его крови создали Гомункула, который дал безымянному рабу имя Ван Хоэнхайм и научил основам алхимии. Однажды, правитель Ксеркса попросил Гомункула раскрыть ему секрет бессмертия. Гомункул обманом убедил правителя создать гигантский круг преобразования, с помощью которого, принеся всех жителей Ксеркса в жертву, создал философский камень и обзавёлся человеческим телом, за основу для которого взял тело Хоэнхайма. Позже Гомункул из Ксеркса стал называть себя Отец. Пробудившись, Хоэнхайм сталкивается с Изуми и Сигом. Поняв что случилось с Изуми, Хоэнхайм перестраивает её органы так, чтобы облегчить ток крови. После этого, он открывает супругам Кёртис, что является философским камнем в человеческой форме.

Майлз и его люди решают убить Кимбли и его приспешников. Шрам и компания наконец-то выходят на поверхность, где находят Альфонса, который предупреждает их о смене командования крепости Бригс. Шрам решает идти в лагерь ишваритов. Майлз хочет застрелить Кимбли, но алхимик, догадавшись о ловушке, избегает её и проникает в шахту. Эдвард преследует его, но на него нападают химеры Дариус и Хейнкель. Эд справляется с ними и выбивает философский камень из рук Кимбли, но у «Багрового алхимика» оказался второй камень. С его помощью он сбрасывает Эдварда и химер в шахту. Альфонс начинает терять сознание, говоря, что его душу зовёт его тело. Эд, несмотря на тяжелейшее ранение, тратит силы на спасение химер. Чтобы закрыть свою рану и остановить кровотечение, ему приходится использовать энергию своей жизни. Химеры, решив, что Эдвард достойнее Кимбли, приходят на помощь «Стальному алхимику». Хейнкель нашёл и подобрал философский камень, выбитый из рук Кимбли.

Альфонс, придя в сознание, обнаруживает себя разобранным. Расшифровав заметки, написанные братом Шрама, Ал, Марко и другие сначала видят схему общенационального круга преобразования Аместриса, а затем находят схему другого круга, выстроенного по правилам восточной алхимии. Гордыня требует от Кимбли сделать в горах Бригса кровавую метку, необходимую для преобразования страны. Лень заканчивает рыть тоннель, круг почти готов. Хоэнхайм прибывает в Лиор, жители которого заняты восстановлением города. Отец Элриков спускается в подземелье под храмом бога Лето, где натыкается на тоннель вырытый Ленью. На него нападает Гордыня, но Хоэнхайм сумел спастись и просит гомункула предупредить Отца о том, что он придёт к нему. Для того, чтобы сделать кровавую метку Кимбли вступает в сговор с военными империи Драхма, обещая им помочь захватить крепость Бригс. Зампано сообщает Зависти о том, где находится Марко.

Кимбли обманул своих новых союзников, гарнизон крепости легко побеждает, кровавая метка создана. Зампано приводит Зависть к Марко, где гомункул попадает в ловушку, устроенную доктором и Мэй. Зависть принимает свою боевую форму, но Марко разрушает философский камень внутри гомункула и тот возвращается в свою реальную форму, оказавшись маленьким существом напоминающим пиявку. Шрам отдаёт его Мэй и убеждает её вернуться в свою страну. Альфонс и Уинри решают идти в Лиор, Марко, Шрам и Йоки отправляются собственным путём. В Дублисе Бидо, последний из химер Жадности, видит офицеров ищущих Изуми и думая, что они могут привести его к Жадности, прячется под их машину. В Централе Оливии Армстронг объясняют, почему алхимикам запрещено преобразовывать человека. Ал и Уинри достигнув Лиора, встречают там Розу Томас и Хоэнхайма.

Альфонс и Уинри на время остановились в Лиоре. Химера Дариус, решивший помогать Эдварду, снимает в банке деньги со счёта государственного алхимика Элрика. Об этом немедленно сообщают военным, которые пытаются арестовать Эда и его сообщников, но тем удаётся бежать. Хоэнхайм рассказывает Алу правду о себе и своей связи с Отцом. В Централе Оливии Армстронг показывают Бессмертную армию, состоящую из гомункулов, созданную военными и учёными Аместриса для завоевания мира. Бидо с радостью встречает своего друга и вожака. Но Жадность не помнит Бидо и убивает химеру. Линг Яо, чьё сознание живёт внутри гомункула, возмущён тем, что Жадность убивает одного из своих друзей. В результате столкновения Жадности с Лингом к гомункулу начинает возвращаться память. Вечером того же дня Жадность проникает в особняк Брэдли и вступает в бой с фюрером.

