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Aya Asagiri non sa dove rifugiarsi. Bullizzata a scuola e maltrattata dal fratello a casa, passa i giorni desiderando la morte. Un giorno, Aya s’imbatte in un misterioso sito web chiamato Magical Girl Site. Il sito le offre di trasformarla in una ragazza magica con l’aiuto di un certo oggetto magico. La mattina seguente, quando arriva a scuola, nel suo armadietto trova una strana pistola.

Tsuyuno Yatsumura è un'altra ragazza magica che ha ricevuto un oggetto dal sito Magical Girl Site. L'oggetto di Tsuyuno può fermare il tempo. L'ha usato per vendicarsi di Sarina Shizukume. Tsuyuno avverte Aya: usare l'oggetto magico ti accorcia la vita, e qualcuno sta uccidendo le ragazze magiche per i loro oggetti. E quel qualcuno si sta avvicinando.

Viene scoperta l'identità del Cacciatore Magico che uccide le ragazze magiche, è una ragazza magica di nome Rina Shioi. Rina lo fa per sopravvivere alla “Tempesta” e svela alcuni dei segreti del sito, ma perde i sensi per aver usato la sua "bacchetta" troppe volte. Aya e Tsuyuno cercano un guaritore per svegliare Rina, ma la nuova ragazza magica in cui si imbattono è qualcuno di inaspettato.

La nuova ragazza magica Nijimi Anazawa vuole Rina morta, ma Aya e Tsuyuno ancora non hanno trovato un modo per svegliare Rina dal coma. A parte questo imprevisto, la vita di Aya sembra essere migliorata da quando ha incontrato Tsuyuno. Poi un giorno, nella sua classe arriva una nuova studentessa. Non è altro che Nijimi! Aya va nel panico, ma Tsuyuno non c'è e non può aiutarla.

Dopo aver perso la migliore amica ed essere stata ferita, Sarina Shizukume diventa una ragazza magica e giura vendetta. Intanto, Aya scopre che Tsuyuno è in condizioni critiche. Ossessionata dal passato, Tsuyuno impedisce ad Aya di chiamare l'ambulanza. Aya scopre il segreto di Tsuyuno, e non può trattenere le lacrime. Tsuyuno, commossa, trova la soluzione.

Dopo la battaglia contro Sarina, Aya e Tsuyuno finiscono in ospedale prive di sensi. Nel frattempo, Nijimi fa visita a casa Asagiri e conosce Kaname, quando scopre il tradimento di Aya. Quella notte, una ragazza appare davanti a Rina, ancora in coma. È Kosame Amagai, e possiede una bacchetta magica con poteri curativi. Kosame usa i suoi poteri per svegliare Rina, e Rina scopre una verità inattesa.

Aya e le altre scoprono l'esistenza di altri siti Magical Girl, ognuno col suo amministratore, e che le informazioni di Rina sulla Tempesta sono false. Decidono di unirsi a Kosame e le ragazze magiche di un altro sito per scoprire la verità dietro i siti e sopravvivere. Ma ciò richiede un'alleanza con Nijimi che vuole ancora uccidere Rina.

Il gruppo arriva in spiaggia su suggerimento di Aya per cercare di godersi un po' di tempo libero, ma per Aya c'è un secondo fine dietro al viaggio. Aya dice a Tsuyuno di essere grata per tutto ciò che ha fatto per lei, e le due ragazze si fanno una promessa. Tuttavia, quando tornano alla casa sulla spiaggia, scoprono che le mutandine magiche di Nijimi sono state rubate!

È stato Kaname, il fratello di Aya, a rubare la “bacchetta” di Nijimi. Non potendo dirlo a nessuno, Aya va a casa di Sayuki con Tsuyuno e le altre. Intanto, Kaname ha messo in moto un altro piano dopo essersi approfittato di Nijimi per rubarle la bacchetta. Kaname ha già ucciso e non esiterà a farlo ancora. Ora si dirige verso Aya per uccidere tutte le ragazze magiche e prendere le loro bacchette.

Nijimi è morta proteggendo le sue alleate da Kaname. Aya incolpa se stessa e si chiude in camera. Tuttavia, Aya è cambiata da quando ha conosciuto Tsuyuno. Sta diventando più forte. Le parole di Tsuyuno aiutano Aya a rialzarsi. E qualcuno di inaspettato veglia su di lei. Una Aya pienamente determinata riappare davanti alle sue amiche al funerale di Nijimi.

Il piano delle ragazze magiche è quello di aspettare che un amministratore del sito consegni una bacchetta ad una nuova ragazza magica per poterlo catturare, farsi dire il segreto del sito, e sopravvivere. Usano i loro poteri al massimo, e il momento arriva. Aya, Tsuyuno, e Rina aspettano a scuola, quando l'amministratore compare.

Svelata l’identità dell’amministratore, è una ragazza umana. Tsuyuno muore proteggendo Aya e le sue amiche, ma viene riportata in vita come candidata ad amministratore. Per diventarlo ufficialmente, le viene ordinato di uccidere Aya. Avendo perso la memoria, Tsuyuno attacca Aya con forza soprannaturale. "Sii forte." Con ancora in mente le ultime parole di Tsuyuno, ha inizio la battaglia di Aya.