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朝雾彩是个不幸的女孩，她在学校里遭受着同学的欺凌，回到家还会被亲哥哥虐待，这样的生活让她每天只思考一件事，那就是死亡才能解脱。这天晚上，朝雾彩被哥哥当做泄愤的沙袋揍得遍体鳞伤，生无可恋的她躺在床上思考如何去死，突然电脑里弹出来一个魔法少女网站。网站里说给不幸的朝雾彩送上魔法杖，这样她就能体验不一样的魔法少女生活。

奴村露乃在千钧一发之际救下了朝雾，她也是魔法少女。奴村向朝雾说明了关于魔法少女和魔法少女网站的信息，魔法少女可以用自己的魔法制裁任何她们觉得有罪之人。但每次使用魔法她们的寿命都会减少，当身上的魔法标记完全消失之时，那就是她们的死期。奴村想与朝雾联手，因为在庞大的魔法少女群体中，出现了魔法少女猎人，猎人专门杀害魔法少女来夺取魔杖，奴村想用朝雾的魔杖来吸引猎人出现。

杀害魔法少女，夺走魔杖的“魔法少女猎人”的真实身份，是名为潮井梨奈的魔法少女。“我是为了在‘暴风雨’中存活”梨奈将网站的秘密公开，但由于过度使用魔杖而导致失去意识。为了让梨奈恢复意识，彩和露乃开始寻找拥有治疗能力的魔法少女。但是，找到的新的魔法少女却是个让人意外的人物……

新的魔法少女，穴泽虹海想取了梨奈的命，也没有让梨奈恢复意识的手段。即便如此与露乃相遇后，彩的生活也逐渐变得好起来了。就在这时，班里来了个转校生。那位充满笑容打招呼的转校生——正是虹海！彩着急了起来。但能依赖的露乃却没来学校……

失去朋友并受了伤的雫芽纱理奈，因自己也成为了魔法少女而发誓要找彩去报仇。另一方面，去探望露乃的彩，发现露乃处于濒死状态。露乃顽固拒绝呼叫救护车，因为露乃的过去隐藏着一个秘密。得知秘密后的彩无法抑制泪水。面对彩的眼泪和决心，露乃的内心开始动摇。

与纱理奈死战到最后，彩和露乃因失去意识而被送往医院。另一方面，得知被彩背叛的虹海来到了朝雾家，跟要相遇。那晚，一个少女去访问依然没有恢复意识的梨奈。她正是那个有治愈能力的魔杖的拥有者，雨谷小雨。靠小雨的能力醒来的梨奈，在那里得知了意外的事实……

“魔法少女网站”有很多个，每个网站都有各自的管理人，彩等人得知梨奈所知道的“暴风雨”的情报是假的以后，做出了某个决定。小雨等人将和别的网站的魔法少女们一起战斗，去寻找网站的真相，并存活下来。但是对此，无论如何都要必要将想取梨奈性命的虹海视为伙伴……

在彩的提议下，大家来到海边游玩。好好享受这短暂的时光。其实彩提议办这个小旅行是因为有某个想法。彩对露乃传达感谢之意。她们两人互相做了约定。但是，有个意外事件在等待着回到海之家的一行人。竟然有人偷走了虹海的内裤！

夺走了虹海魔杖的人是彩的哥哥，要。没有跟任何人说，彩去访问了露乃等人和沙雪的家。另一边，利用虹海的痴心而得到了魔杖的要，开始了进一步的行动。已经杀过人的要，并没有迷茫。他打算杀害魔法少女们，并打算夺走所有魔杖，并向彩走去……

为了从要手中守护伙伴，虹海失去了生命。彩责备自己，在房间里闭门不出。但是，彩因为与露乃相遇而改变。要变强……露乃的话让彩振作起来。而一直注视着彩的，却是个意外的人物。在虹海的葬礼上，彩再次出现在伙伴的面前。她抱着一个强烈的决心……

瞄准给予新魔法少女魔杖的瞬间，捕获管理人，进而让他坦白网站的秘密，寻找生存的方法——这就是魔法少女们得出的结论。活用各自的能力，那个瞬间终于来临。在目标的初中学校里埋伏着的彩、露乃、梨奈面前，长得怪模怪样的管理人出现了……

管理人的真实身份，跟人类少女一样。为了守护彩和伙伴，用完自己的寿命的露乃也作为新的管理人候补而复活。露乃为了成为正式的管理人，被命令将彩杀掉。失去了以前的记忆的露乃，靠超人般的能力袭击彩。坚强地活下去……将露乃最后的话铭记于心，彩的战斗开始。在那最后，彩发现了……