Жадности удаётся выжить и сбежать от Гнева. Оливия, опасаясь, что её семью возьмут в заложники, убеждает отца покинуть страну, взяв с собой жену и младшую дочь. Чтобы стать во главе рода Оливия побеждает в схватке брата, Алекса Луи Армстронга, которого она презирает за трусость во время Ишварской войны, точнее за отказ убивать людей. Зависть убеждает Мэй не покидать Аместрис, а вернуться в Централ, где он, якобы, поможет ей исполнить её первоначальные планы. Эдвард, Дариус и Хейнкель прибывают в Централ, где вскоре встречают Линга, которому удалось временно восстановить контроль над своим телом. Ксингский принц называет Эду день, когда Отец собирается преобразовать Аместрис. Узнав, что Жадность ушёл от гомункулов, Эдвард предлагает ему стать его союзником. Жадность отказывается, говоря, что готов взять Элрика, Дариуса и Хейнкеля к себе на службу. Эд неожиданно принимает предложение, вслед за ним соглашаются и химеры. Свержение фюрера назначено на весну следующего года.

Солдаты Бригса доставляют Уинри домой, где она с удивлением находит Эдварда и химер. Хотя Эд просит её бежать в другую страну, девушка отказывается и говорит, что верит в способность Эдварда защитить всех. Ишвариты решают помочь Шраму в борьбе с Отцом. Мустанг информирует Оливию Армстронг о подлинной сущности Сэлима Брэдли. Альфонса, который всё чаще страдает от внезапных отключений, схватили Обжорство и Гордыня. За день до Условленного дня поезд с фюрером взрывают прямо на мосту. Но труп Брэдли не нашли и генерал Грумман не решается вести войска на Централ. Хоукай, Бреда и Фьюри готовятся к предстоящему дню. Военная верхушка в панике из-за исчезновения фюрера. Оливия видит свой шанс, чтобы попытаться взять под свой контроль армию Централа, но её останавливает внезапное появление в Центральном штабе Отца.

Группа Эдварда—Жадности прибывает в Централ, где находят Хоэнхайма. Вскоре после этого появляется Альфонс. Однако, выясняется, что доспехи Ала находятся под контролем Гордыни, который собирается пленить Эда. Стальной алхимик сумел дать отпор гомункулу, лишив того возможности использовать свою тень. Хейнкель, человек-лев, видящий даже в полной темноте, преследует Гордыню. Появляется Обжорство и нападает на Эдварда, Жадность и Дариуса, ведь благодаря хорошему нюху ему не нужен свет, чтобы находить врагов. В дело вступают Линг Яо и Лан Фан, которые могут чувствовать гомункулов благодаря своей возможности видеть потоки энергии Ки. Жадность передаёт принцу контроль над телом и тот вместе с девушкой-телохранителем атакуют Обжорство, убивая его раз за разом, надеясь исчерпать регенерационные возможности гомункула.

Мустанг посещает мадам Кристмасс, которая смогла подтвердить, что Сэлим на самом деле гомункул. Гордыне удаётся ранить Хейнкеля, но тому на помощь приходит Эдвард. Шпионы Центрального штаба, следящие за Мустангом, получив информацию о том, что мадам Кристмасс приёмная мать Роя, решают немедленно арестовать их, но не успевают. Мустанг и мадам Кристмасс убегают через канализацию. Позже Мустанг находит Хоукай, Бреда и Фьюри. Старик Фу приходит на помощь Эдварду в его борьбе с Гордыней, вместе они вырывают Альфонса из под контроля гомункула. Обжорство, чьи силы уже на исходе, ищет помощи у старшего брата, но Гордыня пожирает младшего брата, рассчитывая пополнить свои силы и приобрести его чувство обоняния, благодаря чему он сможет обойтись без света. Команда Мустанга берёт в заложники жену Брэдли.

Гордыня поджигает лес и освещает место боя, благодаря чему снова может управлять тенями. Альфонс, сговорившись с отцом, намеренно позволяет Гордыне захватить себя, после чего Хоэнхайм сумел спрятать обоих внутри созданного им холма, лишив гомункула света, а вместе с ним и возможности использовать тени. Единственное что остаётся Гордыни это играть со шлемом Альфонса, по которому он бьёт палкой. Наступает утро Условленного дня. Жадность отправляется в Централ. Эдвард и Шрам встречаются ещё раз, чтобы разработать план. Тем временем, генералы из числа избранных отдают приказ найти Мустанга и убить всех, включая заложницу, за исключением Роя.

Команду Мустанга и заложницу спасают ишвариты. Между тем, солдаты Бригса во главе с Баканиром вступают в бой с армией Централа. Команда Мустанга окружена и испытывает нехватку боеприпасов, но на помощь им приходят Мария Росс и Ребекка Каталина, давняя подруга Хоукай, тоже снайпер. Они доставили оружие и боеприпасы, получив их от Жана Хавока, который после увольнения из армии по причине инвалидности занялся семейным бизнесом. Группе Эдварда, воспользовавшись хаосом, наступившим в Централе, удаётся проникнуть в Третью лабораторию, откуда они через подземный ход намерены попасть в Центральный штаб. Затем группа разделяется. Эд, Шрам, Дариус, Джерсо и Зампано идут в одном направлении, а Хоэнхайм и Лан Фан в другую сторону. В это время один из генералов-избранных решает оживить Бессмертную армию, несмотря на предупреждение о незавершённости экспериментов по вливанию душ.

Вместо армии непобедимых солдат Аместрис получил толпу кровожадных зомби. Именно с ними столкнулась группа Эдварда, открыв дверь в подземный ход из Третьей лаборатории в Центральный штаб. Лень нападает на Оливию Армстронг. Гордыня не просто так стучал по шлему Альфонса, а отправлял сообщение азбукой Морзе. Сообщение было получено и на помощь гомункулу прибыл Кимбли. Напав на Хейнкеля и ранив его, он освобождает Гордыню. Мэй спустилась под землю, где её атаковали солдаты-гомункулы. Зависти удаётся поглотить часть Бессмертной армии, благодаря чему он возвращается к своей обычной форме. Алекс Армстронг присоединяется к борьбе своей сестры против Лени. Алу пришлось пожертвовать ногами, чтобы помочь Хейнкелю, который затем отдаёт ему философский камень, потерянный Кимбли в Бадзукуле. Альфонс использует его, чтобы восстановить ноги и вступить в бой с Гордыней и «Багровым алхимиком».

Альфонс использует философский камень для боя с Гордынью и Кимбли. Ему удаётся вновь пленить гомункула, но «Багровый алхимик» пускает в ход свой камень. Брат и сестра Армстронги начинают брать верх над гомункулом, но в это время Лень показывает свою истинную силу, демонстрируя, что он самый быстрый из гомункулов. Гордыня сумел захватить Ала, но Хейнкель, исцелённый Марко, наносит смертельный удар Кимбли. Неожиданно на поле боя появляется Йоки, преодолевший свою трусость. Раздобыв машину, он увозит Альфонса и других в Централ. Гордыня поглощает смертельно раненного Кимбли. Только Алексу Армстронгу удаётся насадить Лень на шип, как он и Оливия подвергаются нападению зомби. Мэй приходится убегать и от Зависти и от солдат-гомункулов. Мустанг и Хоукай приходят на помощь группе Эдварда, сражающейся против зомби из Бессмертной армии.

Люди Мустанга, взяв под контроль радиостанцию Централа, выпускают в прямой эфир интервью с женой Брэдли. С помощью радио и ишваритов, разносящих по городу последние новости, жителей города убеждают, что Мустанг ведёт бой против военной верхушки, задумавшей свергнуть фюрера. Это даёт повстанцам поддержку со стороны граждан. Солдаты Бригса начинает атаку на Центральный штаб. С помощью Мустанга группе Эдварда удаётся уничтожить зомби. Мэй и гонящийся за ней Зависть проваливаются с верхних уровней в подземный зал, где сталкиваются с Мустангом, Эдом и другими. Зависть подтверждает, что он убил Хьюза. Взбешённый Мустанг, давно мечтавший отомстить за смерть друга, отправляет группу Эдварда вперёд, а сам остаётся жечь Зависть. Эд, обеспокоенный тем, что Мустанг может в конечном итоге быть поглощён своей ненавистью, решает вернуться. Зависть не может противостоять Мустангу и пытается сбежать от него. Увидев Хоукай, Зависть придумывает план. Чуть позже Рой и Риза встречают друг друга и продолжает путь вдвоём, но Хоукай неожиданно наводит пистолет на Мустанга.

1909 год. Ишварская война закончилась и Хоукай просит Мустанга сжечь кожу на её спине, чтобы уничтожить записи отца об огненной алхимии, которые вытатуированы на её спине. Рой не сразу, но соглашается. 1915 год. Хоукай разоблачила Зависть и пытается расстрелять его. Гомункулу всё же удаётся пленить её, но появляется настоящий Мустанг и начинает беспощадно жечь Зависть, пугая своей ненавистью Хоукай. Не выдержав огня, гомункул принимает свой изначальный жалкий вид. Рой хочет добить Зависть, но Хоукай наводит на него пистолет, требуя остановиться. Появляются Эдвард и Шрам. Элрик отбирает у Мустанга Зависть. Рой угрожает Стальному алхимику огнём, требуя вернуть гомункула. Все трое пытаются убедить Мустанга не вступать на путь жестокости и убийств, ведь Аместрисом не может управлять человек, охваченный злобой. Хоукай готова застрелить Мустанга, а после победы умереть. Рой не хочет терять Риз и уступает. Гомункул возмущён поведением людей, которые не хотят следовать своим инстинктам, и пытается спровоцировать их на убийство, напоминая всё то, что они сделали друг другу. Эд определяет, что причина ненависти Зависти к людям, в том, что он завидует их способности продолжать жить дальше, несмотря на все невзгоды, помогая друг другу. Униженный и оскорбленный поражением от людей, своим нынешним жалким видом и тем что «какой-то мелкий даже по меркам людей» понимает его, Зависть совершает самоубийство, вырывая и уничтожая свой философский камень. Брат и сестра Армстронги по-прежнему дерутся с Ленью. Изуми прибывает в Централ, чтобы участвовать в государственном перевороте вместе с солдатами Бригса. В другом месте Хоэнхайм противостоит Отцу.

Армстронги с трудом отбиваются от Лени и зомби, но на помощь им приходят Изуми и Сиг. Алекс и Сиг совместно убивают Лень, после чего могут заняться истреблением солдат-гомункулов. Хоэнхайм борется с Отцом под землей. В разгар битвы выясняется, что Отец не в состоянии принять в себя философский камень Хоэнхайма. Солдаты Бригса наконец сломили сопротивление врага и захватили Центральный штаб. Но праздновать победу рано. В Централе появляется Брэдли—Гнев, выживший после взрыва своего поезда. Он собирается покарать мятежников и вернуть себе штаб.

Хоэнхайм в отличие от Отца побеседовал со всеми душами ставшими частью его философского камня, и они стали его союзниками. Когда Отец попытался забрать философский камень у Хоэнхайма, эти души проникли в его тело, чтобы уничтожить изнутри. Однако Отец смог выжить, потеряв тело, и принимает свою истинную форму: бесформенное существо, состоящее из тёмной материи, глаз и рта. Брэдли начинает свою атаку на штаб, в одиночку истребляя всех, кто пытается ему противостоять. Выжить сумел только Баканир, хотя и потерял свою руку-автоброню. Когда Гнев достигает главных ворот, его встречает Жадность. Баканир рискует своей жизнью и ценой тяжёлой раны оставляет Брэдли без меча. Гневу приходится вооружиться кинжалами, хотя это не снижает его боеспособности. В это время оставшиеся в живых солдаты Бригса пытаются отбить штурм солдат Централа, воодушевлённых появлением фюрера. На помощь Жадности-Лингу приходит старик Фу.

Один из генералов-избранных, попав в плен к Изуми и Оливии, рассказывает о планах принести в жертву многих граждан Аместриса ради обретения бессмертия и власти над миром. Эдвард, Шрам, Мустанг и Хоукай встречают в подземелье доктора с золотым зубом, тем самым который создал Гнева. На них нападают неудачливые кандидаты на роль фюрера. В это время Гнев сражается с Жадностью и Фу. Брэдли отбирает у старика его меч, а затем наносит ему тяжёлую рану. Фу, понимая, что умирает, бросается на Гнева обвязавшись взрывными шашками. Брэдли обезвреживает их и добивает старика. В это время, Баканир пользуясь тем что его заслоняет Фу, поразил Гнева мечом прямо через тело старика, что позволяет Лингу выбить волшебный левый глаз фюрера. Появляется Лан Фан, став свидетелем смерти своего деда. В это время Альфонс, Хейнкель, Марко и Йоки, бросив разбитую машину, изо всех сил бегут к штабу. Доктор с золотым зубом завершает малый круг преобразования и с его помощью активирует большой круг, соединяющий все пять исследовательских лабораторий Централа, который поглощает Эдварда, Альфонса и Изуми.

Жадность при помощи солдат сбрасывает раненного Брэдли в крепостной ров с водой. Умирающий Баканир просит Линга защищать ворота. Обезумев от смерти Фу, Линг использует Абсолютный щит Жадности, чтобы уничтожить всех врагов собравшихся перед воротами. Армстронги вместе с Сигом и солдатами идут вниз, в подземелья. Эдвард, Изуми и Альфонс, вновь потерявший сознание, появляются в логове Отца, где обнаруживают, что Хоэнхайм почти поглощён своим врагом. Четыре ценные жертвы на месте, пятой должен стать Мустанг. Но для этого ему надо совершить преобразование человека. Рой отказывается, тогда пленённой Хоукай перерезают горло по приказу доктора с золотым зубом, который говорит Мустангу, что спасёт ей жизнь с помощью философского камня, но только если Рой выполнит преобразование человека.

Мустанг отказывается выполнять требование доктора с золотым зубом. Внезапно на доктора сверху нападает химера Джерсо. Вслед за ним появляются Мэй, Зампано и Дариус. Они освобождают Мустанга и Шрама, а Мэй исцеляет Хоукай. Затем Роя схватили Гнев и Гордыня, которые заставили Мустанга открыть Врата истины, преобразовав золотозубого доктора. Смертельно раненный, оставшийся без абсолютного зрения Гнев вызывает желающих на бой. Шрам принимает вызов. Мустанг проходит через Врата Истины и появляется в логове Отца, где выясняется, что за открытие Врат ему пришлось расплатиться своим зрением. Вместе с ним появляется Гордыня. Мэй, взорвав потолок, проникает в логово Отца. Альфонс, так и не пришедший в сознание, стоит перед воротами, готовый слиться со своим телом. Поняв как ослабло его тело и придя в отчаяние от того, что он будет не в состоянии сражаться вместе с другими, Ал решает пока оставаться в своих доспехах. Он проходит через ворота и приходит в себя в логове Отца. Все пять ценных жертв готовы.

Мэй пытается атаковать Отца, а Эдвард и Альфонс вступают в бой с Гордыней. Всё это время ишвариты делают круг преобразования по схеме разработанной братом Шрама. Гнев ранил Шрама и уже собирался его добить, когда выяснилось, что ишварит нанёс на свою вторую руку татуировку, изображающую создающий круг преобразования, рисунок которого он нашёл в записях своего брата. Пока Ал и Изуми вместе атакуют Отца, Эд наносит Гордыне удар, уничтоживший правую половину его лица. В это время Отец хватает жертвы и размещает их в круге. Начинается полная фаза солнечного затмения и Отец, несмотря на прибытие Жадности, активирует круг преобразования, начав впитывать в себя души около пятидесяти миллионов аместрийцев. Это даёт Отцу достаточно сил, чтобы открыть вначале Врата планеты, а затем открыть Врата неба и поглотить бога.

Тем, кто был в логове Отца, удаётся выжить. Отец победил. Его внешность изменилась — он становится похожим на повзрослевшего Эдварда Элрика или молодого Хоэнхайма. Теперь можно уничтожить ненужные жертвы. Но Хоэнхайм принял контрмеры. Он потратил годы, чтобы разместить по всему Аместрису фрагменты своего философского камня. Необходимый круг преобразования создаёт солнечное затмение, заставляя Луну отбросить тень на землю и активировать тем самым фрагменты камня. Отец не может удержать поглощённые им души аместрийцев и те возвращаются обратно в свои тела. Отец атакует свои бывшие жертвы, но Хоэнхайм и Мэй сдерживают его атаки. Гнев собирается убить Шрама, но затмение заканчивается и Брэдли ослеплён солнечным светом, что позволяет Шраму нанести смертельный удар. Даже оставшись без обеих рук Гнев смог нанести последний удар, держа саблю зубами. Брэдли умирает, а тяжелораненый Шрам с помощью Лан Фан активирует общенациональный круг преобразования, подготовленный ишваритами. Теперь алхимики Аместриса смогут пользоваться своей силой без ограничений. Ослабленный Отец отступает на землю, чтобы пополнить свои силы душами людей. Эдвард остаётся внизу бороться против Гордыни, в то время как остальные преследуют Отца. Гордыня побеждает и намерен использовать тело Эда, так как его тело разрушается. Но тут Кимбли, поглощённый Гордыней и всё же сохранивший своё сознание, помог Эдварду разрушить тело гомункула. Сэлим Брэдли возвращается к своему первоначальному облику, приняв вид зародыша.

Хоэнхайм и другие не дают Отцу поглощать чужие души, но тот устраивает взрыв, разрушивший половину штаба. Жадность собирает всех, кто может драться и ведёт их наверх. Больше всех от взрыва пострадали Альфонс и Хоэнхайм, закрывшие собой других. Солдаты Бригса напали на Отца, не дав ему убить Эдварда и Изуми. Позже к солдатам присоединились Мустанг, Армстронг и химеры. Затем в атаку идёт Жадность. Отец решает поглотить своего сына, но для этого ему приходится снять барьер и отражать атаки вручную. Ослабевший Отец начинает терять контроль над поглощённым богом. Отец пытается забрать душу у Эдварда, потерявшего правую руку. Искалеченный Альфонс не может помочь брату и убеждает Мэй помочь ему выполнить преобразование, отдавая свою душу за возвращение руки Эдварда. Альфонс воссоединяется со своим телом у Врат Истины, твёрдо веря, что брат придёт за ним. Истина возвращает Эдварду его руку и тот атакует Отца.

Отец пытается поглотить философский камень Жадности. Тот, понимая, что спасения нет, решает расстаться с телом Линга и использует свои способности для превращения тела Отца в хрупкий древесный уголь. Жадность погибает, зато Эдвард легко разрушает тело Отца, освободив души людей Ксеркса. Отец отправляется к Вратам Истины, где принимает изначальный облик и оказывается в ловушке вечности. Несмотря на победу все оплакивают Альфонса. Эдвард отказывается использовать философский камень Линга, чтобы вернуть брата и не принимает предложение Хоэнхайма пожертвовать своей жизнью ради спасения сына. Эдвард решает преобразовать самого себя. Оказавшись у Врат и встретившись с Истиной, Эдвард жертвует своими Вратами и способностью использовать алхимию. Истина признаёт своё поражение. Эдвард возвращается обратно вместе с Альфонсом. Эд отдаёт зародыш, в который превратился Сэлим Брэдли, его матери. Исполнив свой долг, Хоэнхайм возвращается в Резенбург и умирает перед могилой Триши.

Ослепший Мустанг лежит в госпитале и при помощи своей команды готовится решить проблемы ишваритов. Его посещают Нокс и Марко, предложив вернуть зрение с помощью философского камня. Рой согласен, но хочет сначала излечить Хавока от паралича. Майлз собирается помогать Мустангу в решении проблем ишваритов и берёт с собой Шрама, чтобы тот возродил религию Ишвара. Линг обещает Мэй, что став императором Ксинга, будет заботиться о её клане. Братья Элрики возвращаются в Резенбург, где их ждёт Уинри. Прошло два года. Генерал Грумман, ставший фюрером, посещает вдову Брэдли, которая воспитывает Сэлима. Альфонс решает отправиться в Ксин и в другие восточные страны, чтобы больше узнать об алхимии Востока. С ним едут Джерсо и Зампано, всё ещё надеющиеся вернуть свои человеческие тела. Эдвард едет в другую сторону, на Запад. В будущем братья хотят объединить свои знания. Эдвард, прощаясь с Уинри перед посадкой в поезд, наконец-то решился выразить свою любовь к ней, предложив как в алхимии равноценный обмен, половину своей жизни взамен половины жизни Уинри. В ответ девушка после подсчётов готова отдать Эду 75% своей жизни.